法雨寺，亦名后寺，在白华顶左、光熙峰下。明万历八年(1580)由僧大智真融结茅创庵，名海潮庵。二十二年由郡守吴安江改名海潮寺。二十六年毁于火。二十七年钦赐龙藏。三十三年增建殿宇，次年赐额“护国镇海寺”，再赐龙藏。四十年尽毁于火，旋复建。崇祯十六年(1643)，大殿又毁。清顺治三年(1646)，复于旧殿址建小殿5间。供奉观音大士。小殿前建伽蓝小殿5间，康熙八年(1669)，海寇毁寺。十年，水师提督张杰建殿5间。是年迁徙岛上居民，殿宇残毁如普济寺。弛海禁后，寺院随之复兴。二十六年，住持别庵先后建藏经阁、东禅堂、三圣堂、三生堂、官厅、印寮。二十八年，朝廷赐帑金增建，三十二年建成圆通殿，供奉观音菩萨；继又建成大雄殿，供诸佛。三十八年和雍正九年(1731)复两次获赐帑金，继续修建。此前，康熙帝还于赐帑同时御题“天花法雨”、“法雨禅寺”等额赐之。由是殿堂楼阁整齐完美，与普济寺同耀海山。同治(1862—1874)和光绪(1875—1908)间曾进行大规模的修葺。整个寺院几成正方形，纵深62.5丈，面宽69丈，左右有山门，寺宇计有7殿(天王殿、大圆通殿、珠宝观音殿、大雄殿、伏魔殿、准提殿、伽蓝殿)、13堂、4阁、10楼等，总数达数百间，今尚存245间。过去曾有6座下院，名道头下院、定海下院、宁波下院、杭州下院、温州下院、上海下院。
　　慧济寺，又名佛顶山寺，在白华顶右。旧有亭，内供石佛。明初，僧圆慧在此结茅。创慧济庵，额曰“宝月含空”。康熙八年(1669)僧普明重修。清乾隆五十八年(1793)，临济宗僧能积立志复兴，建圆通、玉皇二殿和大悲楼、斋楼，扩庵为寺。嘉庆三年(1798)挂单安众，咸丰元年(1851)，始行传戒，光绪三十三年(1907)，住持文质大兴土木进行扩建，遂成巨刹，一切规制与普济、雨法两寺相同，是普陀山的第三大寺院。全寺有4殿(大雄殿、天王殿、地藏殿、雷祖殿)、7堂、6楼、2阁等。过去曾有一座下院，名道头下院。
　　除三大寺之外，山上的主要庵堂尚有18处，诸如妙峰庵、朝阳洞、悦岑庵、鹤呜庵，长生庵、大乘庵、常乐庵、双泉庵、逸云庵、药师庵、息来庵、伴云庵、澄心庵、常明庵、三圣庵、锡麟堂、洪筏堂、文昌阁等等。三大寺和诸多的庵堂、茅蓬散布于普陀山各处，“山当曲处皆藏寺，路欲穷时又遇僧。”普陀山的确成了名符其实的佛国净土了。
　　《普陀洛迦新志》云：“非有大德之住持，奚副高山之仰止?”事实正是如此，普陀山所以能发展成为中国佛教的四大名山之一，这与众多名僧大德在此兴衰起蔽，不惮劬劳，虔诚弘法，甘自清苦的努力和精神是分不开的。而但凡称得上是名僧大德的僧人，又往往是三大寺的住持。截止于《普陀洛迦新志》撰成，普济寺与法雨寺的住持分别为55任和19任。
　　普济寺的55任住持是：日僧慧锷(五代僧)、真歇清了、自得慧晕、闻云德韶、大川普济、梦窗嗣清(以上宋代僧)、王介禅师、东岩净日、如智、东洲永、一山宁、如律、孚中怀信、古鼎祖铭、大千慧照(以上元代僧)、大基行丕、祖芳道联、淡斋、普贤道诚、本空圆献、无瑕明通、真松、一乘真表、云峰真宰、寂庵如迥、普光真遇、奇峰真才、逊吾如让、三藏真经、万容如钦、昱光如曜、朗彻性珠、文玉寂美(以上明代僧)、贯介照中、道衡普周、公门音通亮、通元照机、潮音通旭、古心明志、自修明果、绎堂心明、震六源法、中赞源正、钅监堂德镜、梦兰源善、云中、承德维贤、融通能圆、月中桂、鸿昆能仑、定智果、慧源嗣诜、方方土宝悟圆、广学宽量、了余广导(以上清代僧)。
