论述佛学与科学的关系，首先应如实地界定佛学非现今一般人心目中的科学，是具有独特性质的文化体系、社会教化体系。但佛学不但不反对而且相当重视科学，大乘以掌握科学技术为菩萨度化、利乐众生的必备方便，列为般若度的修学项目之一。《华严经·十地品》谓菩萨若不能通彻世间的一切工巧技术，不能证入第五地；佛学尚智重真、真修实证的精神与科学的基本精神相通；因佛学的理论乃系对万有理性的、如实的观察，故科学的许多发现，都可做佛学的注脚，如太虚大师所言：“科学愈发达，佛教的真意愈显。”(《佛学、科学及其它宗教之异同》)当代多门科学的发展，从哲学角度看，表现出某种与佛学遥相接轨的趋势，这些，乃是应该承认的事实。其次，应辨清佛学与科学的根本区别所在，这大略有如下几点：

　　 一、与科学迄今为止以便利生活、增殖财富为目的，以物质现象为主攻方向不同，佛学虽重视科学，在医药等方面也有一定建树，但其目标主要在生死的超越与社会教化，其主攻方向不在物质而在心灵，如太虚大师所言：“科学是求物质的进步，而佛学是求心理的进步。”(《佛学、科学及其它宗教之异同》)佛学在自然科学方面实际无多成就，显然不能取代科学。

　　 二、与科学发现系通过以理性整理感性经验、观测实验的途径所得，十分精确不同，佛学虽不乏与科学发现相近的说法，但并非由科学的方法获得，而是通过禅思修证开发的天眼智等超常能力直观而得，且经过长期传写，只能是大略近真，不及科学描述之精确，也不应将它作为科学结论看待。

　　 三、与科学成果可以拿出来供人使用，因而能强迫一切人接受其观念不同，佛法的成果，只有各人自觉按佛法所示之道修行，方可证知，其证知也多分为主观的体验，因而较难于强迫一切人接受。而且，佛法之修证，须有解脱的自发需求及对佛法的确信，“信”被强调为修证佛法的前提及“道元功德母”。这使佛学从表面看来与以怀疑为前提的科学有颇大的差异。

　　 四、与科学以肯定意识之外有一实体世界的实在论为出发点不同，佛法以缘起论为哲学出发点，认为有离心独存实体之实在论乃是不如实的执着，必须破除。

　　 五、与科学相信理性能认识一切、以观测所得感觉经验为素材不同，佛学首先用缘起法则考察理性和认识，认为感觉经验(相)具主观性、相对性、虚妄性，以感觉经验为本的语言概念(名)是人造符号，依感觉经验及语言概念为工具的理性思维，及其二元化的认识方式，不可能到达绝对真实。应以理性如实检验理性自身，发现其极限，以此为桥梁，通过修行开发超感觉、超理性的般若智慧，方可证知绝对真实，获得绝对自由。

　　 六、与科学由穷研物质、征服自然以获得主宰世界的自由不同，佛学认为向外逐物，不可能证知绝对真实、获得真正自由，只有如实观察世间最为灵妙、起主枢作用的自心，如实知自心，方能证知绝对真实而获得永恒幸福、绝对自由，这是实现人类文明终极目标的捷径。

　　 佛学与科学的这些相异，只是就当今科学大体而言，并不是绝对的。科学并非独究物质，对心灵也越来越重视，科学的哲学观和方法在不断发展；科学的终极目标，亦指向全人类的永恒幸福、绝对自由和证知绝对真实。科学与佛学同趋一轨，在未来社会并非毫无可能。

