第一、
　　觉囊派在藏传佛教中可算是异军突起，独树一帜。觉囊派持他空见:承认有真如本体，与藏中宁玛派的大园满(35)，噶举派的大手印(36)，萨迦派的轮涅无别均承认有明空本性(37)，颇为相似，不过各派又各有说法不同，但均属于“胜义有”类。觉囊派与藏中持应成派(38)中观见的格鲁派主张一切皆空的“毕竟空”类，则全完对立。因此被视为异端而受到排挤。从历史的观点来看，觉囊的见地仍来源于印度的中观派见。本来印度的中观派，在派内就有各种争论，后裂为若干小派。但各自都承认自己是佛语旨意的正确解释者，觉囊派也说他们的见地是遵循佛教释迦牟尼在印三转法车仑(39)中的末转法车仑的意旨，是究竟了义(40)中观之教。
关于佛的三转法车仑，各派亦有异说。
《土观·宗派源流》说:释迦牟尼一代教言，总结为三转法车仑。初期教法为四谛法车仑，属小乘教;中期为中观;末期为唯识，此二为大乘教(《宗派源流》19页)。
　　觉囊派不同意末转法车仑仅为唯识教，而且主要是大乘中观了义教。《觉囊派教法源流》说:"导师释迦牟尼佛为顺应众生根机，转了三次法车仑:初为小乘转四谛法车仑，其经典有《缘起经》等等，此为因时因势而说之教，后成为争论之由，属不了义教;中转远离戏论无相法车仑，有《广、中、略般若经》等等，亦是因时因势所说，后成为争论之由，属半了义教，末转分辩胜义法车仑，有《如来藏经》等等。这不是因时因势而说，而是宣说究竟真理，真如法性(41)，光明如来藏，众生本具之佛智等，为完全是不可退转之了义教，所以全无所诤之处(原书3-5页)。
　　 关于判教各随所需，历来就有许多争议.据内地佛典记三时判教是出自《解深密经》。初轮是小乘教，中轮是法性空宗，末轮是法相唯识，此二是大乘教，对于初轮没有争议，争论较多是在中轮和末轮上，那一轮是了义教?争论的原因由于各大论师各对佛语解释不同而产生了各种宗派。
　　最早解释佛语而作论典的人是龙树菩萨，约公元三世纪时人，他是开创大乘之轨范，解释佛中轮密意，造中观《理聚论》，破小乘的色心实有论，提出缘起无性，色心一切皆空说，他的随学有提婆、佛护、清辩等创立了中观学派，后来因各自观点不同又出了若干支派.但都承认中轮为了义教，末轮为不了义教。后来无着等出，不满于一切皆空之“毕竟空”说，依末轮的密意提出了色空心有的胜义有(42)说，他的随学有世亲、安慧、陈那等亦因各自的观点不同，裂为各小派，他们说末轮的初期是瑜伽行(43)唯识派，后期是唯觉明的中观学派，总属于“胜义有”论派，承认末轮为了义教，中轮为不了义教。后人把龙树之门称为“空”宗，无着之门称为“有”宗。空有之争在印度也持续了数百年之久。
　　三时判教正反映了佛教的思想是在逐步不断深入发展的过程。
　　本来龙树开辟之空宗，无着开辟之有宗，在藏在印均称为大乘之二车乘，喻如日月二光或称世间二眼故空有二宗是相辅相成的，不应有高下之分。(《宗派源流》1页)、(《知识总汇》中553页)。
　　关于无着的学说，在印在藏大多都说为是唯识学，觉囊派不承认只是唯识，认为无着世亲是解释佛的末次法车仑，提出如来藏和自觉智(44)，属于大中观的了义教.他们就是随行无着所倡导的胜义有即他空见的中观学说。西藏的学者们对无着产生误解，主要是他们没有把唯识和唯觉明(45)(不二智)分开的原因。因此他们独尊龙树认为是中观正宗，贬低无着认为只是唯识而不是中观派。(《知识总汇》553页)。
