以下就三论宗哲学思想的两个主要方面略作剖析。

“二谛”论。

“二谛”是南北朝佛教的热门话题之一。梁代昭明太子萧统曾组织过一次规模颇大的专题讨论，他的《解二谛义令旨并问答》一文，大体可以代表梁代占统治地位的二谛论观点，其中大部分被吉藏斥为成实师说而予以批判。萧统说：二谛理实深玄，自非虚怀，无以通其弘远。明道之方，其由非一。举要论之，不出境智。或时以境明义，或时以智显行。至于二谛，即是就境明义。若迷其方，三有不绝；若达其致，万里斯遣。所言二谛者，一是真谛，二名俗谛；真谛亦名第一义谛，俗谛亦名世谛。真谛、俗谛，以定体立名；第一义谛、世谛，以褒贬立目。(《广弘明集》卷二十四)在萧统所提到的二谛论二十三家中，或以事理分判二谛，或以境理分判二谛。如毗昙师以事理分判二谛，把真谛说成理，把世谛说成事。成实师则或以境判二谛，或以理判二谛。如庄严寺僧旻认为，二谛都属境，都是心识攀缘的对象；开善寺智藏则认为，二谛都属理，都是法性之旨归。《大乘玄义》卷一：“开善云：二谛者，法性之旨归，一真不二之极理。庄严云：二谛者，盖是祛惑之胜境，入道之实津。”吉藏指出，萧统所谓“就境明义”，等于承认有真、俗两种独立的真理，它们可以并行不悖，但实际上境就是理，也就是体，不能分别判释。萧统说“真谛、俗谛，以定体立名”，从而把真谛看成是实，是“无生境”，又把俗谛说成是“浮伪”所作，境是“生灭流动”。这种把二谛当作两个对立实体的解释，很容易引导人们抛弃世俗世界，去追求“无生境界”。从僧朗开始，三论学者就提倡，二谛是“教”而不是“境”，它们是针对众生的迷执不同而出现的两种教化手段。二谛从“教”上可以有二体，但在“理”上不可能有二体。理只有一，不能有二。吉藏说：“二谛非理，乃是方便教门”；“非真非俗为二谛体，真俗为用”(《二谛义》卷下)。

萧统《解二谛义令旨并问答》又说：真者是实义，即是平等，更无异法能为杂间；俗者，即是集义，此法得生，浮伪起作。第一义者，就无生境中别立美名，言此法最胜最妙，无能及者；世者，以隔别为义，生灭流动，无有住相。……谛者以审实为义：真谛审实是真，俗谛审实是俗。这就是说，这一种二谛论是以真谛表示“无生”境界，以俗谛表示“有生”境界；无生境界真理寂然，有生境界浮伪起作。吉藏认为，它的错误在于把世界二重化了，即一个是出世者所知的真理世界，另一个是世人所知的生灭世界。他指出，萧统“释俗以浮虚为义，真以真固为名；世是隔别为义，第一莫过为旨。此是随名释义，非是以义释名。”对此，“今明俗以不俗为义，真以不真为义。”(《大乘玄论》卷一)吉藏认为，真谛和俗谛只是对同一世界的不同认识，而不是说存在着双重世界；真谛和俗谛应该相互为“义”，重视它们的相互联系，而不应该予以割裂。

在上述批判基础上，吉藏确立自己的二谛论。他说，“以理不二”，所以“二谛”只是“假名”。假名二谛，又分“于谛”和“教谛”两种。于谛和教谛的设立，表现出三论宗与其他宗派在二谛论上的根本区别。

关于于谛和教谛，吉藏说：诸法性空，世间颠倒谓有，于世人为实，名之为谛；诸贤圣真知颠倒性空，于圣为实，名之为谛。此即二于谛。诸佛依此 (二于谛)而说，名为教谛。(《二谛义》卷上)所谓“于谛”，是于情而言的意思，属于“所依”；众生认现实世界为“有”或为“无”，都是偏执，可名之为“于俗谛”或“于真谛”。所谓“教谛”，是宣说教法的意思，属于“能依”；诸佛因众生偏执不同，故有不同的说教，如对执“有”者说“空”，对执“空”者说“有”。凡宣说真空妙有之教者，称为“教俗谛”；凡宣说超越言语思虑而无所得之理者，称为“教真谛”。

根据吉藏意思，二谛是从诸佛对众生的说教意义上成立的，所以它可归之为言教。这样，于谛和教谛通常也就是指言教二谛。《中论·观四谛品》说：诸佛依二谛，为众生说法：一以世俗谛，二第一义谛。若人不能知，分别于二谛，则于深佛法，不知真实义。这表明，二谛属于言教，而这一偈颂也可以看作吉藏言教二谛说的依据。青目对这一偈颂的解释，也从言教上指出二谛成立的意义，他说：世俗谛者，一切法性空，而世间颠倒故，生虚妄法，于世间是实。诸贤圣真知颠倒性故，知一切法皆空无生，于圣人是第一义谛，名为实。诸佛依是二谛，而为众生说法。若人不能如实分别二谛，则于甚深佛法不知实义。(《中论》卷四)俗谛阐明虚妄法，但对于世间是实在；真谛阐明一切法空，但对于圣人是实在。诸佛或依俗谛说法，或以真谛说法，只在说法上区分二谛，其实二谛是统一的。