宋末咸淳二年(1266年)，寺院尽毁，於五年由寺僧庆思募建，乃改为“天竺教寺”，至元末时，上天竺寺院又毁，直至明洪武十五年(1382年)，高僧宗泐人京任僧侣左善世师，奏请重建；明太祖遂下旨建观音菩萨殿，并下令杭城驻军停操二月为建寺搬运砖木。明正统十年(1445年）明英宗朱祁镇将本山《北藏经》5048卷赐藏该寺左右，同时附有《护藏敕谕》一道。在明朝统冶二百七十馀年间，上天竺完全靠僧人募化等办法整修寺院。清朝前期，清帝信奉观音大士“奇术妙相”、“灵感显应”，对天竺寺恩宠有加。康熙玄烨，六巡江南，五到上天竺。康熙五年（1666年）发朝廷内库“重为周色”，并赐《金书尊经》，官员们盛赞此举使“湖山动色，草木回光，美哉圣乎！”玄烨先後赐御书《金刚经》石刻一部、御书“法雨慈云”匾额、金字《心经》、墨刻《药师经》、御制《重修上天竺寺碑记》等。乾隆十六年(1751年）三月，弘历初到南巡进两到上天竺，除题诗外，并定名上天竺寺为“法喜寺”，御书寺额和“宝陀飞观”、“普甘露门”等匾额，题写柱联有:“绕座法车仑明宝月，盈阶甘雨散花天。”此后，他每到上天竺，必有赏赐或有卸书题字，先後该观音像、佛像，石刻《莲华经》，御书《华严泾》、《兰亭图石刻手卷》，并题写“色空不二”、“印真阐谛”匾额等，他手书的《千手千眼观世音大悲心陀罗尼经》石刻一册曾刻石19块嵌於法喜寺罗汉大士殿。

　　正是由於朝廷的提倡和众多佛徒信众对“观音灵验”的信奉，故明清时，浙江苏南各地的乡民村姑都纷纷来天竺进香，成为每年一度的“香市”。据《武林旧事》、《仁和悬志》称:“方奉时，乡民扶老携幼，焚香顶礼大士，以祝丰年，香车宝马，络绎于道，更有自远方负担而来者，名曰香客。凡自普陀院回向，未有不至此者。”“二月十九日为观音大士诞辰，三吴浙东士民，斋至艺香，舟车络绎，昼夜不绝。”每年新年刚过，“春服既成”，而养蚕尚早，於是“衔舟打桨，进香天竺，结舫为邻，棲至於此”。每逢香市自武林门、松木场、经昭订寺到天竺，沿途摆满各种货摊，贩卖各种用具、土产、玩具等，为时一月有馀，延绵数里，道为之塞。“天竺香市”被列为“十八景之一”，直至1949年前，三竺路旁仍建有相连平房供香客宿夜。50年代後开始衰落，70年代末开始重又兴盛。

　　“文革”期间，法喜寺亦遭劫难。改革开放後，杭州市政府把天竺三寺列为西湖风景区名胜发展项目，法喜寺又喜逢佛缘盛世。在国内外十方大德贤士支持下，寺院焕发新彩。重修後的法喜寺现有天王殿、圆通殿、大雄宝殿、斋堂、客房、山门等主要建筑。尤其是大雄宝殿的五百罗汉山，其雕塑造型艺术融全国各地寺院五百罗汉造像风格。寺内还有生长历史已有五百多年的古玉兰和方竹，其中古玉兰只每年二月十二开花，二月二十即凋谢，开花期仅八天，故尔有缘睹其花者甚为难得。