第一、 格鲁派的教义整个包括在宗喀巴对宗教改革的纲领中。宗喀巴为什么对宗教要进行改革？如何进行改革？现分为两项来谈。
　　首先，为什么要改革，要把改革的时代背景略为叙述。公元14、15世纪时萨迦派与噶举派争夺权力，战火不熄，时局极为紊乱。因此，什么宗教，什么佛学，无人关心过问，寺庙组织涣散，戒律松驰，僧人无人约束，不念经，不修法，反娶妻生子，放荡自恣。上层僧人仗其特权，借口修密向民间索取妇女供其奸淫。从元代以来，这些修密喇嘛，无恶不作，查看《元史》：萨迦僧为元帝传无上密乘《喜金刚》大灌顶，授双修法(双身)，广取妇女供其奸淫为淫戏是乐，甚至男女裸处，君臣宣淫号为事事无碍境界【48】。更令人愤慨的是行一种《合诛》邪法【49】，肆意蹂躏妇女称为合，杀人活取心肝称为诛。《青史》说合诛法是邪法。宗喀巴改教以后，其他教派也有响应者对歪风邪气略加整顿。依据《土观宗派源流》说，直至公元16世纪时，宁玛派中还有人借《伏藏密法》使百姓供酒，名为供甘露，供妇女，名为供明母，当时欢喜酒色之僧徒，争相效尤，使清净寺院僧舍几乎全变为有妻室之俗家矣【50】。积习难除，或律废驰，乃至如此。
　　还有一个重大的问题，就是出家修行为的是什么？还不是欲出轮回求解脱吗！但如何出轮回得解脱？不看经不研教，见行不正【51】如何能解脱得了。当时就有一批自号为大乘顿门【52】之人，轻视小乘，轻视经教，不注重三藏【53】的学习，反嘲研习经典之人为分别师【54】空论派。只重大师口诀，以为片言支语即可得解脱，抛弃经教。即使学密也只重视无上续部，轻视下三部续，学风极为不正，学不正则观点不正，故多胡言乱语，把佛教引入邪途，甚至于无上密【55】中只重圆满次第，修风脉明点，纵然有点证验，由于没有正见摄持也只等同外道。
　　其次如何进行改革，针对以上种种错误观点和作风，大师才提出要进行改革的纲领。如何改革？先提倡闻、思、修，先听闻经教道理，然后思其意义，最后才依之起修。所以首先是闻思，闻思就是学习。如何学法？大师对于佛教有一个全盘的认识，他说佛一代言教总起来不过教证二法，无论大乘小乘一切教法均摄在经、律、论三藏之中，一切证法均摄在戒、定、慧三学之中，因此学佛不能轻经教，抛开三藏，故提出“三藏未可偏废，三学必须全修”。当时就有许多只讲顿悟，不通经教，胡言乱语的人。吾人学佛为的是求解脱，不明解脱之理，盲修瞎炼，不是求解脱，而是反增束缚。所以，求解脱必须重视三学。其次是修，所谓修就是指戒、定、慧三学，戒律是佛教的根本。大师曾说口称大乘行人若不守护清净律仪，去恶行善，连轮回也出不了，何况大乘。菩萨若不守护律戒，发大慈大悲菩提心悲悯众生，大乘亦是空名，学习密宗，不守三昧耶戒【56】，更是开恶道【57】之门，大师之言，从当时的现实就完全可以证明。特别是僧侣，更应严守戒律，故先于甘丹寺进行整顿律仪，依噶当规制，僧人必须受戒，严格遵守，独身不娶，不营世务，清净禅院。为表示中兴律仪，让僧人戴黄帽，因此后来人称格鲁派为黄帽派【58】（黄教）。经过律戒整顿，扭转当时社会的颓靡之风，使寺院面貌为之一新。其次是定、慧二学，定就是约束自心不让散逸，慧就是增长智慧不昧于解脱之道，故无戒不定，无定不能生慧【59】。定、慧二学就是讲学习修持。在学习中整顿学风，把那些浮夸不实，任意篡改等的作风完全改去。在寺中设立教理学院，定出学习制度，规定学习内容，按部就班，循序涟进，先小后大【60】，先显后密。组织一套有次序有系统的学习经论理论，大师在噶当六论的基础上结合实际略加更改，定按三学原则制定学习内容：戒学，学《律经》；定学，学《现观庄严论》；慧学，学《中论》、《量论》（因明学）、《俱舍论》【61】。密教学习作、行、瑜伽、无上瑜伽四部之续经讲解，结合实修教授导引以便求证。
　　规定寺内学习五部大论（在噶当的六大论上增加了抉择正见的中观学），是从律经论三藏中选出最有代表性的经论。 三学（闻、思、修的主要内容），戒－《律经》【64】， 定－《现观庄严论》【65】（谈菩萨修行证果），慧- 中论（佛教的最高哲学思想）【66】 ，因明（锻炼逻辑思想、抉择正见）【67】 俱舍（辩诸法性相为佛学入门书）【68】。
