还有一些修习密法的人把一切摄界归脉【91】的风脉缘起所生征兆视为道相【92】，或者专以风脉修习为主，不知这只是一种方便【93】，应与佛理相结合，显密要结合，见修要很好结合，不然会迷入歧途，修成一个外道。还有修静人只重安住修，求三摩地，不要观察修，此与禅天外道禅有何分别。又在修定中不注意细昏细掉易出现偏差。在安住修和观察修方面大师主张交替而修，并依据慈氏及中论中所说修定正理，如八断行【94】、九住心【95】、识别沉掉【96】、掌握正确三摩地的修法等等。有关止观方面，大师著作中均有详细阐述。
　　在行上，有些自诩为大乘的人，不知大乘应以菩提心为主，不学菩萨学处即六度支行，不守菩提心戒【97】，胡作非为，这哪里是菩萨，纯粹是个魔王。有人说断酒和非时食【98】为信小乘者说，大乘人已见真性则不须受此约束，可以放任自恣。因此他们不仅不行出家人应保持的行操，还脱下三衣【99】，舍去出家人之相，败坏了佛教的优良作风。
　　对经论的闻、思、修不应放松，勤习戒、定、慧和见、行、修，只有通达诸法性相，才能明见法性，完成戒、定、慧之慧学。大师根据噶当教典所说“发菩提心”、“七义修心”、“二谛”、“十地”和“粗细无我之理”等，作为本论入境、行、果之纲要。在见、修、行方面也进行了整顿，务使清净纯正不容稍许混杂。
　　关于实修，大师在显教方面著有《菩提道次第》广、中、略三论，在密教方面著有《密宗道次第广论》、作为指导实际修习之教授。
　　第二、谈显教实修次第。依《菩提道次第论》而为修学。菩提道就是成佛之道，由于众生的根器和意乐不同，从凡夫到成佛还有阶段，所以菩提道内容包括了三个阶段，即三类土夫【100】的修学之道。
初学佛的人面临几个问题，首先学佛如何下手，学哪种法，怎样学习等等。法门广大无边，必有明师为指路，所以学佛开始就是要依止善知识【101】，此为道之根本。依什么样的善知识，如何观师、择师，如何依止，论中均有详述。
既有学佛的愿望，就要想暇满的意义。所谓暇就是有空闲时；满就是条件具足圆满。若是忙于生活，或无权自主，或诸根残缺，或地处偏僻，都无暇听闻佛法，这种无闲共有八种，称八无暇【102】。条件具足圆满者，指能生而为人，有佛法之地，有说法听法之机会，诸根完全，非盲聋痴等，这种圆满共有十圆，为十圆满【103】。既然有闲暇，又条件圆满，便应思维，人生不只是穿衣吃饭，必定要过得有点意义，不让空过。在佛教来说修学佛法就是为完成人身大义，不要把暇圆的人身浪费了。
　　为了不浪费时光，就应思维，人生寿命无常，刹那即过，何时将死，不能预知，既知人生难得，佛法难闻，就应珍惜时间，勤奋苦学，克实求证。
今生不能解脱，死后仍堕轮回。六道之中生于地狱饿鬼之趣，苦不堪言，要解脱恶道之苦，只有依三宝求其救度，故要皈依三宝。
为求后世利乐，不以皈依只靠三宝便为满足，尚须勤行业果【104】取舍。佛教是因果论，种因必有果，善因善果，恶因恶果，若畏恶果，故应广大修善。
