对禅宗而言，《百丈清规》使禅宗的体制更加中国化，对禅宗自身的发展也起了极大的推动作用。其“别立禅居”，使禅宗从与其他寺院混居状态中分离出来，成为自主的部分，折中大小乘创立《清规》，凸显禅宗自身特点。这使禅宗不仅在思想上，而且在物质基础、组织制度上完成了宗派独立的过程。即使在唐武宗会昌法难后，禅宗也能延续甚至光大，这与《百丈清规》为禅宗制定的自主的制度、自足的经济“发展战略”是分不开的。所以宋代赞宁有以下感慨：“禅门独行由(怀)海之始。”〔24〕

其次，《百丈清规》在其以后的发展中，又超越佛教的界限成为中国制度文化的一部分而为其他宗教所吸收借鉴。如元代全真道的创立，作为其管理约制全真教团的《全真清规》等便吸收了后世《百丈清规》的许多内容。日本NoritadaKubo博士在其所著《道镜之研究》中甚至有“道教完全模仿百丈清规，作为其道观之规则”〔25〕之语。又如两宋开始流行的儒家的书院制度，其组织形式、书院学规、教学方式等也受到《百丈清规》的莫大影响。〔26〕

时至今日，《百丈清规》更是超越其时代与宗教的局限，成为了整个中国传统文化的一部分。倘若我们以现代文明为参照，其普遍的现实意义是显而易见的。

首先，宗教并不仅仅是一种抽象的理论，它还是特殊的社会组织，同样需要一定的组织管理制度来组织、控制、协调教团成员的行为，使教团成员的个体目标(如成道、解脱)与教团的集体目标都能够得到实现。《百丈清规》正是作为这样一种制度出现的。其中的诸多规制，对于现代宗教如何适应现代社会，制定与完善教团的组织管理制度，实在是值得参考借鉴。同时，百丈禅师创制《百丈清规》中所表现出的不拘常规、契机契理地革旧立新之精神，更是值得现代宗教教团管理者们学习。

其次，《百丈清规》作为一种管理制度，是在总结中国佛教僧团过去的管理经验和吸收当时各种管理文化的合理因素的基础上形成的。其中蕴含的管理思想与管理理念，如它在管理组织上力求分工明确，身份上力求平等，提倡“上下均力”的“普请法”，实行事务决定的民主化，“集众共议”，惩罚上“令其自悔”，注重个体的道德反省，强调领导者要“有可尊之德”，如此等等，对于提升现代管理，创制有中国特色的管理理论和管理学，也是大有启发作用的。