桑结嘉错等被杀，引起西藏各寺院的僧众不满，造成拉萨等地社会局面的动荡不宁。康熙帝即令将六世达赖仓央嘉错“诏执献京师”，当时拉藏汗即宣布奉旨将六世达赖已废黠。当清廷派遣钦差大臣郎寿抵达拉萨时，准噶部策妄阿拉布坦派遣的武装到拉萨后，即前来抢夺仓央嘉错。清廷恐仓央嘉错“有达赖喇嘛之名，众蒙皆服之．．．．．．若为策妄阿拉布坦迎去，则西域、蒙古皆向策妄阿拉布坦矣”[24]，更将引起西藏社会的动乱。

1706年五月，仓央嘉错交清军解押赴京的消息传出后，在拉萨各寺院中引起很大震动。哲蚌寺僧众当即拦路将仓央嘉错抢到寺内，嗣蒙古兵包围该寺三天，央嘉错自已走出寺院，接受被解押起程。据曾目睹此事经过的意大利传教士记载：在“解送京师的路途上，……接近中国边界理塘时，（解送）达赖喇嘛的蒙古卫队停下来，开始执行处死他们所保护之人的秘密使命。据说，达赖喇嘛在处死之前，请求近侍中的朋友们告慰西藏人民。说将在处死他的地方再生，他们应到这理来寻找新的转达世化身。”[25]

有关仓央嘉错之死，据《清圣祖实录》称：“康熙四十五年（1706）理藩院题，驻扎西宁喇嘛商南多尔济报称：拉藏汗送来假达赖喇嘛，行至西宁口外病故”。松巴堪布：《青海史》中亦说：六世达赖仓央嘉错解送赴京途中，“死于青海上部的衮噶诺尔湖。” 另外还有一说“仓央嘉错被解送北京后，又被清政府送往五台山软禁，直至死亡。”[26] 此外还有多种说法不一的传言。1707年，拉藏汗与第巴隆素商定，立巴噶曾巴•伊喜嘉错为六世达赖喇嘛，迎至布达拉宫坐床。并于1710年，报请清廷册封伊喜嘉错为六世达赖喇嘛。当请五世班禅主持，为伊希嘉错举行坐床典礼仪式。但是，拉藏汗拥立的六世达赖伊喜嘉错，在拉萨三大寺喇嘛皆不认同，青海和特部的蒙古台吉们等也不尊奉。　　  青海和硕特部固始汗另一裔孙罗卜藏丹津和固始汗第五子之孙察罕丹津，长期以来对拉藏汗继承汗位，控制西藏和达赖喇嘛，颇为不满。因此，极力反对拉藏汗擅自立伊喜嘉错为六世达赖喇嘛的举动。他们按照仓央嘉错的遗言，在西康理塘地方，中寻找到一名为：格桑嘉错男孩，认定他是仓央嘉错转世灵童。并秘奏清廷册封。康熙帝因拉藏汗已立伊喜嘉错为六世达赖，恐再立格桑嘉错，引起西藏社会更大的混乱。当令先将此灵童密藏青海红山寺供养，后又移住塔尔寺。直到拉藏汗被准噶尔人杀害后，清军进藏讨伐准噶尔部时，由皇十四子允 题奉旨承认格桑嘉错五世达赖的转世灵童（即六世达赖），并赐给金印、金册，护送他进藏在布达拉宫坐床。　　　　　　

清朝政府鉴于五世达赖喇嘛圆寂后，西藏发生拉藏汗与格鲁派上层僧侣之间的矛盾日益加剧。拉藏汗掌管西藏事务，独断专行所立六世达赖后，更造成西藏局势动荡不宁。为此，1713年，清廷正式册封五世班禅罗桑意希为“班禅额尔德尼”（班禅，意为大学者、大师，额尔德尼为满语，意为宝贝）尊号。这是继承了固始汗对西藏统治的策略，确立统治西藏的格鲁派领袖人物达赖与班禅具同等的宗教首领地位。以使其互相牵制，维护各自的法权统治地位。　　　　　　　　　　　　  　　　　　　

1716年，策旺阿拉布坦利用西藏格鲁派僧人为桑结嘉错报仇制造的骚乱之机，即派遣其部将台吉策零多敦布（才仁同柱）率精兵六千，（其中有来自拉萨色拉寺院的喇嘛为响导）穿过人烟稀少的藏西北空旷无人的阿里地带，绕经藏北纳木湖进入拉萨。在攻打拉藏前，“策零敦多布采用了阴险毒辣的谋略使拉藏汗失去警惕。1717年6月，策零敦多布以拉藏汗长子的名义给拉藏汗写信。信中请他到汗王夏宫所在地拉萨以北，达木与他见面。拉藏汗思念儿子心切，他带着少数卫队兵前去达木，他没有意识到策零敦多布的军队已设下了层层埋伏。”[27]当时拉藏汗的幼子风闻得知这一阴谋后，立即骑马疾驰赶去告诉他的父亲。拉藏汗得悉时，已与准噶尔军队遭遇，当即令其军队撤出。并派人向清廷报告，要求清廷支援。同时，邀请来五世班禅前来藏北，商洽与准噶尔军谈判事宜。

由于拉藏汗的指挥官与藏族士兵之间有矛盾，西藏格鲁派喇嘛亦不满拉藏汗的独断专行，杀死第巴桑结嘉错。而策零敦多布率领准噶尔的军队，与拉藏汗武装，双方在藏北当雄地区进行激战。同年12月，拉萨三大寺喇嘛发动大暴动，许多青壮年喇嘛参加准噶尔军队，为其做向导，策零敦多布军队攻占拉萨后，进入布达拉宫袭杀了拉藏汗，并虏其妻子。当时在拉萨的法国传教士德斯德利目睹了这一经过：（策零敦多布）“他的军队洗劫了这座城市，恣意劫掠，将拉萨各寺庙的圣物及珍宝劫掠一空。”并派遗“一支庞大护送队，护送从拉萨寺院窃来的大量珍宝”运往伊犁。而对拉藏汗拥立的六世达赖意希嘉错，在五世班禅的请求情下，未被杀害，将其软禁在药王山甲波里寺。[28]

当清政府得悉准噶尔人占领拉萨，并杀害了拉藏汗的消息后，康熙帝一面命西安将军额伦特率兵赴藏；一面遣侍卫色棱宣谕青海和硕特部蒙古兵配合清军进西藏，驱逐准噶尔军入侵。但额伦特考虑要从准噶尔人手中夺回西藏，“这就需要一支更强大、具有攻击性的军队，至少在准备进行大战之前，要有一年的准备时间。”但皇命不能抗拒，故先派遣一支规模较小的侦察队，在色棱指挥下先对进军拉萨的路线进行侦察。不幸这支军队深入到准噶尔军的驻地时，被包围在一处堡垒的废墟中。因既无粮草，又无援兵，“他们不得不以驮物的牲畜充饥，甚至吃掉同伴的尸首。一个月之后，这支四面楚歌的额伦特部队终于交械投降。”[29] 当即准噶尔军将这支七千余饥锇憔悴的清兵，驱赶到一处废墟中全部屠杀了。