儒者论心性之学，原非所尚，纪昀论之甚力。宋代理学，统由禅宗蜕变而来。南宋以来，朱熹集理学之大成，而其立论，颇多躲闪。朱氏虽继承程门，而于尧夫(邵雍)之数理，张载之性气二元之说，濂溪之“太极图”，彼此常为畛域者，朱氏皆并宗之。复尝于武夷山中，与道家南宗祖师白紫清(玉蟾)交往颇切，欲随之学道而不得请。且化名崆峒道士邹沂，注《参同契》。纪昀力证其事。有曰：
　　殆以究心丹诀，非儒者之本务，故托诸廋（sou）辞欤？考《朱子语录》论《参同契》诸条，颇为详尽。年谱亦载有庆元三年，蔡元定将编管道州，与朱子会宿寒泉精舍，夜论《参同契》一事。文集又有蔡孝通书曰：《参同契》更无罅漏，永无心思量，但望他日为刘安之鸡犬耳云云。盖遭逢世难，不得已而托诸神仙，殆与韩愈贬潮州时邀大颠同游之意相类。 (《四库全书总目提要·子部·道家类》朱子撰《周易参同契考异》按语)
　　复次，明代大儒如王阳明，亦初习佛法天台止观，且曾于定中得相似神通，后复失之。又三度求道于道人蔡蓬头，不遂而罢。终成一代儒宗，《王文成公年谱·辛酉事》有云：
　　先生录囚，多所平反。事竣，遂游九华，作《游九华赋》，宿无相化城诸寺。是时，道者蔡蓬头，善谈仙，待以客礼，请问，蔡曰：尚未。有顷，屏左右引至后亭，再拜请问，蔡曰：尚未。问至再三，蔡曰：汝后堂后亭，礼虽隆，终不忘官相！一笑而别。闻地藏洞有异人，坐卧松毛，不火食，历岩险访之，正熟睡，先生坐旁抚其足。有顷醒，惊曰：路险何得至此？因论最上乘。曰：周濂溪、程明道是儒家两个好秀才。后再至，其人已他移。故有会心人远之叹！
　　宋明诸儒，固皆出入佛老，尤多取自禅宗，而复排斥之者。而究之取者或为糟粕，舍者皆为精华，其见地诚多罅漏！近世梁启超评之甚当。《万有文库·清代学术概论》三中有云：
　　唐代佛学极倡之后，宋儒采之，以建设一种“儒表佛里”的新哲学；至明而全盛。此派新哲学，在历史上有极大之价值，自无待言。顾吾辈所最不慊者，其一：既采取佛说而损益之，何可讳其所自出，而反加以丑诋？其二：所创新派，既非孔孟本来面目，何必附其名而淆其实？是故吾于宋明之学，认其独到且有益之处确不少；但对于建设表示之形式，不能曲恕；谓其既诬孔，且诬佛，而并以自诬也。明王守仁为兹派晚出之杰，而其中此习气也亦更甚；即如彼所作《朱子晚年定论》，强指不同之朱陆为同，实则自附于朱，且诬朱从我。
　　又云：
　　进而考其思想之本质，则所研究之对象，乃纯在昭昭灵灵不可捉摸之一物；少数俊拔笃挚之士，曷尝不循此道而求得身心安宅，然效之及于世者已鲜；而浮伪之辈，摭拾虚词以相夸煽，乃甚易易；故晚明狂禅一派，至于“满街皆是圣人”，“酒色财气不碍菩提路”，道德且堕落极矣。重以制科帖括，笼罩天下；学者但习此种影响因袭之谈，便足以取富贵，弋名誉；举国靡然从之，则相率于不学，且无所用心。故晚明理学之，恰如欧洲中世纪黑暗时代之景教。
　　禅宗与理学之渊源
　　两宋学术，既受禅宗影响而兴，其工夫见地，又不能深入禅宗心法之奥，灯分余焰，以立理学一门，而成一家之言；其来龙去脉，略如上述。若其讲明心性之理，参究天人之际，罅漏至多，不及详矣。清初诸儒，如黄黎洲、顾亭林、李二曲、颜习斋、王船山辈，以遭逢世乱，鉴于宋明诸儒空疏迂阔之弊，力图矫正；以四朝之“平时静坐谈心性”，无补时艰者，欲悉举而反之。且目宋明诸儒，均为怪物，若谈虎而色变者然，亦已过矣。以学术而言学术，但论其内容之价值，至措之以收效于治平，而非治学者之责；衡之史乘，千百年间，学为圣贤仙佛者，代不乏人，而治臻上理，比隆前古，反多不觏，此岂为学者所能悉任其咎乎？
