觉囊派承认他们是中观派，所谓中观就是不堕二边(60)。他们说，世俗所现不加省减，不堕断边，胜义实相，离诸戏论，不堕常边，此为中观，因之二谛双融(61)。智慧不执任何法之相，不堕常边，大悲为利他故广大积资不随断边，此为中观道之二谛双融。离一切戏论形相获证法身，不堕常边，二种色身在轮回未空间作调伏上下化机利生之事，不堕断边，此为中观果之二谛双融也(《知识总汇》中559-560页)。又说承认偏计，依他，因缘生法不堕常边，园成是无为法非因缘生，不堕断边(《了义海论》253页)。或说离世俗本无而执为有之常边，胜义本有而执为无之断边。
　　第三、觉囊派所说之胜义有，具体指的是自心本性的如来藏。如来藏为园成实，园成实具有三相，光明、自觉(自证)，离戏。(《知识总汇》中511-544页)。此为诸法之法性。如来藏就是法性、觉性、佛性。佛与众生同具，它名为因时果时无有分别之见，此为胜义法性。“胜义法性是何者?非是冥顽乃觉性”(《了义海论》233页)。
　　法性周遍法界，含裹十方，如来藏如虚空，非任何所成，常不思议，本自园成，"遍”指空明法性遍一切法。如来藏本性光明，有时说“空色”，或“空色光明”。自觉，指自心本性(灵性)。离戏指本来清净，远离言思戏论，在密乘中还加“大乐”。光明大乐均为佛的受用境界，成佛非成一个寂灭无为，故说胜义不空。
　　觉囊派说如来藏“遍”一切情器(62)，虽说如来藏如虚空，但非空空洞洞之空，如来藏是法身，有自觉智，能遍照一切情器世间是界觉无别之光明觉性。
　　如来藏何以能遍，因为如来藏是万有之法界，没有一法不包括在法界中，万有包罗在法身，法界中，平等园融。(《文选》224页)。故如来藏又是万有之所依或根子，在染为染根，在净为净根，染净均是如来藏一根，此根名为元始之根。这是染净同源的思想。
　　如来藏为万有之根。在染时之根则名为阿赖耶识，为无明种子习气杂染之依托处，是烦恼根，阿赖耶为有为法，随万有生灭转变，故转识成智，妄识自空，作为万有所依之根本是无为法，不变动则恢复本面，所谓阿赖耶有识智之分，转识之根，称为净根，染净都是一根，又名为根之根，实即仅是一如来藏分位(63)所立之名，所以并没有有为转为无为的问题。(《文选》207页)。
　　他派说佛只证寂灭，则成佛只证空性，胜义世俗一齐空，成毕竟空，把如来藏也空了，世俗万有失去依托之处，前后世业力谁来负荷?佛性的身智归空，即佛性成为断灭，无智无德(64)成佛何用?求出离解脱，契证佛果，皆成无有意义之事。所谓寂灭是指忽尔垢障清净之相，非是寂灭断空。
　　故如来藏为万法之根，绝不可空，如来藏遍情器，但它是无为法，不参加有为之万法的造作，故如来藏对万有，也不是本体与现象的关系。
　　如来藏如虚空，非空无一物，有智慧不二智，此为本具，非缘生法，若因缘生法终有断灭。故如来藏智慧则为甚深之空性，乃真常之自性(《了义海论》234、236、238页)。为本元之法界。
　　如来藏自性为自觉智，或称不二智，此即众生之觉性，佛与众生仅是迷悟之差，他们说二取空后之根不可空，如证二取空，谁知证了空性，知此即是自觉智，若无此智则成顽空(65)断空。自觉智是有，此颇苻合诸大续部(66)之旨趣(《知识总汇》中550)。能所二取，是虚妄分别，是客尘，有始有终之法，属自空。而剩下的即此自觉智，属本具，真常自性，是为如来藏脱去所裹秽衣，离去世俗之染即为胜义如来藏。如来藏之自觉智即为佛性，是由悟得来的，不是由修得来的。
