从研习《大智度论》，到1920年写成《大般若经叙》，是欧阳的般若学研究阶段。欧阳研究般若学的最重要的意图，是要贯通瑜伽、般若二种佛说。《深密》判教观念说明，二时般若教乃是有隐密意蕴的不显了说，三时教法则将此隐密意蕴明了揭示出来，依据了义重新诠释不了义，就能领会到二期教法的本然一致。欧阳20年代提出“龙树法相学”观念，正是根据《深密》判教的此一诠释思路。
　　 首先，欧阳以法相三性观念会通般若二谛之说。欧阳说：“龙树俗有，依他起有，若遍计俗龙树亦无。《智论》所谓‘譬如有乳，色、香、味、触因缘故有，若乳实无，因缘亦无，因缘实有，乳亦因有，非如一人二头三手但有假名’，故知龙树唯有因缘俗，遍计俗亦无。两圣三性初无少异，假名不坏、执相则无，缘生是有、自性则无，空显是有、别实则无。”（《大般若经叙》卷四，载《内学年刊》第4辑，第77 页）欧阳认为，龙树俗谛之俗（现象）有依他俗与遍计两个层次，其中依他俗有存在性，遍计俗则不存在；龙树真谛之真（真实），有破执所显之真及虚妄执著之真两个层次，前者存在，后者则不存在。这样，般若二谛和法相三性一样，包含着同一种法相学观念或法相简别原则。
　　 其次，法相学三性法相的中心在依他起相，龙树般若学亦述依他起义。欧阳说：“如《中论》卷三云‘大圣说空法，为离诸见故，或复见有空，诸佛所不化’，是故空者唯有见、无见，本不妨说一切法也。又《中论》讲因缘即讲依他，如论卷一云‘众因缘生法，我说即是空、亦为是假名、亦名中道义，未尝有一法、不从因缘生，是故一切法，无有不空者’，是其所云空者，但因缘法无自性为空，非并因缘亦空之，无因无缘而徒空，则几何不同于外道矣。”（《龙树法相学》，载《内学年刊》第2辑，第18页）龙树《中论》之空， 乃空弃对于事物的种种偏见，并非不承认事物的存在；龙树所谓空，是要空弃事物的自性，绝非否认缘生事物及缘生关系本身。龙树般若学中因缘而生的一切法，即是三性法相中的依他起相。
　　 再次，瑜伽法相中最重要的一种依他起相是阿赖耶识，龙树法相学亦讲阿赖耶识。欧阳说：“《大智度论》三十八‘诸法毕竟空，而亦不断灭，生死虽相续，而亦不是常’，无量大劫作业因缘虽已过去，能生果报而不断灭，是为佛法微妙难知，但破倒邪不破后世。”（《大般若经叙》卷四，载《内学年刊》第4辑，第177页）他认为应根据《大智度论》有关八识思想的提示，重新诠释《中论》密意，此所谓相似相续、非继非常的“微妙难和”者，即是瑜伽法相中的阿赖耶识。
　　 法相简别义、依他起义、阿赖耶识义，是三时教瑜伽系统的要义，是欧阳所谓法相学或法相宗的纲领。欧阳据此诠解二时般若教，结论是“两圣一宗，非各别轮”。（同上书，第75页）文殊、龙树之法相学即弥勒、无著之法相学。
　　 20年代末30年代初，欧阳开始钻研《大涅槃经》，并且在所谓涅槃学的基础上展开晚年定论思想，欧阳对于教法的理解，尤其对于般若、瑜伽两大佛说价值的抉择，发生显著的变化。我们可从以下两方面观察此种变化：
