针对桓玄的议论，慧远在《沙门不敬王者论》和《答桓太尉书》中从多种角度阐明了沙门不应礼敬王者的理由，予以明确的回应。
　　 首先，慧远把在家的信徒与出家信徒加以区别，肯定在家信徒必须顺应世俗礼法，尊亲敬君。他说：“佛经所明，凡有二科：一者处俗弘教，二者出家修道。处俗则奉上之礼、尊亲之敬，忠孝之义表于经文，在三之训彰于圣典，斯与王制同命有若符契。”⒂对于在家信徒为什么一定要礼敬王者，他又进一步阐明了个中原因：“在家奉法，则是顺化之民，情未变俗，迹同方内，故有天属之爱，奉主之礼。礼敬有本，遂因之而成教。”⒃慧远认为，在家信徒之所以有自然天成的对王者之尊敬，对父母之亲爱，关键在于他们“情未变俗，迹同方内”，就是说，他们居住在世俗人群之中，日常生活与俗人没有根本的区别，他们自然应当顺从世俗的教化，礼敬王侯，孝顺双亲。
　　 然而，出家僧侣则完全不同。慧远说：“出家则是方外之宾，迹绝于物。其为教也，达累患于有身，不存身以息患，知生生于禀化，不顺化以求宗。求宗不由于顺化，故不重运通之资；息患不由于存身，故不贵厚生之益。此理之与世乖，道之与俗反者也。”⒄“化”，运化，自然变化。“不顺化”，不顺应变化。“宗”，宗本，宗极，终极理想。“求宗”，追求终极理想。在慧远看来，出家僧侣是世外之人，其行迹是超绝于世俗的。他认为，人身是一切烦恼和痛苦的根源与载体，只有形体消亡，才有可能彻底摆脱烦恼和痛苦。而人体的形成正是由于有“生”，人身生生不绝又是由于禀受阴阳二气的变化。因此出家人要反其道而行之，即不顺应自然变化，不重视生存，而要“求宗”，即追求终极理想，追求超越生死变化，达到永恒不变的涅ｐáｎ＠⑵境界。既然如此，桓玄所说的天、地、王侯对人类的资生之恩惠，对出家僧侣来说就毫无意义了。慧远又说：“天地虽以生生为大而未能令生者不死；王侯虽以存存为功，而未能令存者无患。”“生生之大”、“存存之功”，既不能使人们长寿永存，又不能消除痛苦患累。“斯沙门之所以抗礼万乘，高尚其事，不爵王侯而沾其惠也。”⒅慧远站在佛教出世的立场上，直面佛教与世俗社会、政治王权的矛盾，以沙门的最高人生理想驳斥沙门应恭敬王者的观点，表现出与封建王权相对抗的独立人格和无畏精神。
　　 根据以上的理由，慧远进一步说：凡在出家，皆隐居以求其志，变俗以达其道。变俗服章不得与世典同礼，隐居，则宜高尚其迹。”⒆他认为出家僧侣的处世特点，一是要隐居，二是要变俗。所谓变俗，就是不随俗，不顺化。诸如服饰鞋袜等方面都与世俗的典制不同。隐居，是为追求佛教理想而远离世俗，特立独行，高尚其行迹。这是慧远为出家僧侣所作的角色定位。在慧远看来，既然僧人要变俗，就不能结交朝廷，参与政治，屈服王朝，服首称臣，当然也不能与俗人、在家信徒一样礼敬王者。从中国社会发展史和中国佛教发展史来看，应当说，慧远的政教分离主张是合乎理性而有积极意义的。它有助于避免因僧人染指政治而使朝政不纲、政治腐败现象的出现，也有助于减少或避免王朝因运用政治力量和行政手段压制宗教现象的发生。
