1480年，成吉思汗十五世孙孛尔只斤•巴图蒙克被选立为北元的大汗，称达延汗（时称小王子）。在其妻满都海哈屯辅佐下，击败瓦剌部，统一了漠南蒙古诸部。并分封其诸子为左、右两翼，各领三万户领主。

1507年，达延汗之孙俺答汗（亦称阿勒坦汗）为控制蒙古右翼土默特部的万户首领。其势力强大后， 迫使左翼万户首领察哈尔部林丹汗迁往辽东边外。1550年（嘉靖二十九年），淹答汗率大军兵临北京城下，胁求明朝政府开宣府、大同等地马市。后又要求开延绥、宁夏、甘肃等近边马市1 1处。

1559年，俺答汗率兵进入青海。1566年，俺答汗与鄂尔多斯部库克台彻辰洪台吉率兵攻占西藏安多地区，并派遗代表与西藏佛教首领接触，“劝其归顺，共同供奉佛教；若不归顺，即以兵戎相见。”[8] 西藏宗教首领，协商后决定归顺蒙古。并派遗高僧勒尔根、阿斯多克•赛音班第和阿斯多克、瓦齐尔•托迈•桑噶斯巴三人随同库图克彻辰洪台吉来蒙古传教。从此，俺答汗与西藏格鲁派建立了联系。[9]　　　　  

1571年，俺答汗接受明朝封“顺义王”爵，同年，西藏高僧阿辛喇嘛来会见俺答汗，规劝他皈依佛教，敬奉三宝。其三宝者：“即佛、法、僧，信佛者不拜其他诸天；信圣法者不杀人害命；信僧者不信异教旁门。”并将喇嘛教的六字真经和教义，示于俺答汗、钟根哈敦为首的蒙古众人。又向俺答汗建议：“若如先圣鞠躬尽粹薛禅汗（忽必烈）、八思巴喇嘛二人一般，建立施行政治、宗教并行之制时，（如）西土我图伯特（吐蕃）孟克（指拉萨）地方。”[10] 俺答汗听了他讲解的喇嘛教的教义后，颇受其感化。从此，蒙古大汗与喇嘛教格鲁派建立了密切关系。

1577年（万历五年），西藏萨迦寺喇嘛索南嘉错（即三世达赖），应淹答汗邀请前往青海传法讲经。并在青海宗喀巴诞生地一座塔旁，命杜瓦曲结沙嘉错喇嘛兴建寺庙，取名藏贡札仓（即塔尔寺）。

1578年，淹答汗以年暮，厌兵，改尊奉喇嘛教，在青海湖东之察布齐勒雅地方兴建了仰华寺。又派遣“鄂尔多斯之彻辰洪台吉、土默特之达延诺延为首之三千人众，迎”请赖索南嘉错前来仰华寺供养[11]。1580年，索南嘉错应邀抵达仰华寺，俺答汗与其会晤，并“献币帛珠宝驼马无数算” 。索南嘉错向俺答汗宣讲佛教教义，劝其戒杀行善，废止蒙古贵族的夫死妻殉等恶习。“俺答感其化，令蒙人皆奉佛教，持戒诵经，月斋三日，禁止杀牲渔猎”。索南嘉错赠俺答汗以“咱克喇瓦尔第彻辰汗”（梵语意为：转金轮王）尊号；当即俺答汗回赠索南嘉错：“圣识一切瓦齐尔达喇赖达喇嘛”尊号[12]，自始“达赖喇嘛”之称号被确定。不久，俺答汗返归化城（今呼和浩特）兴建锡勒图召，供奉索南嘉错达赖喇嘛，并请他向蒙古民众传播佛法。

继淹答汗之后，蒙古各部封建领主，竟相效法引进喇嘛教，以巩固其政治统治地位。在蒙古首领带头尊奉佛教影响下，西藏喇嘛教在蒙古地方广为传播，达赖喇嘛之名亦遍及蒙古各地[13]。

1588年，索南嘉错（达赖喇嘛），应明神宗邀请赴北京讲经，同年二月二十六日，在赴京途中圆寂。

1589年正月初一日，三世达赖的化身，于土默特部台吉彻辰曲库尔（亦名苏弥尔，即淹答汗之子）之王妃巴堪珠拉“如白莲出污泥而不染，不染胎衣秽污脱胎而生。”灵童诞生时，“出现了许多令人惊异的征兆”。[14]

1602年，西藏三大寺尊照索南嘉错临终时的遗嘱，派遣代表前来内蒙古地方访寻在达赖的（化身）转世灵童，认定云丹嘉错为3世达赖转世灵童，迎请入藏。先于藏北热振寺举行坐床典礼，然后迎入哲蚌寺学经、受沙弥戒。1607年，云丹嘉错赴札什伦布寺，向四世班禅罗桑曲结求法，拜班禅为师。1616年，四世达赖云丹嘉错在哲蚌寺圆寂，时年28岁。

三、达颜汗与达赖喇嘛等的关系

1618年，藏巴汗丹迥旺布鲁成为红教首领，建立噶马王朝政权。藏巴汗掌握西藏政权后，对黄教（格鲁派）施行摧残迫害，并下令不许寻访五世达赖的转世灵童。自宗喀巴创建黄教（格鲁派）以来，在西藏、青海和西康等地发展180余年，不仅受到广大藏民崇敬，并得到蒙古王公的支持和拥护。1622年，格鲁派寻访到四世达赖喇嘛转世灵童罗桑嘉错，六岁时，在四世班禅罗桑曲错主持下（拜班禅为师），受沙弥戒、比丘戒。由拉萨三大寺僧众迎至哲蚌寺坐床供奉，为五世达赖喇嘛。

当时，四世班禅、五世达赖因不堪忍受藏巴汗的压制，离开拉萨，躲藏南山地区。“1641年，五世达赖密（驻青海）招屡立战功的固始汗（名丹增却吉嘉错）进入西藏”护教。

1642年，固始汗增却吉嘉错，应邀率蒙古军进藏，驱逐红帽派首领藏巴汗，占领日喀则，尽夺噶马政权。随即将藏巴汗等俘获处死，藏巴汗政权随之灭亡。固始汗“在夺得控制西藏大权后，出于政治上的原因，这位蒙古军事首领把最高的宗教权利让给与他合作的黄帽系的达赖喇嘛，这使得黄帽系，即格鲁派占有超过红帽系的优势”。又“在蒙古头领固始汗”支持下，时年，十九岁的五世达赖执掌了西藏的宗教大权[15]。