牟宗三《大乘起信论》“一心开二门”说的一个重点，是要证明《起信论》之真常心理论是佛教内部教义发展的必然产物。他说：“由唯识宗的阿赖耶系统推进至《大乘起信论》的真常心系统，这种推进乃是佛教内部教义的发展中，必然要出现的一种推进。因为顺着阿赖系统中问题的展现，自然会逼显出‘如来藏自性清净心’的思想系统。”（《中国哲学十九讲》，第267 页）究竟是阿赖耶系统中何种“问题”的“展现”，使得“真常心”系统代替“虚妄唯识”系统成为一个理论的和逻辑的必然？牟先生举出下面两个问题加以说明。
　　 第一个问题是由说明一切存有的依据这一理论需要逼显出来的。唯识宗以阿赖耶识作为一切法的依止，即是以深度心识中潜藏的各种生命习气作为说明一切存有的原因。但是阿赖耶识在性质上是偏向虚妄的，故以之作为生死流转的染污法的原因是谛当的，而要以之作为清净功德法的原因，则就十分不伦。当然，虚妄唯识思想系统也见到此种存有论上的难题，所以无著、世亲一系在《摄大乘论》中提出，清净心种子是“从最清净法界等流正闻熏习种子所生。”（《摄大乘论》卷一，支那内学院《藏要》本，第8 页）即是说清净功德法生起的直接原因乃是亲闻佛菩萨圣者之清净言音。如此以来，则清净功德法或净化生命活动之原因就不仅是后天的、外在的，而且也是偶然的了。可见，虚妄唯识思想系统对于一切存有原因或根源的说明不谛当、不圆满，必须由更加善巧的存有论模式来替代它。
　　 第二个问题是“成佛有无必然的保障”的问题，也即是佛性观的问题。虚妄唯识思想系统以为无漏净种是后天习闻所得，从理论的逻辑着眼，这系学说是以无漏净种作为众生成佛的根据，无漏净种既然是后天的，成佛的根据亦必然是后天的；无漏净种既然是偶然的，成佛的根据亦必然是偶然的。一句话，在虚妄唯识思想系统中，既然成佛的根据本无必然的保障，则众生是否能够成佛，也就经常需要“碰机会”了（同上书，第268页）。
　　 在《佛性与般若》一书中，牟先生以“般若”与“佛性”两个观念作为纲领来理解佛教思想史。佛教历史上的各种义理系统都是从“般若”、“佛性”两观念发展而出，其中，“般若是共法，系统之不同关键只在佛性一问题。”（《佛性与般若》序言，第3 页）所以牟先生乃是扣紧“佛性”问题来理解佛教思想史的内在逻辑的。依对“佛性”问题的不同理路而有两个系统：赖耶系统及如来藏系统（《佛性与般若》上，第453页）。前者是“妄心为主正闻熏习是客”的系统； 后者是“真心为主虚妄熏习是客”的系统（同上书，第429页）。 “佛性”概念本质上是指成佛的依据，因此佛教各系统存有论学理演进的内在逻辑，即跟理解与解决成佛依据之问题的方式有关。牟先生说：“自《起信论》依《华严》、《密严》、《胜鬘》、《涅槃》等言如来藏之真常经而提炼出一个真心后，佛教的发展至一新阶段。就佛教内部言，它实比印度原有的空有两宗为进一步。唯识宗的有宗已比《中观论》的般若学为进一步，以《中观论》无对于一切法作根源的说明故。《起信论》又比唯识宗为进一步，以唯识宗以阿赖耶识为中心，以正闻熏习为客，成佛的根据不足够故。《起信论》提出真心，成佛始有一超越的根据。”（同上书，第473 页）《中观论》般若学系统对于一切存有的根源缺乏说明，唯识宗阿赖耶系统虽然对存有的根源有所说明，不过它把生命净化的原因视为外在，由此众生成佛的根据即不充足。直至《起信论》系统提炼出了一个“真心”之后，佛教思想才圆足了众生成佛的“超越的根据”。所以，牟先生得出结论：“就佛教内部教义的发展，顺着问题之逼迫，必须往前推进，肯定有一超越的真常心，作为众生成佛的超越根据。因为一旦肯定有一超越的真常心作为成佛的根据，则我们的生命中，先天地即蕴含一种超脱的力量，能够自然发动，而非完全靠后天经验的熏习。如果必须完全靠后天经验的熏习，则遇见佛时可能成佛，若未遇见佛，岂非永无证道成佛之日？”（《中国哲学十九讲》，第268页）