　　法雨寺19任住持是：大智真融、天然如寿、宝莲如光、寂住、文元秀(以上明代僧)，明如德、明益普容、别庵性统、玉峰空怀、洞彻空明、见火工空焱、乐道空经、法泽明智、远辉慧、超尘续恩、海南性、立山满圆、化闻福悟、开如德月(以上清代僧)。
　　除二大寺住持之外，又有众多的本山出家、十方寄住的名僧大德。他们或弘法，或兴建，都做出了与众不同的努力，为建设这座佛教名山奉献一颗虔诚之心。
　　仅就两大寺的众多住持而言，其中主要的又有以下数名：普济寺有宋之真歇清了禅师、元之孚中怀信、清之潮音通旭。真歇俗性雍，蜀人，年十一依圣果寺俊僧受业，17岁试《华严经》得度，具戒听讲，玄解经论，但以为“言说终未究竟”，所以离蜀经三峡到达沔汉，投丹霞淳和尚门下习禅。后又北游五台，继至汴京，最后南抵仪徽(今江苏扬州附近)，谒长卢祖照禅师。绍兴元年(1131)浮海至普陀山结庵于山椒，自此禅林英秀多依之。就在这时，朝廷应其之请，寺院“易律为禅”。后来，真歇复先后主持过国清寺、雪峰寺、育王寺、龙翔寺、兴庆寺、双径寺。“五承紫泥之诏”，“得度弟子四百”，嗣法者30余人。遗著有《语录》2集。寂后建塔于普陀山无畏石旁。真歇为普陀山禅宗的祖师。孚中俗姓姜，明州奉化人。15岁离家投法华院僧子思，执童子役，不久被度为僧，受具戒于鄞县五台寺，又从延庆半岩，学三观十乘之旨，后以教相繁多、浩如烟海，欲穷之必自困，于是往参天童山景德禅寺竺西坦公，大彻玄旨，因于当寺就职维那。坦灭，复命司藏钥。泰定三年(1326)奉宣政院请住(四)明之观音寺。天历二年(1329)迁往普陀，历时14年。其间不以位望之高而盛饰车舆，始终自持一钵乞食于吴楚间。镇南王、宣让王或迎至府中问道，或遣使送衣物，请示法要。曾以姑苏奇石造多宝塔上三层载归普陀，是为后来之太子塔。驸马都尉高丽王绎、承相撒敦将其德行上奏于朝，皇帝乃赐号曰广慧妙悟智宝宏教禅师。又赐金衤阑袈裟等。后主金陵龙翔寺教务，明太祖亲幸听法。孚中每天坚持默诵《法华经》7卷，四时不断。卒后分别起塔于金陵牛首山和天童山，遗著有《五会语录》。潮音俗姓俞，祖藉新安，生于松江华亭。初于普陀山旃檀林剃染，于白龙慧镜受具戒。后遍参海内名席，随侍啸堂、寒泉二宿。悉入堂奥，当机不让。受天台万年无碍彻老宿之请，开法于慈
　　奚谷寿峰寺、姚江圣寿寺。康熙二十九年，清圣祖南巡，赐银千两重修普陀佛殿，定海总兵蓝理请音为普济寺住持，主兴复之事。凡所经营，必使之能坚固垂久。前后历时10年，复使普济寺百废俱兴，“近举八十余年之陋习，远绍四十二祖之芳猷，德业望闻，焕然中兴。”潮音崇尚曹溪禅法，主张“为人无致意，世情随顺是菩提”，反对“多游族姓，修饰竽牍，务为求名”的“狂禅”，并认此为“大法之坏”的根源。普陀自开山后，或禅或律，屡废屡复，甚而縻爵披紫，梵行益弛。至潮音住持之后，复又易律为禅，于是玄风大振，法灯重朗。这件事与其高足绎堂心明的鼎力协佐是分不开的。康熙三十七年，潮音入寂，终年50岁，建塔于普陀息来院外，又有衣钵塔在普贤塔后。遗著有《语录》、《随录》、《普陀列祖录》、《百岁老祖宗谱》等。潮音之后，他的法子法孙相继为普济寺的六任住持，可见其法脉之久远，声名、地位之显著。