哲蚌寺创建于明永乐十四年(1416年)，是格鲁派创始人宗喀巴的徒弟绛央却杰兴建的。

　　 绛央却杰诞生于西藏山南桑耶地民从小勤奋好学，后拜宗喀巴为师，专攻佛经经典，终成精通显宗、密宗经典的著名人物。为了广泛传播教义，宗喀巴嘱托他兴建一座规模宏大的寺庙，并赠他一个象征吉祥的右旋法螺。绛央却杰在当地贵族朗嘎桑的资助下，于1416年动工兴建，取名为“白登哲蚌寺”，藏文意为堆米寺或积米寺，即吉祥米聚十方尊胜洲。

　　 寺院建成后，绛央却杰任该寺第一任堪布(法台)。哲蚌寺法台共延续23任。1464年，哲蚌寺建立僧院，传授佛教经典。

　　 哲蚌寺是二、三、四世达赖喇嘛的坐床之地，被称为历世达赖喇嘛的母寺。二世达赖根敦嘉措在寺内主持修建了噶丹颇章作为宫室，掌握西藏地方政权。1546年，三世达赖喇嘛索南嘉措作为该寺第一个活佛被迎请入寺。后来他应蒙古俺答汗的邀请，到青海讲经弘法。明万历六年(1578年)，俺答汗赠以“圣识一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛”的尊号，达赖喇嘛一称即始于此。索南京措得此尊号后，又追认其前两世为第一世、二世达赖喇嘛。

　　 五世达赖罗桑亮措受清朝政府册封之前，一直住在哲蚌寺。由于历世达赖喇嘛以此为母寺，因此它在格鲁派寺院中地位最高，影响深远。噶丹颇章为二世、三世、四世、五世达赖喇嘛住赐之地，曾被作为格鲁政教合一地方政权的代称。

　　 哲蚌寺内组织制度严密，有错钦、扎仓、康村、米村等主要组织。

　　 错钦是全寺最高组织，其它组织都隶属于此。错钦大殿在全寺殿堂中最为宏伟。这是一座典型的扎仓建筑，其平面按转经礼仪设计布局，由门厅与前廊因成的天井、经堂、佛堂组成一整体建筑。其中经堂为主要部分，面积近2000平方米，可同时容纳8000喇嘛诵经。

　　 错钦大取经堂内有183根立柱。经堂中部凸起天窗采光，比较幽暗。天窗周围挂满彩色唐卡、帷幡，气氛神秘、庄严。大殿背后有绛央却杰当年修行的净室。错钦大殿的配殿供有二、三、四世达赖喇嘛骨灰的灵塔，灵塔用白银制造。 哲蚌寺有四大扎仓，隶属于错钦，相当于分院。四个扎仓分别是罗赛林扎仓(显宗)、古玛扎仓(显宗)、镕阳扎仓(显、密两宗)、阿巴扎仓(密宗)。每个扎仓都有集会的经堂和大殿。扎仓各有自己所属僧众，不同扎仓不能相混。各扎仓都有严格的学习制度，每年集体学习8次，每次15天到1个月时间左右。学习方法是背诵经文和因明方式辩论。结业时在堪布前受试，由堪布按成绩优劣授予不同等级的“格西”学位。优秀者可参加大祈愿法会，授予最高“拉然巴”格西学位。

　　 康村是扎仓的基层组织，哲蚌寺过去有29个康村。米村也是扎仓的下一级组织。

　　 西藏实行民主改革后，废除了封建特权和压迫剥削制度，成立了寺庙民主管理委员会，下设治保组、文物组、生产队等。寺内有土地、果树、牛羊等，还有汽车、拖拉机、马车等，喇嘛们除念经拜佛外，还从事一些力所能及的农林牧副业劳动。实现了以寺养寺，僧侣的生活能够自养，改变了过去靠信徒供养的状况。

　　 哲蚌寺内塑像精美，文物丰富。错钦大殿一层中间供奉着大文殊像、白伞盖像。三层为弥勒佛殿，里边供有宗喀巴赠给绎央却杰的右旋法螺。二层为藏经室，珍藏着佛教经典《甘珠尔》、佛经注疏《丹珠尔》各一百多部，还有宗喀巴三师徒等所著的几百部佛教经典的手写本，这些都是珍贵的历史资料和文物，对于研究西藏历史和佛教的发展，有重要意义。 在其它经堂大殿内，供奉有宗喀巴三师徒、观音菩萨、文殊菩萨、金刚持佛、无量寿佛、无量光佛、度母菩萨、绛央却杰等等塑像。这些塑像，造型庄重，形态自然，神情逼真，是藏族人民智慧的结晶。大殿、经堂和僧院的墙壁上，还绘有许多壁画，题材广泛，色彩浓艳，把寺院装点得丰富多彩。还有回文诗，也生动有趣。

　　 新中国成立以来，人民政府将哲蚌寺列为国家重点文物保护单位，多次拨款对哲蚌寺建筑进行维修，文物进行妥善的保护。特别是中共十一届三中全会以后，落实了宗教信仰自由政策，哲蚌寺经维修已焕然一新，殿宇层叠，群楼耸峙，成为中外佛教徒朝拜和旅游者观光的胜地。