1940年，李圆净居士约了持师的众皈依弟子帮忙，化了差不多一年的时间，把持师的文稿分成显、密二编，并加以校对后，由哈同夫人罗迦陵及姬觉弥居士捐资印行，集名为《师奘全集》，由上海佛学书局出版发行。
　　1941年，上海沦陷后，侵华日军驻沪司令河田大佐让上海青帮头子黄金荣出面，到圣仙寺邀请持师出任上海市佛教会会长一职，黄金荣遭持师严正拒绝，无功而返，河田看黄金荣出面也无济于事，不甘心，又派人到圣仙寺纠缠，对持师威逼利诱，持师称病坚拒，闭门不出，表现了持师崇高的民族气节。　　　　
　　 1942年，10月，弘一法师示寂于晋江温陵养老院，世寿六十三，僧腊二十四。持师悲不自胜，以极为真挚的感情和超众的文采写下了《悼弘一法师》一文并赋七绝三章。
　　1943年，1月27日，欧阳竟无大师卒于江津之内学院。持师衷心悲痛，知遇之情常常激励持师要以更大的努力来弘经著述。　　　　
　　 1947年，上海市佛教会尊重住持德悟法师及全寺僧众愿望，于是年农历三月二十九日，召集诸山长老、护法居士一百四十持师人及全寺僧众二百多人，举行会议，一致决定该寺改为永久十方丛林，在会上，各方也一致认为持师三十多年来为佛教事业功绩卓著，三渡日本，二上高野学密取回唐密，于全国各地讲经传法，著作等身，且敌伪时期，高风亮节，坚持民族正义，种种懿言硕德，深密观行，久为众所钦佩，于是公推持师法师为改制后首任住持，兼任静安佛教学院院长。既蒙允请，持师即日升座应职，并登报敬告国内缁素大德、社会贤达，共同维护静安寺改制选贤成就。即时，上海市长吴国桢及居正等上层人物纷纷赶来静安寺探望持师。吴国桢及居正也是湖北人，此来既为持师祝贺，又为静安寺有此贤能住持而放心，吴国桢并亲自为持师送座。
　　 持师接办静安寺佛教学院后，又任命白圣为副院长，育枚为教导主任，圆明、守成、妙然先后任监学。师资也一时称盛：原金陵大学哲学系主任本光法师讲授佛学概论、比较宗教学、唯识论等课程，道源法师讲授“贤首教仪”，度寰法师讲授因明学，林子青教授讲印度佛教史，关德栋、陈诒先教授先后讲国文，秀奇法师讲授美术。来院作讲座的先后有太虚大师、北平中国佛学院院长周叔迦、法舫法师、能海上师、雪嵩法师、暨南大学牟润孙教授、金陵大学文学院院长倪青原教授等。持师系统地创建了僧珈教育体制，注重学僧素质的全面提高，学僧行后就读者近百人。学风严谨，学术气氛甚浓厚，僧材济济。
　　从华严大学到法界学院再到现在的静安寺佛教学院，持师培育了众多杰出僧才，陆续分散各地，成就突出。如著名高僧大醒、常惺、苇舫、苇乘、存厚、正道、福善等，真禅、德悟、度寰等均得到栽培，当年出色学僧圣严等早已经在香港、新加坡、台湾等地开一代新风。
　　为募集助民基金，持师发起了敦请海内书画名家捐赠作品，举行义展。当时就有张大千、邓散木、白蕉、郑午昌、马公愚、施叔范、张炎夫、唐云、申石珈等三十多位名家义赠了书画扇面等作品二百余件，在朵云轩进行展卖。　　  
　　 1948年，1月，贾劲松等学僧自己创办了《学僧天地》杂志，持师亲题刊名，并兼任名誉社长，在他言传身教亲切辅导下面，《学僧天地》办得品位不俗，除发表本院学僧研究文章外，为《学僧天地》撰搞的著名人士有南洋慈航法师、佛教学者大醒、法尊、霭亭、南亭、雪嵩、演培、苇舫、邵福寰、林子青、育枚、北京大学东方语言学系主任季羡林、著名教育家、作家叶圣陶先生等。接着，持师又兴办了静安寺图书馆，请到著名学者黄忏华老居士掌管。
　　 1950年，9月，为祈祷世界和平，人民安乐，上海佛教界发大慈悲心，在静安寺启建孔雀明王护国息灾法会七日，由持师主法。会前持师的弟子们已经请张大千的弟子王慧兰、潘贞则、王智圆绘好了孔雀明王巨幅图像，又邀请汉口易蔼如师兄来上海协助修法。
　　1952年，上海市人民政府在当时财政经济十分困难的情况下，拨出专款，修葺静安寺。为此专门成立了修复委员会，由圆瑛、持师、苇舫、清定、赵朴初等十四人为委员，圆瑛任主任。面对修缮一新的寺宇，持师激动万分，挥毫写了他用以自勉的话语：“生生世世常居地，此我世尊学习精神也。”
　　 韩惠安的女儿韩菁清，本名韩德荣，韩菁清是她的艺名。她喜欢唱歌，不顾家庭的强烈反对，走上歌星之路。1946年8月，当选上海“歌星皇后”。1949年出走香港，在那里成为影星。后来前往台湾。此时回沪拜谒持师，赠送给持师一套珍贵的《三希堂法帖》全集十二册，持师如获至宝，在此后几近的二十年间，反复临摹，观爱无比。韩菁清是时也皈依持师，修持密法，持师也赐以法名。
　　 1953年，5月30日至6月3日，中国佛教协会第一届全国代表会议在北京广济寺召开，出席会议的华东区代表有：应慈、持松、大悲、苇舫、达圆、阿檀、妙华、映澈、范成、静权、亦幻、月涛、善灯、澹云、崇善、月西、月海、义方、根如、慈舟、盛惠、妙莲、隆海、真寂、续道、高鹤年、简玉阶、徐森玉、袁家声、方子藩、黄忏华、钟慧成、游有维三十三位，持师当选为中国佛教协会第一届理事会理事。
　　 6月10日，静安寺举行了“中国佛教协会成立会议上海代表传达会”，持师任执行主席。
　　 是年，上海市各界在玉佛寺为祝愿世界和平启建水陆法会，为期49天。当时主法的是虚云大和尚，圆瑛、应慈、静权、持师、妙真、大悲、如山、守培、清定和苇舫