　　五部大论概括了经、律、论三藏的教法内容，其它学习的经论注疏文献，各寺采用的教本不尽相同，甚至连各扎仓也不尽相同。
　　寺院规定僧人必须读完显教的五部大论，先学何经，后学何经，何时完结，均有详细的规定，显教学完考格西【69】后，才能进上下密院学习密乘，密教先学事相如摆供设坛等，然后才学灌顶实修。
　　为了保证学习，学院有一整套组织制度，如扎仓、康村【70】、米村【71】等。各大小学院中均设堪布【72】作为主持，格贵【73】维持戒律秩序，翁则【74】领班念诵，格更【75】实际教学等等。当然这些组织与规章制度不是一时完成的，而是逐步改进，不断完善而发展起来的。这亦表明大师的改革心愿是得到完全实现后黄教才能得到很大的发展。
　　关于学经的过程即是实践闻、思、修的过程，通过闻、思、修作为手段，在戒、定、慧中磨练，逐步升级，最后达到求解脱的目的。所学各种典籍均有详细注解，贯彻大师的思想体系。这就创造了格鲁派的理论基础。各学院中还有规定的考试制度，学成给以学位职称。
　　在清净见、修、行方面，宗喀巴是在噶当的思想基础上逐步发展提高的。一个教派是否纯正，首先要看它的见、修、行是否正确。见就是见解、观点；修就是修道、修法，有显有密；行就是行为、操行。见、修是指定、慧，行是指戒律。大师提出见、修不是无的放矢，都是针对当时各派中所出的弊端而提出来的。
　　在见上，承不承认有一个最终的真实【76】，为一切万有依托这处。藏传佛教其他派别，如觉囊派【77】承认此本真为绝对有，称为胜义有。宁玛派【78】、噶举派【79】、萨迦派【80】承认有此本真，但认为此本真既不可说有，也不可说是无，是非空非有的。格鲁派承认万法是缘起性空，假名安立，否认有一个绝对本真为依托处，若承认有此本真，则为因中有果论，在四边生【81】中为自生论，违背龙树中观学说。说胜义实有是空性，实有论堕常边。说非空非有，是言语矛盾，不合逻辑。说空性是都无所有，是否认缘起业果，属外道见，大师是以中观应成派【82】见来作批判的。在修上，大师提出许多修心方便，尤其是注重止观【83】的修习，要止才能定，定而后才能发慧，观就是研究诸法真理，要找到真理才能发生解脱之智。止是安住修，观是观察修，二者要结合修习，不可偏废。这正是针对当时时弊，对症下药。那时确有一些人不注重教理学习，修习也想走捷径，一步登天，不看自己根器反而说不能顿悟之人才入渐修渐悟的止观法门。他们都采取了一些顿门中的一些片词只句，狂言乱语，说什么凡属分别【84】皆应断绝，分别是散乱【85】，分别是取相【86】，要修无念；或说分别是法身【87】庄严，分别愈多，修证愈大，或说无修无治，任运天真，凡有作为，皆属功用等等。这些说法也不是完全不合理，因为若能顿悟实相【88】，实相只能是直觉现量，不能用意识推度或用逻辑思维，它不是妄想能够了悟的，故要你无念。当然，禅宗也说无念，这个无念就是要不打妄想。《密乘要集》说：“诸修道人多分遣知，唯宗真空，吾不遣知，为所宗尚，修道成佛皆非无知”(原书183页)。重在知字，可见并非说要完全无念。过去有人对禅宗有误解，他们不懂在憩心息妄无念后还要孤明独知，说“知之一字，众妙之门”。噶举派说妄念是法身波，这是一种最高境界，因为已悟真性之体，妄念就是即体之用，此乃真知。说无修无治，也是顿门本具观，认为既悟本体，一切均是从体之用，一切佛的身智本自具足，本有自然智，此非修中所得的。以上都是对见性人【89】来说的，非是对一般化机说的。一般人修学佛法，执着缠缚尚重，所以，如大师所说应从止观修习，用止来收散心，然后用观慧来明辨善恶，明辨真理，观慧是要重思考的，得观慧后才能彻断烦恼而出生死。所以大师说思维理智是绝不可少的，不是凡有分别都要排除，或者一切都要保留。若全不作意【90】则能得一切智者成佛的结果，是从异因能生异果了。故此如何对待分别是一个很重要的问题。