　　 牟先生从佛教内部教义“问题”“逼现”的角度来说明佛教存有论思想演进的逻辑，以此证明《起信论》真常心系统存有论模式，具有必然和超卓的佛理价值。不过他对佛教存有论思想史这种“必然逻辑”的解析，似乎很难经受住以下的驳辩：
　　 （一）就第一层次的存有论问题而论，牟先生以为通过“超越的分解”提炼出真心或清净心作为一切法的存有依据，较之阿赖耶识系统以虚妄识心作为一切法的存有依据，在理论上颇能圆善。然而一切存有本来包括生灭性的“染污法”及不生灭的“清净法”二类，以虚妄识心作为一切法的存有依据，用来解释“染污法”的缘起当然颇为容易，但要说明“清净法”的根源则比较困难。不过，这种困难同样存在于如来藏清净心存有论系统中：以真常心或清净心作为一切法的存有依据，在说明“清净法”的缘起时固然颇为容易，而要说明“染污法”的来源则未免捉襟见肘。其实牟先生并非没有看出这层困难，他自己就提到，“有人说如来藏自性清净心与阿赖耶识两个系统都有麻烦”（同上书，第275页）。 不过牟先生把上述平视二系统的态度称作“形式逻辑的头脑”，是“机械的推理态度”（同上）。牟先生的解决之道是：以如来藏自性清净心说明清净法的缘起是采取“直接的方式”，而说明染污法的缘起则“必须经过一个曲折或跌宕”，这个“曲折或跌宕”，即是所谓“无明的插入”（同上书，第276页）， 由此清净心便把虚妄识心容摄到自己的系统中。
　　 可是牟先生承认，当阿赖耶系统在要开清净门时，同样不是象开生灭门那样是直接地开出，而是“必须经过一个曲折的过程才行”（同上），这“曲折”或“跌宕”的方式和真常心系统不同：后者是借助“无明”的插入，前者则是诉诸圣者的言音。不过尽管二种“曲折”或“跌宕”在方式上有些不同，其本性则是一样的：“曲折”或“跌宕”在二家学说中的同样存在，无非暴露二家存有论模式都有内在的“麻烦”而已。如果牟先生能够客观地承认这一事实，则他也就没有充足的理由去宣称以真常心系统取代虚妄唯识系统乃是理论上的逻辑必然。
　　 （二）第二层次存有论问题聚讼的焦点当然是佛性问题。印度的佛性理论虽然五花八门，不过追根而论，则不外乎以指称理体的“空性”诠解“佛性”及以指称生命行为的“行性”诠解“佛性”的二种佛性观，而且这二种佛性诠解在任一学派中都是交叉或互容的。佛性问题还附带地牵涉到一个问题：是所有众生都能够证道成佛，还是有些“一阐提人”（断“善根”者）永无成佛之希望？印度三世纪产生的《涅槃经》甚至在同一部经中就包含前后两个说法，前说以为一切众生悉有佛性，不过应将“一阐提人”除外；后说则以为“一阐提人”亦有佛性，悉可成佛。吕澂先生曾将《涅槃》前后佛性二说的变化，归结为两个方面的原因：一是由于对“佛性”概念诠解的不同，一是由于笈多王朝前后期社会现实情况的差异（《吕澂佛学论著选集》第 4卷，第2179页）。不过这种特异现象的存在也可以说明这样一点：在印度佛教的思考方式中，究竟是从“理”的角度诠解佛性，还是从“行”的角度诠解佛性，究竟是众生悉能成佛，还是有一部分人不能成佛，这些相差甚远的佛性观念是可以并存和兼容的。