　　 第一个方面，欧阳在瑜伽学阶段主张“两圣一宗， 非各别轮”， 30年代则提出“大乘有两轮”的观念，主张两轮佛说宗趣各别。他说：“二谛诠真，尅实唯遮世俗谛，三性诠幻，尅实唯诠依他起性。何谓二谛，尅实唯遮世俗谛耶？以计执之俗谛无，立一切法毕竟空义，文殊、龙树、清辨等而以为宗。何谓三性尅实唯诠依他起性耶？以依他之染性非真有、非全无，立一切法非空非不空义，弥勒、无著、护法等而以为宗。”（《内学杂著上•辨二谛三性》）宗，指经义的宗旨或重心，般若学宗在遮破“计执之俗谛”，瑜伽学宗在诠解“如幻有”的依他起性，因而两轮佛说的旨趣各有侧重。与此相应，两轮佛学的修行方法或工夫亦有不同：“文殊弘二谛，而弥勒别弘三性者，一以求真、一以去妄故也。求真在辨别伪无，知一切执无，则知一法界有，故其工夫在悟入，般若之教如是也；去妄在抉根株，在倾势用，必染种上中下转弱，方净种下中上转强，故其功夫在对治，瑜伽之教如是也。”（《内学杂著上•复欧阳浚明书》）般若学的功夫在悟入，瑜伽学的功夫在对治，此为两大佛说的功夫差异。般若、瑜伽旨趣及工夫上的以上差异，导致欧阳对两轮佛说作平等观，他说：“两宗既立，各诠其所诠，各极其所至，所言‘文殊观一切法平等，不见山河大地瓦砾硗确’是也。”（《内学杂著上•辨二谛三性》）
　　 第二个方面，欧阳在30年代以前以了义释不了义，对般若、瑜伽之价值不无高下层次的简别，30年代以后，欧阳不仅对般若、瑜伽作平等观，甚至一定程度上置般若于瑜伽之上。《大乘密严经叙》（1936年）提出唯识、唯智二学，前者指瑜伽教，后者指般若教，欧阳说：“缘生心有法，对无所有境曰一切唯有识，为唯识学；无相之相依决定性，对缘生无自性曰一切智之境，为唯智学。”（《藏要叙•大乘密严经叙》，第18页）阐述第八识中阿赖耶染种变现唯识之境的称唯识学，阐述第八识中如来藏净种变现唯智之境的称唯智学。欧阳抉择唯识、唯智的差异：“问：唯识学、唯智学，但言有异，但言无异耶？答：藏识受熏持种，转识妄生分别，但言无异；阿赖耶一往诠有漏种，如来藏一往诠无漏种，但言有异；如蛇、绳、麻，蛇知而绳知，唯识学渐境界，绳知而麻知，唯智学顿境界，但言有异；然唯识亦言净边事，唯智亦言染边事，识强智劣言唯识学，智强识劣言唯智学，则又但言无异。”（同上书，第21页）唯识学与唯智学既有异、亦无异，既无异、亦有异，表面看来欧阳此说于唯识、唯智之间无所厚薄，但识种有漏无漏、境界或渐或顿的简别，仍然透露他对唯智学的钟爱。到《释教篇》（1941年），上述倾向越发明显，《释教篇》把整体佛说组织为阿含、瑜伽、般若、涅槃四科，作为“大乘三学”之一的唯智学明确的置于瑜伽之上，后者则处在阿含与般若的连接环节上（《释教篇》，第86—97页）。
　　 欧阳晚年教法思想虽偏重般若佛教，却也没有彻底放弃《深密》的三时判教理念。在《释教篇》中，欧阳以五法三性、八识无我为教中之法，以舍染取净为教中之义，他根据教中之义建立大乘三学，而教中之法则作为普遍性的原则“随宜而说，不复更详”（《释教篇》，第67页）。五法三性、八识无我，正是欧阳所谓的法相学、唯识学，相当于《深密》第三时教的全部内容。这意味着，欧阳晚年的教法思想，固然要对唯识学、唯智学作平等观，甚至有抑唯识而扬唯智的倾向，但同时对佛教根本思想的理解，却又始终遵循三时教的抉择。欧阳教法思想上的上述矛盾，正是他摇摆于佛意与自意之间的诠释方法的集中体现。