自称“以佛法研究佛法”的印顺法师，实际上也基本采用学术界通行的思想史方法研究佛学。他用这种方法探源于印度佛教，厘清印度诸派思想源流，对中国佛教不符佛陀原旨的精神、义理、制度、习惯等作了相当深刻的全面的批判，发展了太虚大师所倡导的人间佛教思想，对促进中国佛教的转型、改革贡献重大，意义深远。面对日本学者等通过学术研究否定大乘经为佛说的挑战，印顺法师自觉作出回应。他用思想史的方法，溯大乘之源于原始佛教，论证佛世虽无大乘经，却有菩萨道，大乘经乃后世的菩萨依据佛陀的精神所演绎，应看作是佛法。“佛法表现于佛陀的三业中，也表现于佛弟子的流行中”，大小乘经，“都是释尊的三业大用，显现在弟子的认识中，加以推演、抉择、摄取，成为时代意识而形成的。可以称为佛说，却不能说哪一章、哪一句是释尊亲说。”（《妙云集》）下编之三《大乘是佛说》）如是论证大乘是佛说，回应学术挑战，以近代理性建立大乘基础，功不可没，但也多少降低了大乘经的神圣性、权威性。特别是以思想史方法论证、斥责密法非佛法，说阿弥陀佛乃印度太阳神崇拜的转化、真常唯心论近印度教梵我一如思想等，难免招来禅、净、密三宗信徒的非议。
　　跨学界、教界两界的蒋维乔，曾撰《怎样研究佛学》长文，文中说研究佛学须先做好两项基本工作：一是通过佛学概论类书籍的研读，掌握经系统研究过的佛教的普遍概念，抓住其根本原理，因一切典籍、宗派、学说，“无非是拿这个根本原理做中心所演绎”；二是通过研读印度佛教史之类的书，理解佛教产生和发展的历史背景和时代思潮。其次要从源至流，从《阿含》等佛经到依经释经之论及印度、中国诸派诸宗之学，“必须对各宗都经过相当的研究，然后再站在各宗之外，去把整个佛教鸟瞰。”强调一宗一派之说不足以概佛教之全，对各宗学者的注疏应善加抉择，不要被一宗一家之说所囿。蒋氏虽然主要就把握佛陀教旨而言，但其所说方法步骤，是所有研修佛学者包括教外学者也应遵循的路径。
　　20世纪上半叶，学界学者们主要采用思想史、史学、文献学方法，结合中国考据方法研究佛学，其代表性的人物，可举出胡适、陈垣、汤用彤三位。
　　以“大胆假设，小心求证”的研究方法著称的胡适，将禅宗研究作为他以科学的精神和方法“整理国故”工作的一部分。他整理国故的出发点，是“为真理而求真理”、“再造文明”，对国故取“重新估定一切价值”的“评判态度”，“严格地不信任一切没有充分证据的东西。”（《胡适文存二集》卷三《五十年来之世界哲学》）其禅宗研究当然也以此为原则。他用这种方法，在发掘敦煌文献，整理《神会和尚遗集》，考证楞伽宗、菩提达摩、神会等方面获得重大成果，一些观点被学界所赞同采用。但他认《坛经》乃神会所造等断言，证据亦未必能充分，因而遭到钱穆、印顺等学者的批评驳难。胡适对禅宗本质认识之偏颇浮浅及出言之武断，使他的研究成果大为逊色。
　　著名历史学家陈垣的佛教史研究，主要采用中国传统的考据方法，兼取西方史学方法。他关于佛教史的几本著作，资料丰赡，搜逸钩隐，论断精审，让史实说话，对佛教、佛教人物不以己意轻加褒贬。这使他的著述在学界、教界都甚具权威性，至今仍具重要学术价值，多次再版，几无人提出批评和异议。其《明季滇黔佛教考》、《清初僧诤记》二书，既是考据精审、具开拓性的史学专著，又借古讽今，深寓抗日救国之情意，与专为学术研究而作者颇有不同，殊为难得。
