转识成智的成佛理论也存在一些难点。首先，它主张种性说，认为有一部分人先天不具有无漏种子，因此注定不能成佛。这一思想与印度固有的种姓制度有关，对佛教的传播、特别是中国佛教唯识宗的发展可能有负面影响。中国人自古倡导人性善，宣扬人人皆可为圣人，面对有人不能成佛这样的歧视性条款，自然很难接受。玄奘去印度取经前已经注意到这个问题，在印度也曾就这一问题向他的老师戒贤提出疑问，表明他在这个问题上立场的游移。种性理论在实际操作上也有很大困难，因为出世种子只有到了出世解脱的阶段，才能肯定，在此之前，如何断定谁有谁无出世种子？
　　 其次，唯识学的解脱理论非常重视人的实践，但它所强调的实践方式主要是宗教实践，未能以更开阔的眼光予其它的实践形式以更多关注。实际上，生产劳动、科学试验等对于人性的改造同样重要，在改造客观世界的同时改造主观世界，为人的解放开辟了更加广阔的天地，这是今天的道德修养论和宗教解脱论应当明确的。