寺院法台以“温举”（家族子侄继承）方式传承，从桑杰温至今已传23代，第12任法台时形成活佛转世系统，共有“节仲”、“庞球”和“夏仲”三大活佛系统。

　　历史上是康区最大的寺庙之一，曾长期掌管这一带的政教权力，有属寺58座，分布于昌都、青海、四川和云南等地，信徒甚众。历史上常住僧人达2500多，直到20世纪中叶，还有近2000名僧侣。

　　类乌齐寺受到历代中央王朝的重视。相传元泰定帝在位时，玛卡太后前往藏地朝圣，路过该寺，以一半财产作为供养。明朝洪武年间，朱元璋曾封其第三任法台杰娃参坚为大国师，赐册印和官衣官帽。清雍正帝赐封13任法台庞球阿旺加为诺门汗呼图克图，赐金册金印，并为寺院亲书“法震西”金字。光绪帝赐封其21任法台衮噶朗杰为诺门汗呼图克图。

　　 查杰玛大殿主体高近30米，分为三层，第一层为条花殿，墙高13.5米，外墙用红白黑3种颜料涂抹竖形纹饰，每道竖条宽1米多，殿内有巨型大柱64根，每根高达 15米，其中4根直达3层殿顶。殿内随处可见塑制精美的各类佛像和唐卡，据介绍 ，历史上这里曾供有4万余尊大小佛像。殿中第二层为红殿，外墙涂红色，楼高9米，殿内墙上彩绘噶举派历代祖师和高僧大德，形象展示该派产生、发展和兴盛的历史。 第三层为白殿，涂白色，楼高5米，殿内珍藏着寺庙的镇寺之宝： 相传为桑杰温从上部达垅带来的释迦牟尼紫金佛像，据说佛像内有佛陀的舍利和一节指骨；元明清时的唐卡精品数十幅；有用金、银汁写成的经书，还有许多珍贵的文物，如不同历史时期的金属造像，雕刻精美的经板，传为格萨尔大王及部将用过的马鞍和宝剑，八瓣莲花的时乐金刚像等。这些珍宝不轻易示人，前往观瞻朝拜者只能透过铁丝网观看。

　　不同于藏区其它寺院依山而筑，类乌齐寺建于平坝上，但其恢宏气势，绝不逊色。尤其是站在查杰玛高高的三层楼上，凭栏远眺，纳依唐平坝与类乌齐镇尽收眼底。与寺院相比，古镇民居显得低矮，但其院落中停放的辆辆绿色大卡车，以及一排排的白色校舍，却令人在这偏僻的山区分明感到现代化的脚步。

　　本教古寺孜珠寺

　　本教藏语里称为“本波曲鲁”，是佛教传入以前藏区流行的一种古老的原始宗教。最初称为“朵本”，以万物有灵论为基础，信奉多神，自然崇拜，属于一种原始巫教。民间有专门的宗教职业者，举行各种祭祀仪式。后来，从象雄地区向全藏区传播了一种由辛绕米沃且创立的本教，这种本教不仅有比较系统的宗教理论，还有一定的宗教组织和道场制度，标志着本教已开始走向成熟，被称为“恰本”，即外来本教。至公元7世纪，佛教传入吐蕃，与本教发生激烈冲突，此后在对抗中互相逐渐吸收和融合，最终形成了一种理论化、制度化、规范化的本教，人们称之为"吉本"，即本土化的本教。

　　由于可靠材料的缺乏，至今人们对于本教传入昌都的时间及传播路径都很难做出详细的论述，但从传说和遗迹中却可以看出，佛教传入之前，本教在昌都已十分盛行。藏传佛教的传播，激起了与本教的强烈冲突。昌都地区文化局副局长土呷先生向记者讲述了至今在噶玛寺附近，仍然流传着的一个关于噶玛巴·堆松钦巴与一位本教大师斗法的故事：

　　 噶玛寺位于昌都县扎曲河上游约120公里，到寺院必经一个叫“勒特”的地方，民间传说里说，勒特山坡上，原本是有一座本教寺院的，现在只要前去噶玛寺，当地的人们还会向游人指认。当时，在寺院里住着一位本教大师，他每天都要派一位小僧人守着山口的路，叫他不要放任何人过去。一天，一条饿狗经过山路，小僧人心想，师傅讲不让人过，没说不让动物过，就让它过去了。傍晚回寺，向师傅报告，师傅立刻惊惶失措，说此处已不是我们久留之地，就放弃寺院，朝圣去了。而那位化身饿狗骗过小僧的噶玛巴·堆松钦巴就在这里创建了他的第一座寺院--噶玛寺，也由此创立了藏传佛教噶玛噶举派。

　　从故事可以看出，这里曾是本教地盘。而且，直到目前，昌都地区某些地方本教仍然非常兴盛，如丁青和左贡地区就是昌都本教寺院最多的地方之一。据地区宗教局1991年统计，昌都地区开放的本教寺院共有55座，其中丁青县31座，左贡9座，江达6座，洛隆5座，八宿3座，昌都镇1座。 目前，昌都共有本教寺院94座，其中，最大的当属孜珠寺。

　　孜珠寺不仅是昌都地区最大的本教寺院，在全西藏，它也是规模最大、教徒最多、仪轨保留较完整的本教寺院之一。寺庙位于觉恩乡境内，距县城45公里。据《孜珠寺简史》记载，“藏族第一位国王聂墀赞布的儿子木墀赞布时期，从象雄邀请了108位本教智者， 分派到藏区的上（卫藏）、中（康巴）、下（安多）修建三十七座本教道场，比较有名的九座分支道场中有'协来加嘎'，指的是孜珠寺”。

　　孜珠是藏语直译，指六山峰顶之意，宗教上象征六度波罗蜜。据称由藏王木墀赞布（生于公元前1075年）创建，至今已有3000多年历史。到罗丹念布时代，孜珠寺进行过一次扩建，并刻印经书、塑造佛像，使寺院初具规模。到喇嘛嘎旺朗加时代，寺院的显密学经体系进一步规范化和制度化，使其学经体系上了一个台阶。

　　在历代活佛和大师们的艰苦努力下，到昌都解放前，孜珠寺从建筑规模、僧人数量、学经体系和跳神风格等方面，都已成为昌都地区本教寺院中首屈一指者。目前有僧人110。