“凡心一念”属于五阴中的识阴，“识阴者，心是也。”（注：《摩诃止观》卷5上。）它本身也即是诸法之一法，因此在智顗那里， “心”不具有世界现象之本体的意义，一念三千也不是一个形而上学的本体论命题。这一观念的提出乃以经验事实为其依据，而其意义则仍然延展于丰富的经验世界。将一念三千的实相论归结为主观唯心主义，实际上是误入歧途的。
　　 就理论来源上来考察，一念三千除了上述的十如是、十法界、三世间以及以《中论》的三谛偈为其基本理论方法以外，它还与《华严经》的“唯心偈”有直接关系。晋译《六十华严》第十《夜摩天宫自在品》：“心如工画师，画种种五阴，一切世界中，无法不造作，心如佛亦尔，佛如众生然，心佛及众生，是三无差别。”这一偈语曾被智顗多次加以引用，如：“若依《华严》云，心如工画师，画种种五阴，界内界外一切世间中，莫不从心造。”“不可思议境者，如《华严》云：心如工画师，造种种五阴，一切世间中，莫不从心造。”（注：《摩诃止观》卷5上。）这种对唯心偈的反复引用是应引起重视的， 这不仅表明其一念三千之说的一种理论来源，而且也表明他对心物关系的一种理解。但是究实说来，《华严》唯心偈似乎更多地强调了一切诸法为心之所造作的意义，种种五阴乃是心的表述，因此心与种种五阴是存在某种因果粘连的，至少是包含主从关系的。但是在智顗那里，一念是具足三千，其中实际上不包含因果，也根本无所谓主从。虽然如此，唯心偈仍然是智顗用以传达其一念三千之观念的一种方便权法。在《摩诃止观》卷5上，他以四悉檀为因缘而“于无名相中假名相说”不可思议境， 认为就方便面说“心具一切法”、“缘生一切法”、“因缘共生一切法”、“离生一切法”，而总明“心生三千一切法”等等，皆未尝不可，是值得注意的。
　　 但是在究竟意义上，一念三千即实相整体，是不可思议境。智顗云：“亦不言一心在前，一切法在后；亦不言一切法在前，一心在后。例如八相迁物，物在相前，物不被迁；相在物前，亦不被迁；前亦不可，后亦不可，只物论相迁，只相论物迁。今心亦如是。若从一心生一切法者，此则是纵；若心一时含一切法者，此即是横；纵亦不可，横亦不可，只心是一切法，一切法是心。故非纵非横，非一非异，玄妙深绝；非识所识，非言所言，所以称为不可思议境，意在于此。”（注：《摩诃止观》卷5上。 ）这是《摩诃止观》中关于“一念”与“三千”之间关系最为清楚的表述。他所强调的无疑是一心与一切法之即时的共在共融；处于这种共时共在的共融状态，一念与三千不再有任何可以使两者得以拣别出来的相对界线。对于这种无先后内外亦无中间，非纵非横亦非一非异的心与一切法的即时共融俱在，不仅经验常识无能及之，而且实际上超越于任何语言之表诠能力，因为作为实相整体，一念之具足三千诸法是不可能被任何概念、范畴、关系等等所限定的，因而也是不可能以任何逻辑方法来进行分析的，故谓之玄妙深绝，非识所识，言语道断，心行处灭。它只能是它本身所自呈的样式，也即是其本身所自是的状态。正是在这一意义上，智顗批评了当时地论师与摄论师的缘起理论，以为二师各据一边而未能得实相之本真：“若从地师，则心具一切法；若从摄师，则缘具一切法；此两师各据一边。”
