一、明治维新期的改革

　　幕府不断与外国签订商业条约，以致国权丧失，内部分裂和丧失民心。在内忧外患，濒临倾覆的情况下，幕府于孝明天皇庆应三年（一八六七）将大政奉还，第二年开始了明治维新。

　　明治元年（一八六八），在“王政复古”、“祭政一致”的原则下，废除僧位、僧官，规定僧侣只是一种职业，应称姓氏。认为僧侣有食肉、娶妻、蓄子、蓄发的自由。在维新的过程中，废佛毁释运动越演越炽，寺院佛像被毁，经典被焚，僧侣被迫还俗。佛教界面对这一连串的毁佛行动，最后由大批佛教徒发起“护法一揆”运动来反抗，才停止了这项毁佛的蔓延。

　　明治政府以神道为国教，并让佛教依附神道而存在，引发佛教内部的强烈不满。岛地默雷、赤松连城等人在明治五年赴欧洲考察，回国后，将他们在欧洲关于宗教所见所闻，公开介绍，以世界宗教大势来评驳政府的宗教政策，并要求政教分离、信仰自由。这些意见，受到明治政府的采纳。因此，佛教在二次世界大战结束前，有几点改变：

　　中央集权化的宗教组织

　　在明治十五年，政府规定神道与佛教各宗设立总本山，各派设本山。各宗各派设管长，由管长负责委派寺院住持及制定各宗法规。各宗须在首都东京设本山办事处，地方设教区，置教务所。按选区遴选宗译员，组成各宗的译会，定期召开宗务会议。

　　　　热心办学

　　明治政府鼓励各宗办学，从明治初年到大正年间（一九一二至一九二六），佛教各派兴起办大中小学的风气。由佛教宗派创立的学校，除了讲授宗学、培养佛教人才外，也设文理等其他学科，培养文教科技人才。

　　明治维新后，佛教学者纷纷前往欧美、印度、斯里兰卡等国留学考察，在佛教的研究上，采用西方社会学和历史学的方法进行研究。又藉助汉、梵、巴、藏等文献的研究比较，在佛典的研究和佛教史、教义、艺术等方面的整理与创新，获得丰硕的成果。

　　明治中期以降，各宗派开始海外布教活动，在夏威夷、美、加等地，设置布教中心，派遣专职布教人员。其中，以真宗本愿寺派及曹洞宗信徒最多，成效最佳。

　　此外，佛教社会事业非常兴盛，施设的机构一年比一年增加，如佛教创办的养老院、孤儿院、学校等，不计其数。

　　　　镇护国家的传统

　　明治维新后，佛教虽然失去以前备受保护的特殊地位，但从整体看来，还是脱离了传统佛教镇护国家的倾向。大正时期，僧侣获得参政权，各宗管长联合组成“佛教护国团”。在国家日益军国主义化时，某些传统教团表示“护持天皇制，协力战争”，展开拥护战争的宣传和资助活动。相对的，佛教界内部也出现一些有民主意识的学僧，对日本的军国主义和侵略政策进行批评，并提出各种改革主张。

　　 二、新宗教的抬头

　　　　战后初期的社会情形

　　二次世界大战后，美国以“盟军”最高司令部的名义，在日本公布了一系列条例，对日本进行“民主化”改革，其中明文规定：信教自由和政教分离，因此宗教界最突出的现象是新宗教的崛起。

　　战后，在佛教方面，都市的寺院在战火中受到破坏，农村寺院在农地改革中失去旧有的土地和租佃关系，大量的僧侣还俗从事教育、文化和国家公务员的工作，有些虽未还俗，也兼领其他工作。此外，不少教团、寺院积极兴办托儿所、幼稚园、学校、旅馆和各种观光事业。

　　新宗教的分类与现状

　　新兴宗教是旧称，现称新宗教，这是日本近代宗教史上的新形式教团。从一八○二年开始，如来教的教主据说被金毘罗大神附体，而定八月十一日是创教日，这是近代日本新宗教最早创教的一派。其后，日本新宗教教团不断地成立。据日本宗教史学者松野纯孝在《新宗教辞典》一书中所载，共有两千多个新宗教成立。