佛学院与一般学校既有同样的体制，也存在着同样的问题，佛学院面临的问题比一般学校更大：在经费、师资方面，佛学院比一般学校更为困难；在教学方法方面，应试式、注入式教育及注重知识而忽视人格培养和操作能力的缺陷，佛学院校也普遍存在，作为以培养宗教师为旨的佛学院，在佛法修证方面的薄弱，更是致命的问题。这一问题太虚大师便曾谋求解决，但至今尚未得到根治。台湾有以培养禅师为旨的禅学院之设，是一可行之策。另外，仅以出家众为培养对象，也过于偏狭，还应有居士佛学院、夜间佛学院、假期佛学院、短期佛学院、专宗佛学院等多种教学体制，以提高广大佛教徒的佛学水平。
　　教育兴教与教育兴国在二十世纪的首未两度兴起，其间的因缘及兴学、兴教、兴国三者间的微妙关系，是一个值得研讨深思的重大问题。