　　汤用彤先生学贯中西，通晓梵、巴等文字，曾在支那内学院从欧阳竟无研习佛学，对佛学的特点有准确的把握，因而深知治佛学之难。他在《汉魏两晋南北朝佛教史·跋》中说：
　　“中国佛教史未易言也。佛法，亦宗教，亦哲学。宗教情操，深存人心，往往以莫须有之史实为象征，发挥神妙之作用。故如仅凭陈迹之搜讨，而无同情之默应，必不能得其真。哲学精微，悟入实相。古哲慧发天真，慎思明辨，往往言约旨远，取譬虽近，而见道弘深。故如徒于文字考证上寻求，而乏心性之体会，则所获糟粕而已。”
　　汤氏此言，点明了佛学的特殊性质，主张研究佛学者应同情佛教徒的信仰，对心性有所体会，不能只在文字上考证寻求。出于这种认识，汤氏的佛学研究客观持平、严谨精细，将哲学、史学、文献学等多种近代学术研究方法与中国考据法结合，完成了至今尚被学界、教界众口交誉的《汉魏两晋南北朝佛教史》等上乘学术著作。
　　20世纪下半叶，尤其是60—80年代，中国大陆学界的佛学研究，基本上都采用辩证唯物主义、历史唯物主义为指导的哲学、史学方法，代表人物有范文澜、侯外庐、任继愈等，范、侯二氏虽非专究佛学，但在他们主编的《中国通史》、《中国思想通史》二书中，有专章论述佛教，影响不小。他们基本上都认为佛教是起反动作用的东西，在哲学上属唯心主义，应予彻底批判。重在用阶级分析法，揭露佛教思想的经济基础及其为剥削阶级服务、麻醉人民的本质。其中以范文澜先生态度最“左”，其《唐代佛教》指责“佛教在唐朝是社会的大祸害”，“实行阶级欺骗以达到阶级压迫、剥削的真目的。”这种一棍子打死的态度，带有过强的政治斗争色彩，有失学术研究客观公允的气度，也未必符合马克思主义对待宗教的基本原则和实事求是的精神。当然，这也是特定历史的产物。80年代以后，大陆学者的佛学研究虽仍多以马克思主义为指导，但越来越趋向客观公允，注意宗教政策和安定团结，吸收国外通行的、新出现的研究方法。希文《宗教文化在当今中国的位置》一文批评以前的宗教研究说：
　　“人们大多从哲学或宇宙观单一视角来看待宗教现象，从而不适当地强调了宗教唯心论的负面影响，凸现了唯心与唯物、信与不信教的对立。这不仅无助于全面、准确地揭示宗教现象，而且不利于团结同样是国家主人的广大信教群众。”（《世界宗教文化》总第1期第1页）
　　这可谓当今学界对60—80年代宗教研究包括佛学研究的普通反省。牟钟鉴先生在《研究宗教应持何等态度》一文中，主张研究者对所研究的宗教应近而不混，通而不同，进得去，出得来，取“信与不信之间”的态度。他以汤用彤为楷模，赞赏汤氏的《汉魏两晋南北朝佛教史》及其《跋》，“体现了一种近代学问大家的中正不倚的气度。他对佛教和佛教史相当熟悉，相当投入，对真正有学问、有懿德嘉行的高僧大德怀有诚挚的敬意，从而能较切实地把握他们思想的真意和精要；同时他不囿于佛教信仰，以开阔的视野和清醒的理性指点人物，评说历史，比较异同，不以门户划界，唯以是非立论，故能成就一部学术价值极高的研究性著作，使教外读者获得可靠的知识和多方面的启迪，使教内读者没有反感，愿意认真参阅，因而其学术生命广大长久。”（《佛教文化》1996年第5期第7页）牟先生的这段话，代表了当代中国大陆很多中青年佛学研究者的理念。