1993年5月，印顺在《狮子吼杂志》32卷5期发表《初期大乘与在家佛教》一文，表示不赞同“但求往生”、“只管打坐”的在家佛教。这个观点后来被认为是印顺对“现代禅”最早发出的不点名批评。同年9月，李元松的《我有明珠一颗》出版。书中批评台湾佛教的现状是“禅法衰颓”，指出造成这种状况的原因之一在于人们受到印顺思想的影响。在他看来，印顺在台湾佛教中影响巨大，由于印顺把禅宗看作不纯的佛教实际上贬低了禅的价值，所以影响到人们对禅采取排斥态度，于是导致“禅的式微”。

李元松的观点立刻引起印顺的回应。同年11月，印顺在《狮子吼杂志》第32卷11、12合期上发表《〈我有明珠一颗〉读后》一文，主要对“现代禅”提出如下批评：一是认为“现代禅”对印顺的作品（指《妙云集》）采取“否定又肯定，肯定又否定”的“随心所欲”反复无常的态度；二是认为“现代禅”注重自我解脱的修证，忽视上求菩提下化众生的发心与慈悲，这样的理论和实践背离了大乘菩萨道的精神，不够“菩萨僧团”的资格；三是讥讽“现代禅”对情欲的肯定；四是澄清所谓“禅的式微”与己无关。

1994年2月，“现代禅”教研部兼发言室负责人温金柯在《现代禅月刊》第42期发表《敬覆印顺法师〈我有明珠一颗读后〉》，对印顺的文章加以反驳，并为李元松的观点进行辩护。温文的要点包括：1）澄清李元松对印顺思想的态度并非“随心所欲”、“反复无常”，而是本来就对印顺的思想有取有舍；2）辨明“现代禅”与印顺对大乘菩萨道的理解差异，论证修行求证并不违反大乘佛教的精神；3）澄清“现代禅”对情欲的态度，证明肯定情欲并不违背佛教宗旨；4）为李元松的印顺观点影响台湾“禅的式微”说提供辩护；5）论证禅的修证与大乘般若并不矛盾。

以后，印顺的一些追随者又对“现代禅”有所批评，而“现代禅”也不时加以反驳。例如，李元松在2000年出版的《古仙人道》一书中，针对印顺追随者们对印顺修行水准的吹捧，指出印顺固然是杰出的学问僧，但在修证方面不足，至少还够不上“大修行人”的水准。

“现代禅”与印顺之间的争论过程大体如上。撇开双方在某些事实的判断和理解上的歧义不说，在涉及佛教理论和实践的问题上，双方的分歧主要集中在两个方面：一是关于修证的问题，二是关于情欲的问题。在这两个问题上，“现代禅”持肯定的态度，印顺持否定的立场。

关于修证的问题，在双方的争论中，主要表现为三个话题方式：一是大乘佛教菩萨道的根本精神是什么？二是《般若》、《阿含》、禅（或大乘、小乘、禅宗）三者是否平等一致？三是禅（或禅宗）是不是外道？

在第一个问题上，“现代禅强调解脱道与菩萨道的共通性，而印顺法师则强调其差异性”（温金柯语）。换句话说，“现代禅”认为大乘菩萨道的根本精神在于修证，印顺主张在于发心与慈悲。在李元松看来，佛法有两项根本任务，一个是“探讨世间真相”，另一个是利益众生和社会；二者的关系是“真相置于利益之前”，就是说对佛教真理的透彻了解和体验是最根本的，只有在此基础上才能更好地利益众生，所以说修证是第一义，慈悲则是第二义。反之，如果过分强调发心与慈悲，那就很容易导致佛教走向庸俗化和商业化。印顺认为大乘菩萨道的要领乃在于上求菩提、下化众生，即所谓发心与慈悲；“现代禅”既然自我标榜为“菩萨僧团”，那就不应急于修证，而应当注重发心与慈悲；可是“现代禅”把慈悲看作第二义，因此尽管他们认可大乘佛教的般若理论，实际上还是不符合大乘菩萨道的精神，而是沦落为追求自我解脱的小乘。

