“眼色耳音声，鼻香舌咸醋。然于一一法，依根叶分布。”人们认识外物，眼根所对为色尘，耳根所对为声尘音声，鼻根所对为香尘，舌根所对为味尘 咸醋，身根所对为触尘，意根所对为法尘。六根执着于六尘。如果洞知五蕴本空，六尘非有，则佛道自成。站在权宜方便的角度上看，有四大、六根之分；站在根本的立场上看，世间纭纭万法都是由真如之根所派生出的枝叶。
　　“本末须归宗，尊卑用其语。”明确了体用关系之后，就可以灵活地运用禅机了。“本”就是心性，性理；“末”就是万物，事相。在运用机锋之前，首先要把所涉及的理、事的内涵、性质辨析得准确清晰，然后要分清二者在这段机语中的主从、轻重关系。
　　“当明中有暗，勿以明相遇。”这里的“明”、“暗”，有两层含义：其一，事相显豁为“明”，性理深奥为“暗”。当学人悟道处在用中有体时，作为师父不能单纯地从用的角度去接引他；“当暗中有明，勿以暗相睹。”当学人悟道处在体中有用时，作为师父也不能单纯地从体的角度去接引他。其二，明白的语言称为“明”，含蓄的语言称为“暗”。“当明中有暗，勿以明相遇”是说对明白显豁的道理，不要以明对明，流于浅薄；“当暗中有明，勿以暗相睹”是说深奥的道理，应当注意语言的通俗易懂，不要以暗对暗，流入晦涩。“明暗各相对，譬如前后步。”理与事、明与暗各自相对待而又统一于真如之体，如同人在行走时两足有先有后，不可偏废。
　　“万物自有功，当言用及处。”世间万法各有其功用，学人当明其“用”与所用之场合。世间万法纷然，既不能妄立一法，也不能妄废一法。
　　“事存函盖合，理应箭锋拄。”事存在于理体中，如同函盖一样的密合，有事就有理；理如同一竿接一竿疾飞而来的箭，没有一件事不被它所贯串！理遍在万物，好比箭穿靶心，一以贯之。“承言须会宗，勿自立规矩。”石头告诫弟子，以后各自开山立派时，切不要失却本宗，秉承祖师言教，必须理会其宗风，不得自立规矩以坏祖师家法。
　　“触目不见道，运足焉知路。进步非远近，迷隔山河固。谨白参玄人，光阴莫虚度。”从理事圆融、“回互不回互”的立场出发，一切皆是真如理体的变现。因此大修行人彻悟第一义时，就会触目皆是菩提，就能进步悟道，就能顿悟真如；如果执迷于事理之别，不明“回互不回互”之理，则与道相隔，就像山河阻隔的坚固了。大道无南北、内外、心物、理事、顿渐之别，因此要抓紧有限的光阴努力修行，以免枉坐竹榻蒲团，虚度时日。
　　根据《参同契》的思想，理存在于一切事物之中，一切事物又在理的统摄下各各呈现出差别。因此在把握事物的本体时，不能昧失其现象界的差别；在认识现象界的差别时，又不能昧失渗透于一切现象界中的“理”。不明白“不回互” 的道理，就会混淆事理；不明白“回互”的道理，就会孤立片面。事事圆融，回互而又不回互，这才是完整的体用关系和理事关系，是真正的“石头路滑”之处。只有明白了事理之间相互依存又相互区别的道理，才能作到理事会通，圆融无碍。这成为曹洞宗正偏回互说的理论基石。
　　曹洞宗禅学思想的另一重要理论依据是《宝镜三昧》。洞山良价在云岩昙晟处亲印宝镜三昧，并把它传授给曹山本寂。《宝镜三昧》文辞简练，却奥义无穷，将洞山一脉的修持精华，悉数包容其中：
　　如是之法，佛祖密付。汝今得之，善宜保护。银碗盛雪，明月藏鹭。类之弗齐，混则知处。意不在言，来机亦赴。动成窠臼，差落顾伫。背触皆非，如大火聚。但形文彩，即属染污。夜半正明，天晓不露。为物作则，用拔诸苦。虽非有为，不是无语。如临宝镜，形影相睹。汝不是渠，渠正是汝。如世婴儿，五相完具。不来不去，不起不住。婆婆和和，有句无句。终不得物，语未正故。重离六爻，偏正回互。叠而为三，变尽成五。如荎草味，如金刚杵。正中妙挟，敲唱双举。通宗通途，挟带挟路。错然则吉，不可犯忤。天真而妙，不属迷悟。因缘时节，寂然昭著。细入无间，大绝方所。毫忽之差，不应律吕。今有顿渐，缘立宗趣。宗趣分矣，即是规矩。宗通极趣，真常流注。外寂中摇，系驹伏鼠。先圣悲之，为法檀度。随其颠倒，以缁为素。颠倒想灭，肯心自许。要合古辙，请观前古。佛道垂成，十劫观树。如虎之缺，如马之馵。以有下劣，宝几珍御。以有惊异，狸奴白牯。羿以巧力，射中百步。箭锋相值，巧力何预？木人方歌，石人起舞。非情识到，宁容思虑。臣奉于君，子顺于父。不顺非孝，不奉非辅。潜行密用，如愚如鲁。但能相续，名主中主。《传灯》卷30希迁《参同契》
　　《参同契》已标“回互”之说，《宝镜三昧》则倡“明暗交参”之义：“夜半正明，天晓不露。”夜半正明，是暗中有明；天晓不露，是明中有暗。所谓 “明”，指形形色色的大千世界，色界；所谓“暗”，指无形无迹无色声香味的本体界，即空界。明暗交参，谓本体界与现象界交互参合在一起，色即是空，空即是色。由明暗交参的观念，同样发展出“正偏回互”之说。《宝镜三昧》喻之为：“银碗盛雪，明月藏鹭。类之弗齐，混则知处。”“混”即平等，“处”即差别。银碗里面盛着白雪，明月之中潜藏白鹭。现象界包容在本体里面，不可分割。但是，本体与现象又不相同，前者是正是主，后者是偏是末。因此，必须 “臣奉于君，子顺于父。不顺非孝，不奉非辅”。曹洞宗的正偏回互、五位功勋皆滥觞于此。《宝镜三昧》以形影喻体用，“如临宝镜，形影相睹。汝不是渠，渠正是汝”，对洞山的开悟也有间接的启发：
　　师临行又问云岩：“和尚百年后，忽有人问：‘还邈得师真否’，如何只对？” 岩曰：“但向伊道：‘只这是！’”师良久，岩曰：“价阇黎承当个事，大须审细。”后因过水睹影，大悟前旨。因有偈曰：“切忌从他觅，迢迢与我疏。我今独自往，处处得逢渠。渠今正是我，我今不是渠。应须与么会，方始契如如。” 《洞山悟本录》
　　洞山过水睹影，深切地感悟到了云岩悉心传授给他的体用、理事的奥秘，因而得以彻悟。此外，《宝镜三昧》提出了“背触皆非，如大火聚。但形文彩，即属染污”的不触犯原则，指出对本体肯定否定都不行，般若如同烈火，近傍不得。只要形于语言文字，就是染污了它。《宝镜三昧》还描摹出“木人方歌，石人起舞。非情识到，宁容思虑”迥超知性理解的禅定直觉境，这对曹洞宗遵守不触犯原则、大量运用禅定直觉意象，亦有滥觞之功。