十世班禅大师曾经指出：“中国藏语系高级佛学院的成立，这在我国藏传佛教史上前所未有。尤其将活佛组织在一起学习宗教、政治、科学文化知识，更是藏传佛教在培养高级传教人才方面的一个历史性改革，标志着藏传佛教培养活佛的教育由经院式教学改变为现代化教学。这是一项具有深远意义的工作，将载入我国佛教史册”（班禅·确吉坚赞《在中国藏语系高级佛学院首届佛学大专班毕业典礼上的讲话》）。中国藏语系高级佛学院的成立，标志着藏传佛教佛学教育从经院式教学到现代学院式教学的历史性改革。
　　所谓经院式教学，即寺院教育。作为寺院，它是佛教徒的大本营和根据地，是以佛教经典的研习、佛教教义的宣传和培养佛教僧徒为其主要任务的。它有自己一整套的学经组织和纪律，严格培养自己的宗教人才。所谓藏传佛教现代化教学，又称现代式教学，或称现代教学，现代学院式教学，它是在继承和发展经院式教学的基础上形成的，采取现代化的教学组织、教学方式和教学管理，它不同于经院式教学而有自己的特点。中国藏语系高级佛学院是藏传佛教佛学教育从经院式教学到现代化教学这个历史性改革的标志，是在经院式教学的基础上所形成的现代化教学的光辉典范。
　　首先，高级佛学院的办院方针、任务和目的不同于经院式教学而有自己的鲜明特点。
　　佛教以广结善缘、普度众生为目的，寻求解脱之道，以便获得正果，获“涅槃四德”（常、乐、我、净），因而倍受信众推崇。虔诚的学经之人，无不以此为激励。因而，寺院也广纳学徒，以弘扬佛法、振兴如来家业为己任。而高级佛学院所实行的现代化教学则在此基础上，将佛教的高尚境界与自己的祖国，与祖国各族人民紧密联系在一起，十世班禅大师所制定的办院方针“维护祖国统一、加强民族团结、发扬藏传佛教”，就使得这种高尚的境界得到了升华和飞跃，形成了自己的鲜明点，也真正体出了藏传佛教爱国爱教的光辉传统。
　　藏传佛教入寺学习的僧人很多，只要虔诚信仰，能守戒律寺规者，寺院不考虑他们的年龄和学历，一律以扎仓为单位，把他们编入预备班学习，然后由预备班升入正式班。学僧也分几种，一种是正规的学经僧人，专门从事学经；另一种是学习某些专门知识和技术的人，如学习藏医、历算、绘画、刻板印经、雕塑等，以及宗教职业性的念咒、降神、打卦等。高级佛学院在招生方面避免了经院式的“随意性”，主要招收藏蒙地区信仰坚定、誓言清净，有一定宗教知识，有培养前途的活佛或格西等，这些人应该是首先都已接受了寺院教育，然后来此深造。因此，学院的教学目的也非是因个人意愿而定，十世班禅大师为学院所制定的任务和目的，就鲜明地体出了这一点。
　　其次，高级佛学院所采用的现代化教学内容与经院式教学有所不同。
　　藏传佛教寺院所学很多，由于教派不一，各派在学习佛教根本经典的基础上，多重视对自己教派经典的学习。格鲁派寺院一般设“四大僧院”（显宗扎仓、密宗扎仓、时轮扎仓、医药学扎仓），传授大小五明十大学处（历算、诗学、藻词、声律学、戏剧、内明、因明、声明、工巧明和医方明）。
　　显宗学院又叫闻思僧院，主要学习和研究“经、律、论”三藏，唯识、中观等教义，并要求通晓“现观庄严论”、“入中论”、“释量论”、“俱舍论”、“律学根本论”五部大论。密宗扎仓又称阿巴扎仓或巨巴扎仓，主要学修金刚乘事、行、瑜伽和无上瑜伽部四个续部的重要经论和仪轨。时轮僧院、医药学僧院则在学习本扎仓侧重的佛教经典的同时，学习天文星算学、藏医药学等专业知识。时轮、医药学扎仓亦属密宗扎仓。
　　高级佛学院因所招学员均曾在寺院中学习，且为成绩较优者，因此避免了寺院教育注重基础知识以循序渐进和各教派多重视本派经典学习的做法，而注重学习佛教根本经典的精华以及藏传佛教各教派的理论，注重人才的全面培养。
　　佛学专业是学院的常设传统专业，也是最主要的专业。其所开设的基础佛学理论科目就包括《现观庄严论疏》、《兰色手册》、《喻法论·聚宝》、《入行论注疏》等等。目的是使学员通达佛教大小乘、显密义理、修行道次，为进一步明了、实践和研究佛学奠定基础。教派源流和佛教史学则开设《宁玛派源流》、《噶举派源流》、《萨迦派源流》、《格鲁派源流》、《藏蒙佛教史》等课，目的在使学员掌握各派对佛教教义的基、道、果三方面所持的异同见解；佛教的历史渊源和传入西藏的历史过程，藏传佛教的形成和在国内外的传播发展，以及同祖国内地的联系，在历史上对藏蒙地区哲学及社会思想等方面的影响。藏传佛教在显密学修上，非常注重上师传承，《宗教仪轨》课（包括早诵和显密传承）则要求学员掌握各种法门及不同规模佛事活动的程序和仪轨，以及显密修习次第，注重学修并进。《止观修持》课则要求学员能进一步明了实践佛教的戒、定、慧修持方法。
　　除佛学专业外，第四届大专班开设了《藏族天文历算学》专业，第五届开设了《声明学》专业，招收具有一定专业基础知识的青年学僧培养深造。藏族天文历算学是“小五明”学科之一，是自然科学百花园中的一支奇葩。声明学是“大五明”学科之一，主要是阐述古印度梵文本质、结构和组合变化规律及藏文虚词、动词等语法规律的学科，是使语言规范化的科学。目前，藏区对上述两学科造诣颇深的老一辈学者已寥寥无几，且后继乏人。十世班禅大师在世时就一直提出要选一部分人专门深入学习，予以抢救继承。学院本着这一精神，开设了以上两个专业以培养专门人才。
　　在全面培养人才方面，学院还十分重视对学员政治素质的培养，这是与经院式教学不同的重要教学内容。藏传佛教在藏蒙群众中具有广泛的群众基础和社会影响，作为民族的传统文化，应该充分发挥它的积极作用，使之服务于社会、服务于现实。因此，不仅要对这种宗教进行深入的研究，而且要对这一宗教的传播者进行正确的培养，以期通过他们来引导信教群众。这就是适应时代需要，培养高级的、具有全方位才能的宗教人才的必备因素，也是现代化教学的主要任务。所以，本着这一精神，学院将大师的办院方针及任务等体现于教学之中。
　　学院以必修课的形式开设了《西藏历史与现状》课，教育广大学员懂得西藏的历史和今天，懂得包括藏、蒙古等民族在内的广大少数民族为统一的、多民族国家形成所做出的伟大贡献和应负的历史责任。学习历史上藏传佛教界为实现和维护祖国统一所做出的卓越贡献，以实际行动同分裂祖国的阴谋活动作坚决的斗争。此外，还开设《近现代史教育》、《国情教育》等课，以提高学员的爱国主义觉悟，成为爱国爱教的有用之才。