1247年，萨迦班钦写信给卫藏、前藏和阿里等地各派首领，劝其凡“自动归顺（蒙古者），各地官员可由本部族人中委派。”蒙古人对归顺者各部族的百姓税赋和差役均可减轻。并说：“蒙古王之军队，多至不可胜数宇内当已悉附于彼。从彼者则祸福与共，非真诚归附，阳奉阴违者，则王不认其为臣属，且终必灭绝之。”[4] 吐蕃各派的首领见到劝降信后，皆表愿意归顺。从而萨迦班钦为吐蕃避免遭蒙古军洗劫之灾、并对蒙元王朝实现对吐蕃地方的大统一做出了重大贡献。　　 　　　　　　

蒙古族无文字，成吉思汗时曾一度使用维吾尔字头拼写的蒙文，但有诸多不便。为此，阔端曾受命萨迦班钦创制新蒙古字，但终未完成。其后阔端与萨迦班钦相继去世。1253年，忽必烈征鄂州后，班师返回途经六盘山时，邀请时年19岁的八思巴召见，送至平开供养。

1256年，吐蕃黑帽派高僧噶玛拔喜，应蒙哥汗诏，赴漠北帝都哈剌和林谒见蒙哥汗，赐其金边僧帽和金印。并命他“继续增补萨迦班钦所造之蒙古新字，但亦未使其完善。”但亦未能完成创制蒙古新字。

1260年忽必烈在开平（上都）即元朝开国皇帝大位，随即尊八思巴为国师，授其“灌顶国师”玉印。同年命八思巴返藏，继续研制蒙古字。1269年，八思巴研创蒙古字成功，前往大都（北京）觐见忽必烈帝。据《续藏史鉴》载：“字成上之，帝大悦，遂始赐僧人统国之权”。 封他为“帝师”，并受“大宝法王”印，将吐蕃地方和13万户藏民，封赏他统辖。从此，于“1270年，忽必烈将所称红帽系的喇嘛僧人扶上了西藏的宝座，获得蒙古人支持和保护的萨迦政权从此开始”[5] 　　 　　　　　　　　　　　　　　

1276年，八思巴再次返藏，执掌吐蕃法王兼治理吐蕃地区行政王，成为吐蕃最高宗教和政权首脑。从此确立了吐蕃政教合一的统治地位，并巩固了吐蕃地区为元朝大统一的隶辖版图。从八思巴受封“帝师”，至元朝灭亡，吐蕃（西藏）高僧受封蒙古皇帝“帝师”者，多达成15人以上。蒙古历代帝王尊奉喇嘛教，建立起“师尊与弟子”关系，成为其维护对蒙藏人民有效统治工具。并以此为纽带形成蒙藏文化、宗教的密切关系。　　 

西藏喇嘛教各派之间的斗争，在不同历史时期，占据的统治地位，是与中原王朝政治统治者对其的支持与否，具有密切关系。1368年，自朱明王朝建立后，仍沿袭元朝治理吐蕃的旧制，极力支持帕竹噶举派，从此噶举派政权在吐蕃历史舞台上，占居了统治地位。

1409年（明永乐七年），宗喀巴在拉萨创建格鲁派（黄教），主持祈愿大会，并兴建噶丹寺“以安众僧”，成为格鲁派的创始人。其后明成祖派钦差来藏迎请他赴京传法，因辞未去。当派遣其大弟子绛青曲结代表他前往北京，明成祖国即封他为“大慈法王”。其后明宣宗又封他为“国师”。此后他赴蒙古等地传扬黄教，“是黄教传布内地之始”。

1416年，宗喀巴的弟子嘉祥曲结尊师之命，在拉萨东郊建立哲蚌寺。1419年，降青曲结，在宗喀巴圆寂之年，又在拉萨北郊兴建色拉寺。同期，在西藏各大寺木刻印刷《宗喀巴大师文集》、《萨迦五祖文集》等著作和经卷[7]，广泛流通于蒙藏地区的各个寺院。这对喇嘛教格鲁派在蒙古地区发展和促进蒙、藏文化交流，起到了积极的作用。　　　　　　　　　　   　　　　　　 此后，喇嘛教的经典著作《大藏经》等，在蒙古各地寺院普遍收藏、翻译，成为蒙古喇嘛僧众诵读的必修课程。同时，佛教文化、哲学等，通过各寺院的喇嘛群体，成为向蒙古社会传播宗教知识、文化的重要途径。　　　　　　　　　　 　　　　　　　　　　   　　　　　　　　　　　　　　　　 

　　  二、俺答汗等与格鲁派首领的关系