末木先生关于日本中国佛教研究的反思性意见，实际上已经向我们展现了一种近现代佛教研究的方法论前景。关于这种方法论前景，他曾在为《思想》杂志的2002年佛教特辑《佛教、近代、亚细亚》所写的刊首语中指出，该特辑中的佛教研究，是对日本近代中的佛教思想所具有的多方面作用的检证，是作为日本近代思想史再考察的一个进口。而且，由于日本佛教的多面性，我们可以把佛教作为理解近代日本的关键。以佛教为进路的的日本近代思想史研究，可以成为对以往以日本政治思想史为主的近代思想史研究的再构筑的契机。这些都提示了我们一种不同于以往单纯以佛教为对象的新的佛教研究的可能性。这种以佛教为进路透视思想史的思路和方法，可以首先成为近代佛教研究的方法和旨趣，这一点实际上是由近代思想史的主题所决定的，而并非仅仅出自于佛教研究自身的需要。
　　 近现代佛教之所以能够成为一种思想史研究方法的对象，恰恰是因为近代佛教具有某种为时代所用的性格。对于近代佛教的这种性格，梁启超曾在《论佛教与群治的关系》一文中将由谭嗣同所代表的佛教思想倾向称之为“应用佛学”。实际上，这种所谓的“应用佛学”可以用来作为由康有为、谭嗣同、章太炎、夏曾佑以及梁启超本人所代表的佛教思想路线和倾向。从梁引谭文中体察，所谓“应用佛学”要在能将佛学应用于“成仁取义”不贪生畏死的道德养成上，或者可以推而扩之，所谓应用佛学是通过对佛学精神的新解释，而将其用之于对时代问题的对治解决上。实际上，“应用佛学”之成立，实际上依赖于一种关于宗教与世界、宗教与人性之关系的新理解的出现，而根据这种观念而来的“应用佛学”严格说来已经不是一种对佛教理论的单纯运用，而是意味着一种新的佛教理论和精神的出现。这种由晚清新学家们所提倡的“应用佛学”，严格说来是一种强调佛教处于宗教和哲学之间的两义性，因而已经从内部改造了佛教的经学性质而使其成为一种宗教哲学。这种佛教观，正是梁启超所期许的关乎“我国今后之新机运”的新佛教。在此意义上，经过了应用佛学自身内部的三个发展阶段之后而相继出现的“经院佛学”（支那内学院）与“人间佛教”（太虚），都秉承了这种新佛教的“应用佛学”气质。因此，我们必须从近现代思想史的整体出发来观察和审视近现代佛教，并进而通过佛教庄近代的变化来观察和审视近现代思想史。
　　 关于中国近现代佛教研究的方法与主题相对于传统佛教研究的变化，已经向我们提出了一种挑战，即如何通过方法论的检讨真正进入近现代佛教思想的内部来深入体察和把握。近年内出版的几种近现代佛教研究，如《二十世纪中国佛教》（陈兵、邵子美著）与《20世纪中国佛学问题》（麻天祥著）、《晚清佛教与社会思潮》（麻天祥著）以及《东亚近代佛教》（何劲松著）等，都对佛教与时代思潮的关系有所揭示。但如何对佛教视角和进路的选择之与近代思想的有机性和必要性形成积极的自觉，这一点或许还未为以上研究所关注。在这一点上我们仍然有必要提示一下日本八十年代以来颇为重要的“批判佛教”思潮。所谓批判佛教是通过对以中国佛教的核心理念结构“本觉”的批判，来批判以“本觉”来组织自己教义系统的日本佛教，并进而揭明日本佛教以及以日本佛教为资源的京都学派哲学，在日本现代性建没中所具有的精神奠基作用，以及这种作用所带给日本现代道路的曲折与歧路。其以本觉为批判的靶子，实际上便将对日本佛教的批判引向了对更为深入的思想传统的批判。我们暂且不论这种批判对于传统的妥当性，但其对日本现代思想史上引用佛教资源来批判现代性的思想潮流的批判，却在一定意义上为我们深入理解日本现代思想史以及日本现代史提供了一个极好的入口。“批判佛教”指示于我们的是，如何能够真正看到佛教在中国近现代思想史中的有机作用，并将其揭示出来，从而形成对中国现代性的理解。这需要我们对佛教和近现代思想同样具有洞察力，对历史形成真正的感知和洞察。