　　 地论师以法性为万法之依持，摄论师则以阿黎耶识（藏识）为一切诸法种子或根源，然智顗论云：“若法性生一切法者，法性非心非缘，非心故而心生一切法者，非缘故亦应缘生一切法，何得独言法性是真妄依持耶？若言法性非依持，黎耶是依持，离法性外别有黎耶依持，则不关法性；若法性不离黎耶，黎耶依持，即是法性依持，何得独言黎耶是依持？”（注：《摩诃止观》卷5上。）在他看来， 地论师之以法性为依持与摄论师之以藏识为依持是相互矛盾甚至自相矛盾而且又与经论相违背的。“经言：非内非外，亦非中间，亦不常自有。”“龙树云：诸法不自生，亦不自他生，不共不无因。”正是立足于这种非内非外，不常自有，不自不他，不共不无的基点，智顗不仅批评了地、摄二论师的缘起说，而且也进一步阐明了其本人关于一念心与三千法之关系的观点：“心与缘合，则三种世间三千相性皆从心起。一性虽少而不无，无明虽多而不有。何者？指一为多，多非多；指多为一，一非少。故名此心为不可思议境也。”（注：《摩诃止观》卷5上。 ）按照他的观点，心本身即具足三千世界一切性相，不须另有依持，而心又只以其自身的本然存在为依据。因此所谓一念之具足三千世界，也即是一念自我完满、自我充足地具有三千世界一切性相的可能性；若一念之未动，并不是无念，而只是念处于未表达的自存状态，是可谓之“一”。另一方面，“心不孤生，必托缘起”（注：《摩诃止观》卷1下。）， 故当“心与缘合，则三种世间三千相性皆从心起”，可能性即获得其自身的充分实现，也即原先处于未表达状态的心即时实现了其自身的充分表达，由是而展现为三千世界的多样性，一实现了多。因此之故，一念与三千之间并不存在时间上的先后，实际上也没有因果关联，而是一种即时的共在共融。作为一念之所具足的可能性的即时实现，三千世界的一切差别相仍不过为一念的存在方式而已，多即是一；反之亦然，一即是多。被实现了的可能性仍然是可能性本身的存在方式，犹如工画师的画幅乃是工画师之理念的存在方式一样，因此在究竟意义上，“心即实相”（注：《法华玄义》卷1上。）， 而作为实相之法性则“与一切法无二无别”，故谓“一色一香，无非中道”（注：《摩诃止观》卷1上。）。
　　 一念三千乃是一个纯粹的现象论命题而不是一个本体论命题。这一点在智顗的著作中本来是清楚的，但研究者往往易于从本体论的角度去对它进行分析，以为智顗是以心作为世界现象之本体或本原的。这其实是一种由来已久的误解。一念三千尽管是实相论，是智顗关于世界现象之真实性的最终表述，但是其全部论证过程却根本不是以现象与本体的二元分判为理论环节，而毋宁是以这种二元分判的批判与拒斥为必要前提，以空、假之双遮双遣而突现中道实相，以及对地、摄二师之依持论的批判，正是其拒斥形而上学之本体论精神的体现。在智顗看来，世界现象本身即是一个完满统一的整体，现象并不存在除其自身之实存相状以外的另一个“本体”或“本原”，因为一切现象都是本末究竟等，一空一切空，一假一切假，一中一切中，空假中以外并不存在某种永恒不变、真实不妄的现象之本体。因此在一念三千的观念当中，一切二元对立的观念，无论是心—物、主—客还是本体与现象等等，都获得最为彻底的消解，它所呈现出来的乃是一切现象处于究竟平等之中的、如其本身所是的实存相状。如果必欲以本体与现象来说明一念与三千或心与物的关系，那么充其量只能说本体即是现象，心即是物，反之亦然。在一念三千的本然意义上，实相即是主体之刹那心念获得其恰当的、如其所是的表呈的状态；三千世界一切相性作为这种即时的表呈状态是没有主—客之分的，表呈者即是被表呈的本身；一即一切，一切即一，略无分际。这是浑沦圆具的大全，而不是某种单一的实体。一切现象都在此浑沦的大全之中得以如实地呈现其自身，无相不相；而浑沦之大全的本身却无自相，不相无相；此即是妙有之虚空，一心之妙法，中道之实相，一切无量义皆由此而起。