怛特罗佛教在波罗王朝的护持下，一直很兴盛。十二世纪中叶，由于取代波罗王朝的斯那王朝改信印度教，怛特罗佛教日趋衰颓。至十二世纪末，穆斯林袭灭了斯那王朝，并荡涤了一切佛寺，作为怛特罗佛教的最大的据点超戒寺也被平毁，僧众四处逃散，密教因之而在印度本土消失。