龙树说，轮回与涅 ，无有稍分别，涅与轮回，亦无少分别。“忽尔垢所障，除障即成佛”(《了义海论》46页)。指一悟即了。《密严经》云:"如来清净藏，世间阿赖耶，如金与指环，展转无差别”。阿赖耶摄持之功力，即如来藏之功力，阿赖耶是真相识之所转变，真相识即如来藏，《楞严经》说:"一切世间诸所有物，皆是菩提妙明元心，心精遍园，含裹十方”。一切虚妄分别去了，才能显露出如来藏包含宇宙万有之真机的真本面。
　　说毕竟空者，认为一切皆空，他们忽略了如来藏的秘奥和自觉之妙智。不管真妄心，心皆非若木石，有灵明妙觉，称为不二智，即明空双运之智也(《了义海论》233页)、(《他空精义》234页)。　　
　　以上这些说法与宁玛、噶举颇为一致，但如何契证，宁玛噶举是主张顿悟，而觉囊即认为须通过密法的甚深方便始能得悟。
　　第四、觉囊派的其它教理。觉囊派的教法大多来源于萨迦，所以觉囊与萨迦在观点上较为接近。他们是从唯识学发展起来的。觉囊派的教理中提出五法三自性说法，此乃出自《楞伽经》，但为唯识所宗。三自性即偏计执性等已在前而提过了。五法即名、相、分别、正智，如如。提五法三自性为了建立他们的解脱理趣认为众生的妄想自性即遍计执性，都是由于执着事物的名相和事相而起。所谓执着名相，即执内外诸法之假名(概念)，假名安立，构成概念，所谓着事相，即着概念，确有内外诸法之事实，皆由妄想分别所生，不知这些都是依他因缘而起，名为依他起性，是缘起生灭之因，如何求得解脱则要证成园成实性，那便是舍离名相和事相的妄想，内证圣智，即得到自觉证智，由此便能证入如如之境。这如如境界就是园成实性。现前的这一些五法三自性的法相，始终不外一心，只悟自心，不向外求即可契证圆成实性，所谓正智，是由识转智，得自觉内证圣智，以正智观察五法三自性的法相，则本性完全显露，则为如如之境，此如如即是本觉法性。
　　觉囊派不承认五法三自性为唯识学，说此广见于末转法车仑的经典之中。笃补巴说，若说五法三性是唯识见，那么《般若经》亦多谈三性，《般若经》应成为唯识的经典了。三性之说亦多见于《辩中边论》(《了义海论》265页)。
　　五法三自性是决择(67)二种无我的，通过观察名相所构成之三种妄想空无我和法的存在，离二执后则可彻见自心本性
　　又觉囊派所说解脱理趣，关于对所依根和能依根的认识，他们把宇宙万有世出世法归纳为二十五法，此出自《大盘涅经》、《大法鼓经》、《央掘罗魔经》等。二十五法的分法之中二十四法为世俗法属有为能依，余下一法为胜义法属无为，为所依。他们又说一切法都可以总归为蕴、界、处三科。蕴中之色蕴，处中之心意，十八界中之内法界，概括起来则万法总不除色、心、及不相应行三法之外。二十五法之建立，主要在通过蕴、界、处和心意识等人，法两方面的分析观察来决择人法皆仅是假名安立全无人我法我可得，实际存在的仅是由蕴界和合之产物，并无实体。换言之客观物理，影响主观生理和心理相互作用下所产生的现象或作用，并无实有可得，所谓人法之我皆假名安立，于是可以悟到人法二种无我(68)，清除二障，证二空智(69)，但二空后并非空得全无所有，故在此基础上可以彻见万法之所依，自觉自明自然智，现证胜义法性本元之实相，和光明智慧之法性。以上是概略叙述，欲求详细，请阅多罗那他著《修心讲义》、《讲解甘露》和藏文本《文选──觉囊派》等书。