1940年元月，在陪都重庆，太虚大师率中国佛教国际访问团出访东南亚及南亚诸国。此行旨在宣传全民抗战国策，揭露日寇的暴行及阴谋。慈航作为太虚大师亲自指定的访问团成员，由香港抵仰光随团出访。

　　全面抗战爆发后，日本侵略者通过日僧在东南亚各国散播谣言，诬陷中国政府毁灭佛教，因而引发中日战争，并声称日本是为了挽救中国佛教，并非要灭亡中国等等，妄图蛊惑人心，孤立中国。

　　在印度，圣雄甘地会见了访问团全体成员，对中国抗战深表同情并予以道义上的支持。在玄奘留学的那烂陀寺，慈航面对异国僧侣和信众，声若洪钟般怒吼：“日寇在中国不仅杀人放火，强奸掳掠，去年底还把我的恩师圆瑛大师投入监狱，罪名是‘抗日’！我们深知，欲兴佛教，必先救国。所以凡是大乘佛教的信徒，都应本着‘上马杀贼，下马学佛’的精神，对于有害人类的蟊贼，都应该抱着抵抗铲除的决心。这是中国佛教徒秉承释迦正法、救国护教、匡扶正义、扬善惩恶、济世度生的神圣使命！”慈航法师义薄云天、荡气回肠的演说，感动了全场听众。

　　在马来亚(半岛马来西亚的旧称)马六甲青云亭，慈航诚挚呼吁：“我们海外侨胞应不分阶级、不别宗教，在‘国家至上，民族至上’的原则下，万众一心，团结起来，有钱出钱，有力出力，以促最后胜利的到来。”

　　访问团所到之处，相继成立了中缅、中印、中锡、中新、中马佛教文化协会，完成了一次意义非凡、功德圆满的国民外交。

　　布教南洋 饱经忧患

　　1940年夏，慈航法师驻锡马来亚槟城，积极倡导并实践“人间佛教”理念及兴办“教育、文化、慈善”三大事业。为了筹资兴学，他拜访大马华侨社团，深入华人社会，弘法化度，广结法缘。历经一年筚路蓝缕，终于办起了槟城菩提学院，并组建了槟城佛学会。

　　当时，马来亚是英国殖民地，学校教育以英文为主，华文教育不被提倡。慈航看到了问题的严重性，于是制定了具有中国历史文化内涵的教学大纲，要求80多名华裔学生，不但要精通佛学，而且要掌握华文华语，还要学习一般的世俗学。

　　1941年12月，太平洋战争爆发，日寇长驱直入，很快就攻占香港和东南亚各地。在一次日机空袭中，槟城有数所学校被炸。慈航刚从怡保赶回，立即率僧侣救护队火速赶往现场，冒死抢救伤亡学生。在他的勉励和感召下，不少华侨热血青年毅然回国参军参战。

　　马来亚沦陷后，日寇得知慈航曾是中国佛教国际访问团团员，于是处处寻衅刁难，他愤而离开槟城，在新加坡闭关养晦。数月后，慈航抖擞精神回到槟城，联络僧俗两界，创建了怡保、雪洲、吉隆坡、马六甲等地的佛学会，又在新加坡灵峰创办了星洲菩提学院。

　　1943年，慈航应各方邀请移居新加坡，继续从事佛化的社会教育工作。期间组建了新加坡佛学会，创办了《佛教人间》月刊，之后时断时续闭关写作，并发表了《吾爱吾教亦爱吾国》等重要文章。当时星洲百姓不满日寇统治，受他感化而皈依三宝者日众。

　　1945年8月，日本无条件投降。消息传来，慈航欣喜若狂，他在灵峰山上高呼：“阿弥陀佛，我们终于胜利了！ ”随后，他到槟城联合各寺院，在极乐寺隆重举行“追悼抗战阵亡将士大法会”，以胜利的喜讯告慰英灵。

　　二战结束后，慈航在灵峰和槟城各办一所菩提学校，又在灵峰建立法师寮，资助国内青年法师前往修学。为了改变佛教界内部门户隔阂，他协调各方，做了大量工作。此外，他还创办了《中国佛学》月刊，发表了《建设中国新佛教大纲》等文章。

　　1947年，太虚大师在上海玉佛寺圆寂。慈航闻讯哀痛欲绝，随即在《中国佛学》刊出追念专号。而后又创办《中国佛教革命的呼声》小报，大量寄往国内各大寺院和佛学院。这期间，他还规划在杭州创办一所佛教大学，并为此而奔走呼号。

　　时过不久，圆瑛大师在马来亚槟城极乐寺举行传法典礼，表彰慈航“德学兼备，为教心切，庄严国土，利乐有情，慈悲为怀，培育后学”，特予传付法脉，为曹洞宗第47代传人。

　　弘法台湾 身陷囹圄

　　1948年10月，慈航法师应台湾中坜圆光寺住持妙果的邀请，赴台创办该寺的台湾佛学院。途经厦门时，慈航深情朝礼南普陀寺。他把南洋弟子们给予的大笔供养，拿出一半赠给闽南佛学院学僧，另一半捐给寺里慈善部门，托付设斋棚赈济饥民。结果他渡海抵高雄码头时，竟然身无分文。

　　圆光寺是地处偏僻乡村的小寺院，当时既无师资，又无设施，根本不具备办学条件。尽管如此，慈航依然没日没夜地忙碌起来。

　　1949年，国民党当局节节败退台湾，随之颁发“戒严令”，宣布台湾处于“战时动员状态”，对内对外实行全面戒严。这期间，一些在大陆佛学院就读的青年学僧，风闻慈航在台办学，也在动荡与迷失中渡海去台。上岸后，他们举目无亲，四处流浪。

　　慈航不忍看大陆学僧流离失所，于是不避凶险，挺身而出，将20多名大陆学僧收容在佛学院就读。此举引起圆光寺方面的惊慌和不满，双方经激烈谈判，寺方最终留下其中10人。慈航带着余下的10多人辗转颠沛于各寺院，后来以帮助办佛学院作为交换条件，才把大陆学僧分别安置在基隆和苗栗的两家寺院中。

　　1949年春夏，台湾岛内谣言四起，人心惶惶。此时，三家寺院都向慈航正式提出：因经费困难，决定不办佛学院了。慈航悲愤交集，带着20多名师生浪迹四方，几经周折，终于在新竹灵隐寺得以落脚办学。不料不出一个月，祸从天降。 6月19日，新竹警察局突然将慈航及13名大陆学僧逮捕，第二天秘密押往台北市警察局刑警总队。

　　在审讯中，慈航被诬为“涉嫌匪谍案罪”。在据理申辩遭斥后，他临危不惧，临难不苟，借三昧定力之功，摄心入静，一心念佛。关入牢房后，他泰然自若，每天照样为学僧讲经说法。

　　这期间，台湾警备司令部会同各地警局，到处追捕大陆僧青年，社会上盛传“中共间谍冒充僧人混入台湾”。岛内各寺院风声鹤唳，一夕数惊。

　　慈航被捕的消息传开后，他的几位僧俗道友随即展开营救。其中一位曾当面向时任台湾省主席的陈诚请求放人，陈诚却以“当依法处理”拒之。万般无奈下，他们转往孙立人官邸求救。孙立人时任台湾“陆军总司令”，其夫人张晶英笃信佛教，与慈航有过交往。