曹洞宗在北宋末至南宋、金、元，其命运发生了根本性的改变。一方面，由丹霞子淳经长芦清了四传至天童如净一系，几经周折，国内失传而远播日本，至今犹盛；另一方面，净因自觉至万松行秀一系由南宋移往北方，盛行于金元，倾倒朝野，生机勃勃，又现中兴之景。真是含苞欲放，欲发还苞。其中的苦楚唯是时之高僧所能体，而我凡辈所未能料及的。

　　 (三)、南宋末至元明清时期曹洞宗之发展

　　 万松行秀传林泉从伦、千松明得、华严至温、雪庭福裕，雪庭福裕承法下传八世有宗镜宗书，宗书法嗣有廪山常忠、少室常润。廪山常忠的法嗣慧经在建昌府新城(今江西黎川县)寿昌寺接化而创寿昌系。寿昌系鼻祖慧经门下有大舣元来、永觉元贤二位大师。元来在吴、越、江、闽间，大阐宗风，学士大夫礼足求戒者前后不下数万人，元来传瀛山智是为博山系。元贤传道霈，道霈通晓佛门各宗，为清初大著述家，著书二十余种，有《秉拂语录》二卷、《餐香录》二卷、《还山录》四卷、《云山法会录》一卷、《旅泊庵稿》四卷、《圣箭堂述古》一卷、《禅海十珍》一卷及《沩山警策指南》一卷等。元贤、道霈二代为寿昌系极盛时期。道霈递传惟静道安、恒涛大心、圆玉兴五、象光法印、淡然法文、常敏法浚、遍照兴隆是为洞宗福州鼓山寺系。

　　 博山系与福州鼓山寺系使得寿昌系异常兴盛，与此相应的云门宗则与之同谱曹洞宗之辉煌，与廪山常忠同出师门的少室常润所开创的云门宗使曹洞宗在自明朝中后期至清代后期相当活跃，少室常润传大觉念方，法嗣圆澄在绍兴云门接化众生，聚徒说法，高唱曹洞家风。万历四十二年(1614)，在绍兴的广孝寺开法，后主径山万寿禅寺、嘉兴福城东塔寺、绍兴云门显圣寺、天华寺，前后二十年，法席大振。法嗣百丈明雪，再传破净灯，后有古樵智先改披剃子孙制为十方传贤制，振兴曹洞宗风。再后来著名的禅僧有敏修福毅、济舟沈洮、月辉了禅、芥航大须等，是为洞宗焦山定慧寺系。博山系、福州鼓山寺系、焦山定慧寺系是为中国曹洞宗发展的余脉，是曹洞宗辉煌之续。但曹洞的辉煌远不及临济宗，有“临天下，曹一角”之说。特别是到了清代，曹洞法系只有寿昌、云门二支传衍。然而慧经、元来一系很早就无从探究，元贤一系到太平天国军兴之后也一蹶不振，寿昌系基本归于销声匿迹，只有常润、圆澄之云门系之焦山寺免于兵火，得以绵延至今，却也昔非今比了。　

　　 三、主要思想

　　 史上曹洞宗高僧辈出，义理独特，影响深远，历经坎坷，曹洞宗之发展实在有许多令人深思之处，值得学术探讨。

　　 (一)、基本佛学思想

　　 曹洞宗之思想可以追溯到石头希迁的“即事而真”的见解，意谓个别事物(事)显现世界本体(真，即理，乃指佛性)，理事“回互”(相应互涉)，进而扩充为五位说，正偏五位显示理事的回互，是五位说的基本。每一门都有一切境界在。这样看一切事相，自圆融无碍，而人的行为也可以随缘出没，曹洞宗的思想主要体现在“偏正回互”说之中。昙晟提出“宝镜三昧”的法门，即人观万象，应该和面临宝镜一般，镜里的影子正是镜外形貌的显现，从而说明了“由事相上能显出理体”的境界。良价问师父昙晟：“法师百年后，忽有人问还貌(一作邈)得师真不？如何祗对？”昙晟说：“即遮(这)个是”。良价心存疑惑，后因过河看见水中的影子，遂悟云岩的意旨，并作一偈：“切忌从他觅，迢迢与我疏；我今独自往，处处得逢渠。渠今正是我，我今不是渠；应须凭么会，方得契如如”。“真”，指真仪、真像。“渠”，指影子。意思是说，水中是影子，水上是我形，影子正是我，我不是影子，如此形影相睹，即事而真，从个别上显现出一般的理。良价从此一再宣扬“只遮个是”的法门，曹山本寂也相随提倡“即相即真”，认为所触的事相皆真，也即主张从形相见本质，从现象体现本性，形相即本质，现象即本体。提倡理事圆融，但又强调“渠今正是我，我今不是渠”，强调事是理，而理不是事，要从事见理，显示理不同于事，即事理圆融而又有差别，并且所体之理而非真如之理。与其它佛家宗派一样，曹洞宗在心性论上，认为人具备自性清静心，即佛心、佛性，这种真如之心是恒常不变的，这种心是无所现的，但与此真如之心相对的万象则是流转不已。

　　 五位说是曹洞宗基本的理论基础，有四种。正偏五位、功勋五位是洞山良价的创说，君臣五位和王子五位，则是曹山本寂所立。其中正偏五位是五位说的基本理论，君臣五位则在五位说中最具特色。所谓“五位”是指正中偏、偏中正、正中来、兼中至、兼中到，正是阴，是指体、空、理、绝对等，意即真如之本体；偏是阳，是指用、色、事、相对等，意即生灭之现象。正中偏指平等中存有差别；偏中正指差别即平等。基于此，作静中之动之修行工夫，则谓正中来；动中之静则为偏中至。兼以上二者，达于自由自在之境界，即谓兼中到。偏正回互就是说事理相互配合，生出正中偏等五位之别，以显示法的德用自在，也就是开悟过程的五个阶段。

　　 “(1)正中偏，这一阶段的开悟，乃以现象界为主，虽然承认有所谓的精神本体，但不懂得万物由精神派生，滞于外物，于理事关系上孤理而缺事。也就是背理就事，从体起用，无语中有语。良价《五位君臣颂》云：‘正中偏，三更初夜月明前。莫怪相逢不相识，隐隐犹怀旧日妍。’首句中，‘三更初夜’为正位，‘月明’为偏位，即是明暗黑白未分之位；次句谓正即是偏，显示色即是空之理；末句乃指正偏互融，各还其本来面目，表示不变随缘之义。

　　 (2)偏中正，在这一阶段里，学人不再强烈呈现分别见解，现象界的一切逐渐隐退。即是舍事入理，摄用归体。良价颂曰：‘失晓老婆逢古镜，分明觌面别无真，休更迷头犹认影。’首句中，‘失晓老婆’为正中偏位，‘逢古镜’为偏中正位，意思为自千差万别的事象直指真如平等法界；次句说在明相未显之时，如同照古镜而面容模糊不分明；末句乃劝诫学人不要迷执于镜中影象的有无。

　　 (3)正中来，这一阶段已不再感觉身心的存在，二者皆泯灭无余，也就是本体已达无念的境界，不居尊贵位，无化而无所不化，应万象之差别，变现出没自在的妙用。良价颂为：‘无中有路隔尘埃，但能不触当今讳，也胜前朝断舌才。’首句‘无中’为正位，‘有路’为来偏，以示凡圣尚隔之相；次句谓‘说有论无’皆不中；末句则显示有语中之无语、无语中之有语。