如果从禅定说，胜义健行等无量禅定是佛的自性，即善逝如来。因有菩萨禅定之咒力，善逝如来成为“常”、“乐”、“我”、“净”。
　　善逝如来与胜义的关系，如果没有善逝如来，不可能有胜义。若从密教角度分析，胜义谛是自性俱生的大乐，用“哇木”字代表。胜义和胜义谛的意思不完全相同，胜义谛无体、无喻，远离一切著述，即不能用语言概念表述。
　　世俗谛，略称“世谛”，《了义山法海论》说：“属色身之诸瑜伽母及属道谛之菩提诸法，即是世俗谛，为刹那有为法。若尔，以世俗道谛速修一切味……”。
　　世俗谛，是于世俗谛实。觉囊派诸师认为，若以普通中观师所说的从有与无的关系分析二谛，在世俗方面讲，有无、法有无、色有无等直接相违，因此亦与三蕴非有说相悖。他们的这种观点，坚持世俗法都是真实，有常恒而绝对的本体。
　　世俗谛和胜义谛的“谛”有本质上的区别。《文殊菩萨藏经》说：“谛者，一中非有二，即灭道。无凡生者，决定义。决定一切者，了义；一切了义者，圣善”。
　　觉囊派认为，胜义谛的“谛”，是于胜义谛实。根据这个道理，世俗谛的“谛”，是指一切世俗法真实，它有生有灭，有体有喻，能用一切语言概念表述。但世俗法性是绝对的。《了义山法海论》说：“若诸法无谛，胜义非有谛？非也。若世俗无谛，非有世俗谛，故凡世俗谛皆于世俗谛实，非于胜义谛实。若于胜义不谛，非有胜义谛，凡胜义谛于胜义谛实，非于世俗谛实”。这样，二谛成为绝对关系，把两者可以分割开看待，既便没有世俗谛，胜义谛仍然存在。反过来说，如果没有实有本体的事物，世俗谛就不会成立，这和中观应成派所说的二谛是相对的、相辅相成的关系相对立。
　　关于二谛和三身的关系，觉囊派认为，法身、受用身和变化身是由二谛所摄。《金光明经》说：“善男子！诸佛之变化身者，诸佛与行相合；受用身者，与诸佛意趣相合；法身者，与诸佛身相合。善男子，变化身是依圆满受用身显现；圆满受用身依法身显现；法身清净，不住一切”。
　　三身之间处于相互对立的关系。若区分诸佛之身，有自性身、受用圆满身和变化身，其中的自性身即是法身，它是受用圆满身的所依。多布巴、多罗那他等觉囊派高僧们在对《金光明经》、《大乘经庄严论》、《文殊菩萨藏经》的观点作了比较后指出，胜义一身，世俗三身。法身，指“集力、无威、不混合等佛的功德，般若及无二等”。受用圆满身，指从法身加持所现之因（根本）；从其加持定生，视见所教化者们所胜解者，是变化身。（14）法身具有遍离一切烦恼障，圆满一切善法，住空性和正智的特性，只有具备此等特性，才可以现受用圆满身。佛的变化身无一切业障，身心清净，毫无垢污。法身和受用身是因果关系，法身是受用身的因，受用身是法身之果；反过来，受用身是变化身的因，变化身则成受用身的果。进一步分析，受用圆满身的出现要以清净智慧为条件，清净禅定为变化身出现的条件。一般情况下，世俗色界属于世俗谛中，法界属于胜义谛，前者是人们能够认识的，后者不被人们认识，也不能以语言概念去表述。《大乘经庄严论》说：“佛变化无穷，此为变化身；圆满自他利，一切住此二。造、生、大菩提，恒常示涅槃；佛之变化身，解脱大方便”。（15）胜义谛是自性俱生的大乐，以字母“哇木”代表。如果从人的生理机能分析，三身分别分布在人体的各个部位和器官，如法身位于人的心脏，受用圆满身在喉间，变化身在额头。心中沉睡，喉间现梦，额头觉醒，三处分别有“哇木尤”、“玛尤”和“雅尤”，“哇木尤”，意为“智慧”；“玛尤”意为“下字”；“雅尤”意为“上字”，这些皆为密教术语。所谓基、果没有自性的区分是从胜义法身说的，非说世俗色身不需要“道”。
　　对于普通人来说，虽具佛界和成佛的可能性。但是，由于受遍计执性、依他起性、圆成实性和诸种烦恼障、所知障的系缚难得三身，只有正确掌握三性（三相）及其相互间的关系，尽除一切烦恼后，才有可能获得三身。觉囊派根据密教修炼方法和所修内容，把三身又分成了好几种，不共密法上有金刚身或密咒身；若干方便智慧和空性慈悲区分，有智慧身和空性身，以及身、语、意三身、四金刚身、四遍知身、四现证身等等。



　　六、他空与唯识
　　“唯识”是印度大乘佛教瑜伽唯识学派的主要哲学理论。他们认为，色等外境犹如梦中之色，存在于识中，并非存在于外境。譬如说：“所说的眼根，是眼遍照心，眼本身无相；所谓色，是色遍照心，色本身无相，唯从此生眼识”。（16）综之，识生一切现象。觉囊派认为，瑜伽唯识学派是把识和外境分别开来讲的，是一种错误的说法。因为，识本身实有自性，“所以现见眼识色是自见自”。（17）如果生起色相，除了从识生起外，舍弃了其他外境相，若是绝对没有色。他们认为，在未作证辩之前，认为有“眼见色”，观察后才知道没有色，存在于色中的识实有自性。一切实有自性的“识”，若存在于外境，是所执有；若存在于心识，则是能执有，两者都是错误的，所以不存在能执和所执，外界现象也非识的显现，而是绝对的真实存在。觉囊派在这里彻底否定了瑜伽唯识学派“三界唯心”、“万法唯识”的观点，肯定了客观事物的存在。多布巴认为，世间唯识是进入空性之门和方便，不能彻底否定它。唯识分出世唯识、世间唯识、胜义唯识等。世间唯识者，如《楞伽经》说：“分别习气缘，从识现诸种，人有外境者名世间唯识”。
　　觉囊派认为，《楞伽经》的观点与法相师相同，不能把他们所说的“唯识”归于究竟唯识之中。《了义山法海论》说：“虽不重无识，然与唯识心、识为胜义之说相悖；无漏之界、不可思议之界、胜义之善、法性坚固不变、胜义于理乐、从初解脱之身、大觉悟法身及无别功德之法犹如恒河沙，从识法过去，是与唯识于识胜义谛实之说相悖”。
　　谁也不能断除自性种，时轮等如果想从唯识脱离是不应该的。胜义识是法界，胜义佛如虚空一样宽阔，修行无为法心，觉悟成佛。“成为生死轮回之本的胜义识如宝如虚空，是一切法的根本。胜义识者，清净胜乐之境、根等无诸有相之心”。（18）
　　《楞伽经》对世出世两种唯识的关系作了透彻的分析。它说：“依唯识，不分外境义；依无光，从唯识过去，伽瑜住无光，不见大乘”。经中把“唯”字解释成自性界，意思是只要抛弃事物产生的条件和事物本身，自性就会圆满。这里所说的“自性”，是“识”的自性，非事物本来就有的体性。另外，经中还提出了“相对唯识”、“绝对唯识”，前者是世俗唯识，后者为胜义唯识，超脱世俗唯识就是胜义唯识。《大中观究竟时轮续》说：“自生胜义无分别界智对金刚菩萨及大手印言是唯识，即胜义唯识”。