尽管湛然引入了《大乘起信论》的思想，但这只是为了更好地把握性具理论，他把智顗未曾展开的当相当处思想张扬开来，形成了“当体实相论”，强调万法当体即实相。如此，进一步来说，在心性论上，湛然强调了“性具善恶”尤其是“佛性具恶”的思想。从而与当时的各大宗振包括禅宗划清了门界。
　　 元代天台宗人虎溪怀则在《天台传佛心印记》中指出：“今家性具之功，功在性恶”，把“性恶”说视为天台宗对佛教理论的独特贡献，确乎如此。根据性具的理论，一切宇宙事物和现象都是本来具足的，诸法实相相即不二，那么，诸法不离善恶染净，实相自然也具足善恶染净。智顗在他的著作中反复强调“无明即法性，法性即无明”。而其他宗派的大多是不赞同这种思想的。湛然非常推祟这种佛性论学说，把它视作理解圆教义理的关健：“如来不断性恶，阐提不断性善，点此一点，众滞自销。”（注：湛然：《止观辅行传弘诀》卷五之三，《大正藏》第46卷，第296页上。）
　　 湛然对于“性具恶”的强调，当然不是仅仅针对禅宗的，但与禅宗的佛性论形成了鲜明的对照。元代沙门怀则在《天台传佛心印记》中性恶具有的修行意义做了进一步的剖析，也许是因为后世禅宗盛行，怀则的这种剖析更多地以禅宗为矢的，把湛然的言外之意展开了：
　　 虽云烦恼即菩提，生死即涅槃，鼠唧鸟空，有言无旨，必须翻九界修恶，证佛界性善。以至直指人心、见性成佛、即心是佛等，乃指真心成佛，非指妄心。故有人云，修证即不无，染污即不得，此乃独立标清净法身，以为教外别传之宗。……又复不了性恶即佛性异名，烦恼心、生死色皆无佛性。烦恼心无佛性故，相宗谓定性二乘，极恶阐提不成佛；生死色无佛性故，彼性宗谓墙壁瓦砾不成佛，须破九界烦恼生死修恶，显佛界性善佛性。（注：怀则：《天台传佛心印记》，《大正藏》第46卷，第935页下。）
　　 在怀则看来，湛然的“无情有性”说和“性恶”说是驳斥他宗理论，尤其是禅宗思想的最有效武器。像禅宗北宗所主张的“拂尘看净”，不容许有本来具烦恼之存在，是表面工夫，无法真正得到解脱。他们“不了性恶即佛性异名”，只知真心成佛，不知妄心成佛。因此，他们虽然也说：“烦恼即菩提，生死即涅槃”，但是实际上只是“指真即真”，与说“菩提即菩提，涅槃即涅槃”并无两样。只有懂得“性具恶法”、“性恶即佛性异名”，才能真正明白烦恼菩提相即的含义。禅宗在实相论上也是认同“真如缘起”的，强调实相的纯净无染、纯善无恶，因而只讲“性起”，不讲“性具”。纵然讲“性具”，也是只讲“性具善”，不讲“性具恶”。因而不能真正地明白解脱之道，也就无法达到真正的解脱。
　　 2.用“无情有性”对斥“无情无性”
　　 湛然对天台中兴的巨大贡献之一就是把“无情有性”作为性具思想的逻辑推演张扬出来，成为天台学的一面旗帜。他关于“无情有性”的思想集中体现在《金刚錍》中，其他如《止观义例》、《十不二门》、《止观辅行传弘诀》等著述中也有论述。他在重视理具的同时，也重视“缘起”。他吸收了《大乘起信论》的思想，又落实于性的不变，心的随缘，发挥而至“无情有性”的思想。《金刚錍》中说：
　　 一者：示迷元从性变，二者：示性令其改迷，是故且云：无情有性，若分大小，则随缘不变之说，出自大教。……万法是真如，由不变故，真如是万法，由随缘故。……真如之体，何专于彼我，是则无有无波之水，未有不湿之波，在湿讵间于混澄，为波自分于清浊，虽有清有浊，而一性无殊。（注：湛然：《金刚錍》，《大正藏》第46卷，第782页中。）
　　 本来性因迷而变，如能明性即可改迷。真如与万法，不变与随缘，两者同是实相，故心、佛、众生三无差别。众生的理具，和诸佛的修成，就是实相理性之实现，和理具的现实状态之流露而已。
　　 3.湛然高举智顗倡导的教观并重、止观双修思想，对治禅宗“暗证”之“单轮只翼”。
　　 湛然主张教观不可偏废：一方面，人们应该“引教证观”；另一方面，应该“观与经合”。（注：《止观大意》，《大正藏》第46卷，第459页中。）即“凡修观者必依于教”，应“内顺观道，外扶教门，依而修行，必不空过。”（注：《止观大意》，《大正藏》第46卷，第461页下。）天台之教法与观法都是有经典根据的，天台“以《法华》为宗骨，以《大论》为指南，以《大经》为扶疏，以《大品》为观法，引诸经以增信，引诸论以助成。观心为经，诸法为纬，织成部帙，不与他同。”（注：《止观义例》卷上，《大正藏》第46卷，第453页上。）绝不是像禅宗那样置经籍于不顾，妄自“以心传心”。
　　 湛然批判禅宗不立文字、不重经教的做法是“暗证”、“但任胸臆”，犹如单轮只翼，失去了行者的次第证道，唯靠观法单传，是无法实现真正的解脱的。而台家的教观，如鸟之双翼，车之双轮。天台宗以“醍醐最上”之“《法华》为宗骨”，对于不同根基的人提供了圆融的次第法门，又归入一乘圆教，是最具圆义的，因而为众生开示悟入佛之知见计，应大大张扬。湛然在《止观义例》中指出，《法华》显示了开示悟入的宗旨，引导人们取得佛之知见，证得实相，因而“始末皆依《法华》”（注：《止观义例》卷上，〈大正藏〉第46卷，第447页中。）；但是，正行同时又必须以《涅槃》为扶助。在湛然看来，佛陀在世时，尚且要以《涅槃》教化众生，末代钝根，若无《涅槃》之扶助，会导致“正行倾覆”。如来说教，是针对不同根基的人而言的，有主有辅，两者相辅相成“方能远运”（注：《止观义例》卷上，《大正藏》第46卷，第447页中。）。
　　 后来湛然之俗家弟子梁肃在《天台止观统例》中多以各类禅僧为抨击对象，反对他们“自立为祖，继祖为家，反经非圣”（注：梁肃：《天台止观统例》，《佛祖统纪》卷49，《大正藏》第49卷，第439页下。），严重违背佛教宗旨。《天台法门议》（即梁肃《智者大师传论》）中，再次指责“启禅观者或以无佛、无法，何罪、何善之化化之”（注：梁肃：《智者大师传论》，《佛祖统纪》卷四九，《大正藏》第四十九卷。），缺乏对佛教的正信。而天台之教，与禅宗之“教外别传，不立文字”有别，主张即文字达观、守语默还源，“即身心而指定慧，即言说而诠解脱”。（注：梁肃：《天台禅林寺碑》，《佛祖统记》卷四九，《大正藏》第四十九卷。）这应是与梁肃时期禅宗尤其是南宗禅更为繁盛有很大关系。