17世纪上半叶，不丹喇嘛教也发生教派斗争。1616年，从西藏来的阿旺·纳姆加尔喇嘛，在加尔萨的欧姆错家族为首的不丹统治集团支持下，迫使他的主要放手拉巴派和南因巴派教徒改宗或者被流放，最后独揽国家大权，尽管他没能把宁玛派赶出不丹。这样，他确立了主巴噶举派在不丹的统治地位，并以“沙布隆”（指菩萨或即将修成的佛陀）称号自立为不丹最高的宗教和政治领袖，形成了沙布隆阿旺·纳姆加尔喇嘛的转世系统。到17世纪末，不丹的喇嘛僧团已经建成了完善的教阶制度，包括五种重要的僧官，即“基堪布”（大方丈，又称“肯钦”）、多吉洛本（主管密宗教授）、达格皮洛本（主管语言学习）、扬皮洛本（主管礼拜事宜）、参尼洛本（主管佛教哲学和因明的研究）。基堪布是寺院首领，地位几与国王相等，国王的绝对权力不能行之于基堪布和其他高僧，僧官的推选国王也无权过问。其余四个洛本隶属基堪布，教阶相等，地位高于不丹政府的二等官员。多吉洛本协助基堪布工作，是普那卡和廷布达仓的院长，说明密教占有特殊地位。这些高级僧官大都由西藏人担任，直接参与国家政务。年青喇嘛也需要到西藏，特别是康区的佐钦寺留学进修。
　　
　　寺院的经费主要由政府供给，部分靠寺院土地的收入。　 
　　

　　 4.在锡金的传播
　　
　　锡金王国创建于17世纪，中国史称哲孟雄，后沦为英、印的“保护国”，今被印度宣布为它的一个邦。
　　
　　锡金早期的居民主要是雷布查族，信仰苯教，而后尼泊尔人居多。8世纪中期，印僧莲华生在西藏传播的佛教密宗也传入锡金。17世纪初，西藏喇嘛教高僧拉葱钦波率两弟子前来传宁玛派教法。1730年，噶举派也传进锡金，并建立了主寺。宁玛和噶举成为在锡金占统治地位的教派，具有在政治上左右局势的实力。活佛赠给锡金国王却杰（法王）的称号，使锡金也成为政教合一的王国。锡金信奉喇嘛教的民族主要是雷布查人、菩提亚人、尼泊尔移民、古隆人、马喜人和塔芒人。　 
　　

　　 5.在尼泊尔的传播
　　
　　尼泊尔本是佛教最早流行的地区，佛教创始人释迦牟尼的诞生地迦毗罗卫，即处在印、尼交界处。相传公元前520年左右，佛陀曾率领弟子在尼泊尔各地传播佛法。公元后的最初几个世纪，一直盛行小乘佛教说一切有部。传说4世纪，瑜伽行派的奠基人之一世亲曾到这里传播大乘教义。到5世纪梨东毗王朝摩纳提婆统治时期，婆罗门教又得到发展，形成与佛教并存的局面。7世纪以后，尼泊尔成为吐蕃王朝的属国，加强了西藏与印度的联系，也愈益受到西藏的影响。9世纪以来，印度佛教自续中观派传人静命（寂护）、密教大师莲华生、寂护弟子莲花戒以及阿底峡等进藏之前，都曾在这里布教。11世纪中叶至15世纪初，藏传佛教的宁玛派、噶当派、萨迦派、噶举派中的噶玛噶举等相继传入尼泊尔。其中噶举派祖师玛尔巴和他的弟子米拉日巴、噶当派的著名译师俄·罗丹喜饶等都曾到尼泊尔留学并弘传西藏佛教。居住在北尼山区、中尼和东尼的塔芒人、马喜人、苏思瓦尔人、拉伊人、林布人、古隆人、菩提亚人、塔西卡人和谢尔巴人中，大部分信奉西藏佛教，一部分同时信仰印度教。（信息来源：中国佛教文化网）