其二，《起信论》“一心开二门”的架构中，真如门开本体界，生灭门开现象界。在康德，现象界跟认知主体相关，故现象界的开出乃属于知识论的问题。西方哲学传统中知识论问题寓涵的要义是，科学知识究竟对于人类有无必要？中国传统儒佛道三家“在以前，于科学知识这一环，虽皆可有，尤其儒家易有，然而因为皆重视上达，故皆未能正视这一环。”（《现象与物自身》，第122 页）正因为儒道佛三家都有重视“上达”而忽视“科学知识”的局限，所以设法“开出”现象界，以为“科学知识”奠定哲学的基础，乃是牟先生谋求会通中西哲学的一大思考重心。不过问题是，从《起信论》“一心开二门”架构的“生灭门”，究竟能否圆满地“开出”现象界来呢？
　　 照牟先生之见，由自由无限心“自我坎陷”为认知主体而成立现象界的存有论，自由无限心的这种“自我坎陷”，本质上就是一种“执”的状态，所以“现象界的存有论”亦名“执的存有论”。牟先生把对现象界的这种开显称为“辩证的开显”，这一开显“是以佛家‘执’之观念来融摄康德所说的现象界，并以康德的《纯理批判》之分解部来充实这个‘执’，因为佛家言识之心执是泛心理主义的，重在说烦恼，认知主体不凸显故。”（《现象与物自身》序言，第7 页）关于开显现象界的方法，在《佛性与般若》中有大体相同的思路：“此一存有论（按指“执的存有论”，引者），我们处于今日可依康德的对于知性所作的超越的分解来补充之，或积极完成之。所谓补充之，是说原有的赖耶缘起是不向这方面用心的，虽然它有可以引至这方面的因素，如‘计执’这一普遍的底子以及‘不相应行法’这一些独特的概念便是。所谓积极完成之，是说只有依着康德的思路，我们始可把这‘执的存有论’充分地作出来。假定赖耶缘起是一深度心理的分析，我们可在此深度心理分析的底据上凸出康德式的知性之超越的分解，以此来完成执的存有论，即对于经验现象的存在性作一认识论的先验决定。”（《佛性与般若》上，第429 页）无论是《现象与物自身》中由“识心之执”所标志的对于现象界的具体开显，还是《佛性与般若》中对“开显”策略所作的进一步提示，似乎都是以赖耶系统对深度心理的分析作为根据，兼纳佛教诸家共同认可的“不相应行法”等固有概念，来融摄康德哲学中的知性系统的。
　　 此外，牟先生一面宣称《起信论》“一心开二门”之架构是一普遍的哲学模式，一面却还是在“二谛与三性：如何安排科学知识”的一讲中，亦即是在阐释般若系统二谛学说及赖耶系统三性学说的地方（《中国哲学十九讲》，第249—265页），来处理所谓“科学知识”的地位问题的。这一安排更加强烈地暗示出，与其说由《起信论》“一心开二门”的架构能妥当地开出现象界并安排科学知识，不如说赖耶系统更具备这种容摄和会通的功能。
　　 《起信论》“一心开二门”架构在“开显”现象界问题上的这种无能，也可以如此加以说明：如果我们想妥当地稳住现象界，并确认科学知识不可替代的价值，即必须确认遍计执性“也有相当的谛性”（同上书，第261页）， 或者说必须确认“知心”的“执”具有不可否弃的价值。《起信论》云：“一切诸法唯依妄念而有差别，若离妄念，则无一切境界之相。是故一切法从本以来，离言说相，离名字相，离心缘相，毕竟平等，无有变异，不可破坏，唯是一心，故名真如。以一切言说假名无实，但随妄念，不可得故。”（《大正藏》，第32卷，第576 页）《起信论》的“妄念”相当于牟先生说的“识心之执”，《起信论》的理论由“妄念”不经任何中介一下子滑到离一切念的“一心”上，“妄念”对于“一心”在价值上没有丝毫独立性，“生灭门”对于“真如门”在价值上也没有丝毫的独立性。因此，以《起信论》“一心开二门”架构中的“生灭门”开出现象界并安排科学知识的可能性，应是十分微弱的。