在第二个问题上，印顺认为原始佛教以后的各种佛教学说中只有大乘菩萨道才是正统，“现代禅”则主张大乘、小乘以及禅、净、密的一致。在印顺看来，大乘菩萨道同时兼备慈悲利他、不求急证、依凭自力等三个特征，最符合原始佛教的精神，所以是“雄健之佛教”；以此为标准衡量其他佛教学说，则小乘、唯识、《起信》（真常唯心）、禅宗等等都有缺陷，于义非了，至于净土和密教，“则无一可取”。在李元松看来，印顺之所以对禅、净、密提出这样的批评，是因为他只停留在理论的层面观察问题，而没有看到禅、净、密的“内在生命”，即这些实践形式中所蕴涵的涅槃体验；其实，《阿含》、《般若》和禅都是趣入涅槃的方便，就是说无论小乘、大乘、禅、净、密等等，它们的归趣是相同的，即涅槃体验，它们的差别只是达到涅槃的途径有所不同而已。温金柯也主张大乘菩萨道是以修证为根本归趣的，对修证的重视是佛法的通义，大乘小乘皆然；他还认为印顺用来判定大乘的标准不能成立，因为大乘也是以修证为宗要的，而且无论是大乘、小乘还是禅、净、密，其实都属于正统的佛教。

第三个问题实际上是上一个问题的继续。在这个问题上，印顺认为禅宗不是纯正的佛教，“现代禅”认为禅比《般若》更彻底。印顺对禅宗的评判主要可以归纳为两点：一是在理论上，禅宗以《楞伽》、《起信》等如来藏系经论为依据，可是如来藏系的真常唯心论违背了佛教特有的缘起无我论，而与佛教所反对的有我论相合，因此禅宗实际上属于后代佛教不断“梵化”的一流，或者说它是一种具有外道倾向的不纯正的佛教；二是在实践上，禅宗过于强调修证，急于追求解脱，这样就违背了“上求下化”的大乘菩萨道的精神，而退回到注重自我解脱的小乘佛教。李元松明确表示，印顺在《妙云集》里关于禅宗的评价是他最不以为然的。在他看来，禅宗引用如来藏系经典只是一种“化度方便”，类似的情况在佛陀时代也曾有过，禅宗并没有违背佛法的基本精神，所以不应因此而把禅宗当作梵我合一的外道；42就禅的修证经验来说，禅宗祖师的体验都是“涅槃的经验”，即“能所泯灭、主客对立瓦解，”这样的体验与佛陀、阿罗汉的的体验是相同的，而且在把大乘般若的精神贯彻到日常生活实践方面，“般若比阿含更有力，不过，禅又比般若更进一步。……般若的理趣，却是在禅的实践中才获得真正的发挥”。后来，李元松在接受台湾大学教授杨惠南的研究调查时进一步指出，“禅宗是般若中观思想的修行宗派”，其思想体现了深邃的般若境界；尽管禅宗的思想理论中除了般若中观思想之外也含有其他思想成分，但是般若中观思想是高层次的，而其他思想是低层次的，二者之间是含摄与被含摄的关系，也就是说后者服从于前者，因此不应因为禅宗思想中有一些不合般若中观的思想成分就把禅宗简单地归结为外道。

在关于情欲的问题上，印顺对“现代禅”肯定情欲的立场进行激烈的讥讽，甚至说“现代禅”的高层可能还有“从男女交合中去修行成就”的“现代密”。印顺的说法实际上表明了他对情欲的激烈排斥态度以及对“现代禅”的怒不可遏。针对印顺的攻击，温金柯指出“现代禅”的情欲宽容实际上只是对初学者的要求，对于“现代禅”的高层，李元松则要求他们“以禅悦为食”，而且肯定情欲本来也是符合世尊五戒十善的精神及大乘中道原则的。