　　无论理学家学术思想之造诣如何，其一己之律己持躬，大都淡泊自甘，不求温饱，善恶之际，辨别尤严，岩岩行履，深有合于佛家之大乘行道，或同于比丘之戒律精严者，此皆足资矜式。宋末如文天祥，虽未标于理学之门，然观其所作《正气歌》，足为其人格之崇高代表，从容就义，殉道以终，非学究天人之际者，其孰能之？明代如王阳明之功业彪炳史册；此外，如李二曲、黄宗羲、顾炎武辈，其学养多从理学中陶冶而来，以成其充实光辉之美；故理学之陶钧万类，鼓铸群伦，其功实不可及。
　　综观理学之整个体系，可析为一大纲、两宗旨、三方法：一大纲者，要使学问与道体合一，至于“极高明而道中庸”，此为朱陆及各派之所同；两宗旨者，即朱子以“道问学”为尚，陆子以“尊德性”为主。“道问学”须多识前言往行，以博识弘文为务；“尊德性”则以体会得心性本然，则本立而后道生，其余皆在其中矣，此朱陆之所以异也。然其宗旨虽异，但皆主张从用工夫入手，至用工夫之方法，则有主“敬”、主“诚”、主“静”之不同；不论其用工夫方法以何者为是，而此所称用工夫之实，稽之先儒，均乏前轨，《语》《孟》之教，未尝及斯，《大学》所举之止、定、静、安、虑、得之次第，不过提示其要略耳。夫用工夫之说，本起源于佛法中之禅定，唐宋间禅宗之辈，不论僧俗，统皆于此致力，儒者效之，乃倡致学之道，必须于静中养其端倪，所谓“主敬”、“存诚”，皆止静工夫之一端耳。禅定所诣，差别多途，毫厘有差，谬隔千里；况禅定之极，仅为佛法中一种“定解脱”之学，至于“慧解脱”，则当尤有进焉。理学儒者于静定工夫，确有一番心得，但论其极致，大抵至于初禅二禅境地者为多，若言圣凡迥脱，如肇法师所云：“能天能人者，岂天人之所能。”非其所诣矣。禅宗三祖有言：“才有是非，纷然失心。”理学家者，尤皆未脱此一圈套，如能进而超越乎此，则两宋理学，当别有一番面目矣。
　　宋明诸儒之论心性、理气、性情、中和、形上、形下、已发、未发之理，皆有其独到之处，故认心身性命之学，宇宙万有本体之元，都已透彻见到，只从此一理上出发，未免有草率之嫌。充其所学，只是心理学上最高修养，使妄心意识，磨砻干净，留个荡荡无碍，清明在躬，即认为是妄心净尽，天理流行，衡之唯识家言，正是澄明湛寂之处，尚为第七末那识窠臼也。以言禅宗门下，正好痛吃辣棒，此中理则，比引繁多，姑置毋论。
　　以去人欲之私，存天理之正，为理学家修养之鹄的，如程明道云：“天理二字，是我自家体贴出来。”程伊川云：“人只有个天理，却不能存得，更做甚圣人。”周敦颐主“诚”，平生以默坐澄心，体认天理。伊川及朱晦庵(熹)则主“敬”，上蔡之“常惺”，龟山主“静”中观喜怒哀乐未发前，作为气象。和靖之使其心收至不容一物。虽皆精辟独到，要之不外乎有个澄澄湛湛境象，都是识阴区宇，若到禅宗门下，首须痛捧一顿，教令放下，直叫大死一番，贬轧得无地可容，而后转身一路，方可认得从来门户；若此之不落凡情，即取圣量，尚非知解宗徒所取，以言证悟，戛戛乎难矣。以此而论宇宙万有本体，终不外以思量分别之心，从我此心内之宇宙，比拟万有之宇宙，以推测其似，非究竟之理也。禅宗心法则超于是；故理学家言，若引之哲学思想范畴，则有可取，谓其进乎道矣，实为大有问题。