觉囊派承认“胜义”有，即承认有真常本性，这一点与宁玛、噶举、萨迦相同，但宁玛、噶举承认是真本性，无相寂灭非空非有，则既不可说空，也不可说有，非断非常，不断亦不常之意，更无有自空他空的词语，但觉派则认为胜义有，说得太实，可能就有问题。他们与格鲁应成派主张胜义、世俗皆是缘起性空，"毕竟空”成为针锋相对之教敌。这是空有之争在藏传佛教中的继续。
　　宁玛、噶举，萨迦承认真常本性其体但有空明，至于本性德能，则属体的相用(91)之事，相用就是佛的智慧德相，妄用则为三有轮涅，用可随缘，但体即是一而不动。相用所化虽有，如幻，非实有。觉囊派认为佛的智慧德相属本具，亦是胜义实有(《他空精义》236页)，乃至推到密乘的本尊，坛城，印契，种子字等皆属本具实有，那胜义有成为有形有实物，有定处的了。这点颇引起各派争议。宁玛、噶举均认为除空明外均为幻化，非究竟真实。笃补巴说:"法身功德是本具，非缘生法，是无为”。格鲁派不承认如来藏，更不承认什么本具功德，应成派认为从色法(92)乃至一切种智(佛)均是假名安立。佛的一切智德均是由培积资粮(93)缘起所生，他们认为本体就是绝对的空，承认胜义有就是涅实有论。觉囊派批判这种空是把一切有为无为皆空，空无所有的顽空，是无遮断空，世俗空，是真性绝灭论。法身本具一切功德，属智慧观照之境，非凡情可以测度。(《他空庄严论》149页)
　　二谛是一法的两面，他们的世俗自空论，是把胜义和世俗完全分开，二谛应当是同源，宁玛派认为是真妄是体用元成的关系，噶举认为妄念为法身波是俱生的关系，都是真妄同源论，觉囊派虽说如来藏是万有依托之根，但是世俗自空，使真妄隔绝了，这就是他们与他宗不同之处。
　　还有，觉囊派是从唯识发展起来成为一派自称为大中观派。他们和唯识不同之处是唯识承认外境是无，内心实有。觉囊认为否认外境可以破小乘微尘无分的实有论，立识有作为万法所依之根，可以破中观的一切皆空论。但“识”亦是世俗心，世俗假有无实，是自空，执世俗有实属常见。又说一般中观立缘起假名，无自性是毕竟空则全无所依之根，执胜义空，属断见。他们认为世俗空后必有所依之总根，此根则最初法界，本元光明之如来藏为胜义有，此根不可能断。“世俗空可以除常见，胜义有可以除断见”故无论中观唯识皆未能离断常二边，本派才是远离二边之了义大中观，作为本派的不共之特点。
　　《土观宗派源流》代表应成派批判觉囊派“如来藏遍一切情器，恒常坚固”(该书119页)说这同外道梵声论(94)的梵我相似。其实觉囊所说如来藏光明觉性，重在证悟自心本性，并非求证外道之神我(95)。如来藏虽为万法所依托处，但它是无为法，并不安排主宰世间一切万有，不同于梵神。该书又说觉囊说解脱世俗自空唯余胜义，为神我独存，类似外道数论派(96)(该书119页)。详细研究起来数论所说之神我系一种未离业识之世俗我相，这样的精神实体，如何能与解脱了的无我的真如本性相比。而且觉囊派说的解脱是“断去业烦恼不令新生，旧有者皆令其从速现行，如此三界轮回之苦尽后觉性无垢清净，此则名为解脱”(《讲解甘露》383页)。似乎与土观所说神我独存并不相同。
　　觉囊派在建立宗见理论上，似有偏颇之处，故引起非议，但他们说胜义有也非全属理论，而是通过实践证验的。宇宙内包罗有色心二法(精神和物质)，二法必有一个最高的依托处，色心万法，生灭变化无常，此依托处必是真常不变的。说依托处是什么?觉囊派属心宗，必然认定是心，此心指真心。他们的《时轮》内、外、密三世界(97)，都包含在密世界的心中，这心就是清净的如来藏。因此如来藏成为了万有的本体了。认为有个本体即等同于梵论的外道，觉囊派对世俗一切法承认是缘起，不承认有什么创世主，如来藏的提法或者与梵论派相似，相似不等于即是。不能就某一部份相似就指为是什么，那么小乘同于胜论(98)，唯识与密宗同于数论，中观应成派同于遍入天派(99)，中观自续派同于自在天派(100)(《他空论》159页)。
　　如来藏万有所依，万有是缘起所生，没有主宰者，如来藏不是生万有，更不是什么精神实体，这样认为就是外道的“梵论”?
　　他们说有真常本性胜义有，即指为是外道之梵我，那么内地的天台，华严，禅宗均为心宗(101)，共同承认有真常本性，岂不都成了梵我论的外道了么。
　　藏传佛教觉囊派的注释
　　(1)衮邦： 衮邦意为舍弃一切世务之人，是敬称。加在本名前。
　　(2)衮钦： 衮钦意为一切智，系佛的尊号，此作对人的敬称。
　　(3)六支瑜伽：为《时轮金刚》的圆满次第六种修法，详见本文。时轮金刚为密乘无上瑜伽部的本尊之一。
　　(4)大中观：这是觉囊派的分法。把中观派分为一般中观和大中观，一般中观只谈世俗胜义皆空的自空论，大中观谈世俗空，胜义有的他空论。
　　(5)裕摩： 地名在后藏乌郁境内。
　　(6)瑜伽行者： 修行人。
　　(7)卓敦： 卓西藏阿里的地名，敦意为法师，卓地法师。
　　(8)要门： 要诀窍门，简短者可译为口诀，若属秘密教授可译要门。
　　(9)密集： 密乘无上瑜伽本尊之一。
　　(10)乌郁： 后藏一地区名，现为南木林县一个区。
　　(11)空色天身：空色，是无而明现之色相，非一般粗漏色尘而是佛果地之最胜妙色，天身即佛菩萨的身相，空色有时指光明。称空色光明。
　　(12)相好庄严： 佛具有三十二相，八十随好作为庄严。
　　(13)如来藏： 指清净，光明，妙觉，大乐之心，为佛与众生本具之心性。详见本文。
　　(14)胜义有之他空见：胜义有，指最真实的一种存在，他空见，指其他一切皆空此真实存在则不空，详见本文。
　　(15)中观理聚六论：《中观》、《回诤论》、《七十空性论》、《六十正理论、》《精研磨论》、《宝曼论》等六论，为龙树菩萨所作。
　　(16)三摩地功德： 三摩地梵语，入定的意思。
　　(17)那若六法： 为噶举派那若巴所传无上瑜伽圆满次第中之六种修法：拙火、幻身、光明、梦境、迁识和中阴。
　　(18)瑜伽自在： 即对瑜伽法已全部掌握了。
　　(19)绛莎： 地名，在后藏。
　　(20)风息自在： 可以打通脉轮，气心自在促成开悟，且能出现神通。
　　(21)拉堆绛土酋：拉堆绛即今日西藏日喀则专区的定日县，元设有万户，由当地土酋任之，子孙世裔，成为该地区之首领。
　　(22)绛森： 译言菩萨，此作对人之敬称。
　　(23)萨迦豪门： 萨迦政权统治全藏时，绛多，云尊二人均曾担任万户长的大官职务。