　　 其次，慧远又从出家僧侣的社会作用角度，阐明佛教不仅在实质上不违背封建的纲常名教，而且对协助王权，庇护人民还有很大的益处。他说：“夫然，故能拯溺俗⒇于沉流，拔幽根于重劫，远通三乘之津。广开人天之路。是故内乖天属之重，而不违其孝，外阙奉主之恭而不失其敬。”(21)慧远认为，佛教具有化导世俗的作用，它引导人们超越现实社会和现实人生，通过不断超越，不断提升，以至最终获得佛果，成就人生最高理想人格。尽管从形式上看来，出家僧侣对父母没有尽孝，有失天性，对君主不恭，有失礼敬，但从实质上看，却不违背孝道，也不失却恭敬。慧远还进一步说：“如令一夫全德，则道洽六亲，泽流天下，虽不处王侯之位，固已协契皇极，大庇生民矣。如此，岂坐受其德，虚沾其惠，与夫尸禄之贤同其素餐者哉？”(22)“一夫”，此指沙门。“六亲”，指父、母、兄弟、妻、子。“皇极”，此指政治贤明。“尸禄”，居位食禄而不尽职。“素餐”，不劳而食。慧远在此进一步强调出家僧侣的社会政治作用，认为只要沙门出家勤于修持，道德高尚，成就了佛教功德，就能使自己的六亲乃至天下都得到好处，从而完全符合王侯的政治统治。由于沙门对社会的有益作用，就与那些尸禄素餐者完全不可同日而语。这里，慧远是以僧侣的宗教实践作用来论证佛教及其礼仪与封建礼仪不仅是相一致的，而且还有利于封建政治，进而证明沙门“求宗不顺化”思想是完全正确的，当然，沙门不敬王者也就没有什么大逆不道可言了。
　　 再次，慧远还以世俗人们认识的局限性来肯定方外世界的存在，以进一步证明“求宗”的正确性。
　　 当时尊崇儒家反对佛教的人认为，只有天最为崇高，只有唐尧能学习天。至于视听以外的事，都是子虚乌有，不可相信的。佛教讲的世外道理，追求的“宗教”是难以验证，不能成立的。(23)这种看法关系到慧远追求的终极目标是否真实可信，也即是否真能成佛，真有佛国世界的大问题，同时也关系到沙门不礼敬王侯而只崇拜佛陀是否合理的大问题。
　　 慧远针对这个问题，明确地指出，佛教的神道世界，是人们的日常经验，一般认识所不能理解的。他说：“夫幽宗旷邈，神道精微，可以理寻，难以事诘。……虽应世之见，优劣万差，至于曲成在用，感即民心而通其分，分至则止其智之所不知，而不关其外者也。若然，则非体极者之所不兼，兼之者不可并御耳。”(24)“分”，分限。这是说，佛国世界旷远精微，只能用佛理去探索，而难以用事实经验去诘究。虽然适应教化世俗众生的种种见解，有优劣的区分，至于因良好见解而有所受用的人，也只是达到认识的一定分限，超过这种认识分限则是人们的智慧所不能达到的，人们并不能认识方外世界。由此也可见，不是体悟“宗极”的成道者不了解世俗社会，不兼化众生，而是成道者难以统御众生，使之在世俗经验范围内体悟佛国世界。慧远以人类认识的有限性来肯定佛国世界的存在，进而证明沙门超越世俗社会以“求宗”的正确性，证明沙门不礼敬王侯的正当性。
　　 附带地说，当时和慧远站在一边反对沙门应敬王者的也有重要官员，其中比较突出的是中军将军尚书令桓谦和领军将军吏部尚书中书令王谧。桓谦在他的《答桓玄论沙门敬事书》中说：“视听之外，或别有理。令便使其致恭，恐应革者多，非惟拜起。又，王者奉法出于敬，信其理而变其仪，复是情所未了。即而容之，乃是在宥之弘。”(25)认为视听之外和视听之内的理是不同的，人们不能否定视听之外的理的存在，也就不应该改革佛教的礼仪。如果要改革的话，象沙门不敬王者这样的事，要改革的还很多，一改再改，沙门也就不成其为沙门了。王谧和桓玄有多次书信往来，讨论沙门应否敬王者的问题。(26)王谧反对沙门礼敬王者的理由，主要有：一是沙门超俗出世，已经不是王侯的臣民了，不宜再要求他们履行世俗的礼法，礼敬王侯。二是从历史的角度看，外国的君主无不对沙门行礼；佛教在中国流行四百多年，历经汉、魏、晋三个朝代，一直不礼敬王者，也无害于社会秩序。由此可见，桓谦和王谧反对沙门应敬王者的理由与慧远的有关论证是一致的，立场也是鲜明的。