　　觉囊派的看法认为这些学者对中观的理解还不全面。多罗那他把中观分为四个层次:一、共通中观;二、大中观;三、中观不共义;四、秘密义。
　　 (一)共通中观只承认缘起性空，胜义世俗皆无自性空，佛护、清辩、解脱军、静命皆属这一观点，他们说中转法车仑后宣说之《般若经》等为了义经。龙树为解释经义著《中观理聚》等论成为中观派的最大权威。末转法车仑各经都是不了义经。共通中观唯主“空”义，后来发展成为应成派则主张诸法自性皆空，唯名言安立而有，胜义世俗一切皆空的“毕竟空”论。(《他空精义》232-233页)。
　　（二)大中观主胜义有的他空见，觉囊派自认在藏就是他们的这一派，大中观的根据的经典方面有:《如来藏经》、《大法鼓经》、《央掘魔罗经》、《胜曼经》、《妙臂请问经》、《大般涅经》、《宝云经》等究竟了义诸经。阐释经义的有:弥勒、无著、世亲等的著述。弥勒在《现观庄严论》里略提他空之义。在《经庄严论》、《辨中边论》、《辨法性论》等中作了详细解释，在《宝性论》中更详细为决择他空之义。依觉囊派说，龙树亦说他空见，他在理聚论中为除常边，成立为空，在赞聚论中为除断边，成立为有(《文选》165-166页)。如《法界赞》中亦提出胜义不空的中观了义思想。陈那、安慧更发展了这种思想。从上述经典来看不仅宣说有唯识理论，并提出了法界真性，如来藏，不生不灭等(《二谛论》19页)，且是开创了中观了义之宗(《他空精义》232-255页)。
　　龙树无着的他空思想传入西藏由素·噶瓦多吉译师和赞喀布齐等人所翻译，觉囊派先辈所继承，到了笃补巴时则更为发扬光大(《他空精义》234-237页)。
　　(三)中观不共义，提出了如来藏，指明此即佛性，一切众生皆具。这佛性就是指常，乐，我、净、正、真、善。(《文选》)154页)。又说此为法身。
　　(四)中观秘密义，提出佛本具有身智(46)一切德相，并提出了“法界”(47)、“法身”这些概念。法界不是一般概念所说的空，它是出生一切法之界，尤其是胜义法界指的是一切涅功德之所依。法身说明此为佛之身、智万法之所依。皆为胜义有。(《他空精义》)241-245页)。染法空了，净法不空，此本根不变，因它为胜义智慧善品之根，属胜义有。自认为这就是究竟的了义大中观。
觉囊派的大中观，实际是在唯识基础上发展起来的，唯识提阿赖耶识(48)是有为法，只能含摄染法，他们改提如来藏，是无为法(49)，染净兼摄。
　　为表示他们的教义是本自佛语经教，还提出了四依不依:依法不依人，依经不依论，依了义不依不了义，依智不依识(《他空庄严论》148-149页)。又引《楞伽经》说;依于唯识理，不观察外境，依于无相理(空宗)，始知超唯识，缘于缘真实(有宗)，又超过无相，非有相瑜伽，不能见大乘(《了义海论》274页)。他们主张的胜义有，就是有相瑜伽。
　　第二、
　　关于他空见。觉囊派提出“自空”和“他空”这两个术语。什么是自空？说世俗诸法各以因缘而生，缘生不会有自体，仅是世俗假有。自己本身空者名为自空”相反“自己本身本具万德而不空者，则为胜义有，加在胜义上的东西如他世俗二执离戏(50)等皆空则名为他空”(《二谛论》3页)、(《知识总汇》中550页)。自空、他空是对待来说的，说世俗是自空胜义当然是他空了，"他空”换言之就是承认胜义不空，"胜义有”反对“毕竟空”。这个名词在印度的佛典中是没有的，觉囊派为了显出他们的不共宗见(51)，故特立此新名。