　　 其三，牟先生在会通中西哲学的两部著作《智的直觉与中国哲学》及《现象与物自身》中一再地指出，康德关于“现象与物自身”的“超越的区分”之所以不能确立，根本的原因即在于康德囿于西方的思想文化传统，不承认在人身上可有“智的直觉”。由此比照，牟先生晚年之所以特别推重《起信论》“一心开二门”之架构，内中主因当是《起信论》在佛教思想系统中确认了如来藏自性清净心的存在。所以他说：“康德的问题，在于他虽强调人的实践理性，却未肯定人有智的直觉；他不承认人具有《大乘起信论》所肯定的如来藏自性清净心，或如王阳明所说的良知意义的心，甚至如陆象山根据孟子所说的‘本心’。正因为康德不承认人有真常心，所以他所说的‘自由’等理念只是个‘设准’，是无法具体呈现的。”（《中国哲学十九讲》，第282 页）康德哲学把“智的直觉”归给上帝，但他同时却超越地假定人有“自由意志”，并且认为自由意志是一种设准，是无法在人的直觉中具体呈现的。如此以来，康德就不仅把实践理性的重要活动——道德活动视为是他律的，而且还使得道德实践严重缺乏自足的动力，如此使得真正的道德却落空了。与此相反，《起信论》经由实践的途径发现人人本具如来藏自性清净心，犹如宋明儒家经由实践途径肯认了良知或本心的存有一样，“不论是良知或自性清净心都是个‘给予’，而且是可以当下呈现的，如此人才能成圣成佛。”（同上书，第287 页）牟先生此处对于佛家式的清净心和儒家式的良知、本心等等，似乎是一体平视的。
　　 不过，这其实是假象。在《现象与物自身》中，牟先生是由“道德的进路”来展露本体的。他说：“吾人只应由道德意识直接来显露道德实体，不必如康德那样通过一因果范畴来思考‘自由之理念’。”（《现象与物自身》，第62页）这种由“道德的进路”来展露本体，具体地说来，即是“先由吾人的道德意识显露一自由的无限心，由此说智的直觉。自由的无限心既是道德的实体，由此开道德界，又是形而上的实体，由此开存在界。我们由自由的无限心之开存在界成立一本体论的存有论，亦曰无执的存有论。”（《现象与物自身》序言，第6页）。 可见本体论的存有论或无执的存有论的开出，以“道德意识显露—自由的无限心”最为关键，佛家式清净心的设定性在此只是充当配角而已。
　　 不仅如此，《佛性与般若》且对《起信论》如来藏自性清净心说的不足有一定的批评。《起信论》提出众生内具之“心真如”有二种熏习之用，即“自体相熏习”及“用熏习”，按照《起信论》的理路，此说亦是为着解决众生修行实践中的内在动力问题。其叙“自体相熏习”之义如下：“自体相熏习者，从无始世来具无漏法，备有不思议业作境界之性，依此二义恒常熏习，以有力故，能令众生厌生死苦，乐求涅槃，自信己身有真如法，发心修行。”（《大正藏》第32 卷， 第578页）所谓“心真如”具备的这种“自体相熏习”， 实即承认如来藏自性清净心具有一种内在的影响力量，它在众生生命的内部随时跃动，默默地起作用，故而能引导生命走向净化与解脱。牟先生也承认，《起信论》之真如“自体相熏习”是一种“内在的动力”之学说，不过他批评说：“依如来藏自性清净心而说自发的愿与智以成‘始觉’，得解脱，这种向上超拔不甚是自明的，亦不见得有必然性，是故在佛家，说来说去，总重视外缘始能引导众生向那特殊方向走。是则不如儒家之由道德意识入有自明性与必然性。”（《佛性与般若》上，第466 页）《起信论》真常心系统既然终于不能避免“重视外缘”的局限，则由《起信论》“一心开二门”架构中“真如门”来开显本体界的工作，势必也是不甚理想的。