又觉囊派总的教义，即其因、道、果三者之建立。一、关于因，认为众生欲求佛果，众生因地本具光明如来藏之佛果，佛与众生所具无二无别，此则所谓因地果地无别之见。肯定众生因位本具有佛性，但众生由于忽尔垢障虚妄分别，障复真性而不显了。故需离戏无分别智，破除分别实执，分别实执犹如垢衣，光明如来藏本觉妙智犹如宝珠，除去垢衣则珠光之自然本有智慧觉性显露闪耀。二、关于道即除障之法，总有两种对治法门，一依显教道:破人法二种无我，清除烦恼及所知二障，通过加行道等五道十地修行，至九、十地时始能初证离戏光明法性，悟清净如来藏。但此须历劫修行，不能园证佛果。第二则依密乘道之殊胜方便和上师密决，束气归脉，彻底清净障复如来藏上无始以来所积业及烦恼和无明种子习气，故制心而外还须制气，本性犹如虚空，分别实执犹如云雾，云雾去后虚空仍旧，悟此本元心性，一切现成但须保任，无修无治任运自然，密乘即入无有分别离戏大智大手印三摩地、即所谓空色大手印之双运三摩地(《文选》333页)。三、关于果，若此内界中因地果地无别之本有妙色光明智慧获得现证，则法身本具一切身智德相尽皆显露，本具身智无增无减，此胜义自然智，果因无别，果因一体(《文选》)290和326页)。笃补巴说:众生因位之如来藏与佛毫无差异(《了义海论》28，29，30，53页)。此则果因无别之见也。
　　第五、觉囊派的实修。觉囊派的实修方法亦重显密兼修，除了在见解上是依他空见的解释外，其修法与藏传佛教其他派别如萨迦、噶举、格鲁、宁玛都无大差别。
　　 在显教修心方面亦须修前行支分之各种缘想，如观人身难得，死无常，轮回苦，深信业果乃至皈依，发心，小乘之出离心，大乘之菩提心，勤行戒定慧三学，六度以及止观法门等，这些与藏传佛教其它派别的观法完全相同。
　　他们认为只修显教的止观，观蕴、界、处等皆是假名无实，可以证得人法二空境界。但即此空，仅是自空境界，尚未获见空明乐空的不二智的他空境界，佛的身智功德未能显发;若无身智功德，则即身不能成佛，因此尚须结合修密教的果乘，即显发佛的身智法门。自空，不是了知即空，自然而空，若无密乘的风脉修法(70)，执着束缚之无始熏习不能断除，故须修圆满次第风脉修法才能断除。
　　密教方面也分四续部，作、行、瑜伽和无上瑜伽，总为上下二部。上部即无上瑜伽，其中也有父续，母续，不二续，本尊有胜乐、密集、大威德、金刚持赫鲁迦等。依本尊修生圆次第、修幻身、光明、双运等，这是藏传佛教之通规。不过本派特重本初佛时轮金刚的六支行。
　　密法的首要就是要承认众生是佛、众生皆有如来藏，如来藏的功德，光明、大乐、离戏不二等在众生因位时不易显发，因为这些是瑜伽者及佛所行境界。必须依时轮六支行，才能证得空明(71)双运、乐空双运、果因无别之不二智，逐步获得果位。故必须显密结合。他们说他空见与密乘见极为契合，承认此见是融通显密之大见。他们说要通过密宗修法才能证明他空见之是否正确。这指证明佛的功德都是本具，是胜义实有，引《桑布扎密经》证明众生身中皆住有如来藏，遍一切有情，自心本性就是光明自觉的如来藏本面。“世尊金刚持·赫鲁迦(72)之自性遍于一切虚空等等”(《二谛论》19页)。引《密集胜曼续》证明“五蕴即五佛，五大(73)即五佛母，认众生之身即是智慧本尊佛”。十二处、十八界均为天身自性。甚至连“本尊、坛城、种子字，(74)印契(75)等均认为是自心本具，什么胜义三宝，(76)百部天尊(77)，共一意趣”(《土观宗派源流》220)。谓世俗空了，其根为胜义，具体就是天身、明咒。“佛在身中住，其他处即无”身有无余大智慧，此智超出声闻、独觉之最殊胜智慧，佛的功德为众生本具，此指佛之一切智慧法相，三身四智，五眼六通等，皆为本具并引据大量密经而为证成。
　　他们求证的就是如来藏的实相本来双运智，即不二智，(《知识总汇》548页)，或谓证空色大手印，空色光明，离戏光明等。
　　他空见具体贯彻在密乘中即修不二智与空性，即修明空双运与大乐和合。此称为乐空双运，或称为密乘之他空大中观见，指出“一切诸法之本性即心性光明，空去一切戏论及形相，自己本体法性妙觉，具有自觉之性，是本自元成”(《知识总汇》中557页)。认为此为密乘中甚深中观之见。未修密前入坛场，灌顶，受三味耶戒，一般密乘事相与各派相同。具体做法是在观想天身时从空寂中所出种子和印契明现于六根六尘上，所谓“空”者指若对此明现取相执实，即不超出轮回，不执不着，不起分别，可阻妄念起动。属于涅。但尚未离有毒之性，故应修明空双运，即明现之时即空，即空之时而又能明现，此为明空双运之见，或轮回涅(78)无别见，这时，境成现空双运，心成明空双运，从定起时仍不离佛慢(79)。上系有相瑜伽(80)，还应修无相的圆满次第。修空色光明，将天身，坛城在整持，随灭(81)二次第中清净。则全无所缘而住，此则名为禅定。在此境中可以阻止自空之分别戏论。然此尚未亲证自觉智，还须修空色大印(82)，乐空双运(83)，由燃滴(84)力引生四喜俱生喜乐智(85)亲证如来藏之实相(86)光明大乐，则本来真性及佛所具之智慧德相皆全部显露出来。
　　又觉囊派的特法──《时轮六支行》之修法主要是修空色大手印。一、收摄，其它派密法指如临终时四大五蕴之收摄，觉囊派则指三种远离(87)，使本性由根尘中解脱出来，进入三空境界，初见空色光明，即法身本有妙色。二、禅定，心住于所缘之空色光明，初证光明由内显发他空之真实性。所以他们特重空色光明之观察，不过，觉囊派说这种色相是内界胜妙之空色乃圣人所证境界非一般凡夫所见之粗色尘(《文选》111页。三、命勤，由金刚诵收纳全身风息，强制进入中脉，用宝瓶气，封闭上下二门(88)，可以得自在风息，控制四大。四、持风，由修风脉明点之枢要，掌握不坏明点(89)风息可以主宰生命。五、随念，修燃滴四喜(90)，初证乐空双运智。六、三摩地，空色与大乐融成一味，入乐空双运定。通过上面修法则可现证三身圆满正觉而成佛(《知识总汇》下429-453页)。