密法是藏传佛教的重要修行内容。密法亦叫"金刚乘"，乃依止方便智慧无二分别的金刚道而现证三门金刚，觉悟成佛。各教派都有自己的具代表性的最高法门。觉囊派尤其重视密法修行。
　　和其他教派一样，觉囊派弟子在先学显后修密，显密兼重的理论前提指导下对因明、中观、俱舍、般若、戒律熟读于心，通达无才可学密，如此方不是"漏器"。从初入门的三皈依、忏悔、发菩提心等显密共加行到大忏悔金刚萨缍法，修善业曼扎供养法，接受佛力加持上师瑜伽法等不共加行，直至金刚上师的灌顶加持都要严格进行，认真修习。觉囊派的灌顶多达百种，以上，常见的有：时轮金刚灌顶、时轮九神灌顶、不动明王灌顶、马头金刚灌顶、毗那迦夜天灌顶、宝生随许晨百法灌顶、阎魔敌灌顶、雅曼德迦起尸母八法灌顶、胜乐五神普明灌顶、瑜伽母灌顶、长寿灌顶、莲花生燃智灌顶、大悲观音缦灌顶、金刚持灌顶等等。
　　觉囊派常见的修法的"生起次第"，一般是观一面二臂的时轮金刚，此法系统地要修五个月之久。进入圆满次第后，先习显密共法三寂，再进入六支瑜伽大法。这样一步步依止金刚上师口传学习。六支瑜伽以收摄、禅定、运气、持风、随念、三摩地为根本法，修好禅定者可了解生死中阴、自由脉风明点，一生一世即可获得双运位，因密法为上师传授，不宜公开，此处只好为止。
　　在当代金刚上师中，青海果洛的嘉拉班朗、堪布西饶等正在传授密义。四川壤塘县的上师云登桑布、喇嘛龙成，喇嘛噶尔丹、藏巴机美多吉，活佛尼玛沃色等也在当地传授密法。四川阿坝县的大善知识喇嘛图基华金刚上师和卓格寺的堪布华尔丹等也在主讲时轮金刚六支瑜伽，此外的大德高僧还很多。