然上面所说，仅是得人天福报，属下士所修(下士道)，为人天乘，不是佛法的真实目的。佛说法的目的在令众生永出轮回，共同成佛，上面所说思人身难得，念无常，念轮回苦，皆非解脱正因。故尚应进一步追求解脱轮回这道，此求出离【105】所修即为中士道。正修此心，即依苦、集二谛，生起求解脱之心。抉择解脱之道，即依灭、道二谛。此四谛【106】或十二有支【107】佛虽为小乘所说，但是这些是三乘【108】人均应修习为共通之法。无论小乘大乘，首先对世间不生厌倦，无出离心，则什么都说不上。四谛就是苦、集、灭、道，先知三界轮回犹如火宅，是痛“苦”之源，苦又是由烦恼和业所“集”，只有“灭”除苦、集、乃得安乐，其能灭除之“道”即戒、定、慧三学。外道不知出离心，无论他的方便有多好，修证有多高，但终究不出轮回，仍堕生死。又出离心只为中士道所修学，属于小乘，仍只有自己出离轮回，尚未想到一切父母有情还在轮回中受苦，我应发大慈悲大菩提心，修六度【109】行，度一切众生皆出轮回。要心怀大志，才是大乘菩萨，才是上士之道，才是真正佛道。
上士道的修心次第以要发大心，专为利他最为重要，只有不住自利之心，方能脱离小乘，突破狭隘的自利，进入大乘的最高精神境界。
　　何为大乘之门，即波罗蜜多乘和蜜乘。
波罗蜜多乘就要广修六度，学菩萨学处，受菩萨戒，尤其是要学习止观，止是修定，观是修慧，无戒不定，无定不慧，止观必须双运。止出轻安，观慧通达一切诸法皆是缘起性，证悟空性。若无观慧则不能断生死轮回根本之实质，自己尚不能出轮回，遑言度众生，所以大师总结菩提道次第为三要：出离心、菩提心、空性见。出离心和菩提心，此二是噶当派所提出。只有出离心和菩提心，不能出轮回生死，大师又提出空性见，有空性见才能破除无明实执，断生死轮回之根本。但不知轮回苦，不生厌离，不求出世，无出离心，连自己出不生起厌倦轮回之苦更不能发菩提心度广大众生出轮回，那么不求出轮回，修了空性又有何用？故首先要有强烈出离心和菩提心，然后才能断生死轮回根本之实执，求出生死之空慧正见。有了正见才能断除二障现证空性，直趋佛位。若轮回都出不了，哪里还能成佛。
　　总之，三藏一切大小乘经典，均为成佛之支分，前前为后后作准备条件，因此不可偏废。这些要点全包括在《菩提道次第广论》之中，是求佛道者真正之教授。从众生成佛必须经过这三种道次，不能躐等，或妄行取舍。菩提道中最重要者为止观双修，若只修止，纵然得到最好的三摩地，也出不了生死轮回，修到了四禅天的地位也终有堕落之一日，所以由止获得轻安，为修观奠定基础，始易生观慧。如已修止进而必须修观，生起空性正见，方能对治生死轮回根本实执，解脱轮回，其次修大乘行，应重视空性与大悲和四无量心相结合，重视业果，重视缘起，缘起性空必须双运，若欲即生成就，必须急速圆满二种资粮【110】，方能成一切种智，圆满三身。然欲急速成就，若无善巧方便，独依显教修习，亦难成办。故大师又特著《密宗道次第广论》，并提出许多实修方便，如此显密双重结合修习，则必有成就之日。这些都是大师的殷殷教导，一切详见大师所著二种《道次》之中。
　　第三、谈密乘实修次第。依《密宗道次第广论》而修学，规定先学显教后学密乘，意思就是要学人在学显教大乘中首先注重发菩提心，学密是为利益众生急速成佛，现证三身，，才能广大利益众生，故发菩提心最为首要，如此学密才有基础。学密前先依止具德上师，方堪为大阿阇黎【111】，求其灌顶。未得灌顶者，不得讲听密法教义，更不能随便乱修。关于作净、设坛、仪轨事相【112】，论中均有详细的规定。灌顶后受三昧耶戒及别解脱律仪【113】，须严谨守护，若不持戒连人天善趣亦不能得，遑云成佛。其次则须精研密教教理，密教的经典分续部，即作、行、瑜伽、无上瑜伽四部。