　　 对唯科学主义及科学弊病的批判

　　 王季同等弘法者，还从佛学超越科学的认识出发，运用佛法独具的智慧，对当世流行的唯科学主义、科学迷信及科学的弊端、局限性进行了批判。

　　 唯科学主义以科学为唯一价值尺度，科学之外一切不论，甚而形成科学迷信，将相对的科学结论执为绝对真理，信仰唯有科学才能救世，从而排拒、否定一切宗教。太虚大师对一些科学家“得少为喜而生执着”表示遗憾。(《人生观的科学》)王季同在《佛法省要》中批评自然科学家“特寝馈于说得分明之中，专在说得分明上用心，遂忘却说得分明之一小区域外，尚有偌大之说不分明之宇宙在焉。”劝告科学家勿被自然科学之狱卒拘禁在说得分明之牢狱中，应关注可证而不可说、说亦不得分明之佛学。陈健民《正觉与迷信》从明与无明、智与识等九个方面比较佛学与科学，破斥世人对科学的迷信，揭露科学家之研究不离无明、妄识、我法二执、人欲与功利心，故其发现乃摸象之谈，昔日俨然为真理者，后日往往证明为迷信，而被其武断为迷信者，往往可得实效之验证。剑平《漫谈科学与佛法》(《人海灯》1993年第2期)亦指责科学在“真理”的另一方面充满了迷信和谎言，“数不清的假设、猜测和推理，充满了各科学领域，并被人们当作金科玉律来奉行”，制造出“科学的迷信”。王季同《科学之根本问题》、王恩洋《佛法为今时所必需》等文章指出，科学发达尽管提高了物质的利用，满足了人类的生活享受和愉乐便利，但并不能彻底改变人类诸苦交攻的境遇，无力消灭战乱、斗争、欺诈、剥削，更不能满足人类的一切欲望，令人获得永恒的安乐。苦乐唯决定于人心之欣厌，不可能由任性纵欲、满足物质生活而达到极乐。解决人生的根本问题，令人获得永恒安乐，还须走佛学以智慧自净其心的路线。

　　 对科技发达所造成的弊病，弘法者们也作了揭露批判。王恩洋谓随科学、工业之发达，“一面杀人之具既精，一面贫富之差日远，由兹怨毒潜伏，苦多乐少，抑郁愤慨之气，充塞人心”(《佛法为今时所必须》)，酝酿着破坏与战争。陈健民指责科学家的研究因不离人欲与功利，故其成果难免“被政治家所利用，企业家所奴役，军事家所指挥”，发生助长物欲、污染环境等副作用。罗无虚《佛法在原子时代》揭露科学在物质方面的成就造成了生活紧张、病患日多等苦恼，令宗教贬值，道德失范，使很多人丧失信仰，空虚彷徨。然科学本身是工具，无所谓功过，就像火，善用之可以煮饭，不善用之可以成灾。科学既能增加人类的幸福，也可以毁灭整个人类，关键是人类怎样去利用它。随科技发展而来的环境污染、生态失衡、知识爆炸、道德沦丧、人欲横流等弊病，实际不应归罪于科学，而应归咎于人类缺乏合理利用科学的智慧。

　　 弘法者们着重揭露了科学在认识世界方面的局限性、片面性和方法上的缺陷。欧阳竟无揭露科学方法局限于人类意识的比量，“不能超量，物理推至原子电子而术穷”(《与章行严书》)，无法穷彻万法的底蕴。太虚称现时未能扩充心觉而得全宇宙之诚验的科学为“狭义的科学”，其研究方法扩充我人感验的能力有限，无法修缮意识的缺陷，科学方法加上佛教修缮意识、开发潜能的高级瑜伽方法，方称广义的科学方法，用这种广义科学方法才可能穷尽世界的真相。王季同判现今之科学为建立于常人时、空、量、度等常识基础上的“欧克里得式”之科学，难以克服常识之相对性、虚妄性，其根本的缺陷是未曾重新审察和估价人类的知识源头，就像科学家测量光电磁等而未曾检查所用的仪器。对于心、物的深层关系及认识形成的最终原因，科学至今难以提供明确的答案；对于实际上最为切要的人类心理现象的研究，科学最显薄弱，而且其方法也最不可靠。佛法的宝贵，在于它一开始便从人类知识源头上着眼审察，对我人感知进行检验，可谓检讨人类整个认识的专科。