宗喀巴通过自己所阐述的"缘起性空"论，堵塞了在他之前西藏佛教各派中存在的漏洞，把藏传佛教思想从哲学上发展为一个完备的体系。宗喀巴"缘起性空"论的主要特点：一是强调空有结合。在宗喀巴的理论中，缘起有与自性空、世俗谛与胜义谛是紧密结合的，只不过他认为缘起有和世俗谛是假有、是幻念，是应该加以否定的。二是宗喀巴作为一个彻底的无自性论者，在"自性"问题上"于名言微尘亦不许"即：于名言中亦不许诸法自性成立，也就是说语言、概念不能界定事物的本质，这与此前藏传佛教界的观点是不同的。三是宗喀巴在论述"缘起性空"的过程中，用大量的篇幅批驳了当时在西藏佛教界占统治地位的非有、非无的思想，使整个藏传佛教哲学思想沿这一主线发展的趋势嘎然而止。日本学者松本史朗在《宗喀巴中观思想研究》一文中对此作了高度评价。他说："在我看来，从龙树开始到宗喀巴为止的中观思想史，除了他们两人外，全都是'离边中观论'的历史，可以说正是宗喀巴的中观思想才彻底逆转，根本推翻这一具有千年以上传统的对中观思想的一般的解释。"（注：[日]松本史郎《宗喀巴中观思想研究》，褚俊杰译，王尧　褚俊杰《宗喀巴评传》附录四）