在教相判释上，法藏主判五教十宗。五教谓小乘教、大乘始教、大乘终教、一乘顿教、一乘圆教。五教以所诠佛法义理之浅深为别，而十宗则以所言佛理之旨趣为分：一我法俱有宗，二法有我无宗，三法无去来宗，四现通假实宗，五俗妄真实宗，六诸法但名宗，七一切皆空宗，八真德不空宗，九相想俱绝宗，十圆明具德宗。其中前六宗属小乘教，七一切皆空宗当大乘始教，八真德不空宗当终教，九相想俱绝宗为顿教，十圆明具德宗为圆教，特以《华严经》及以该经为宗旨的华严宗属之。在法藏的五教判释中，可以看出天台宗之教判的显著影响，澄观亦以为法藏所立五教，“大同天台，但加顿教”而已，“此之五教，模拓天台，初即藏教，二即通教，三即别教，第五名同”⑥，即明言五教实即以天台宗的“化法”四教（藏、通、别、圆）另加“化仪四教”中的顿教而构成，仅稍变其名目而已。然在台宗的八教判释中，藏、通、别、圆属于“化法”，是就佛说法的内容而言的；渐、顿、秘密、不定则属“化仪”，是就说法之形式而言的；故八教之区分在理论上遂可自圆其说，至少不存在区分标准不一致的问题。由于法藏未曾区分化仪与化法，因此当他将顿教归入佛法之义理范畴而构成五教的时候，实际上就已经存在着区分标准不一致的问题，因为“顿”是开悟佛法的方法，将它归入“以义分教”之类而与小、始、终、圆相并列，并不十分恰当。法藏晚年曾为新译《八十华严》作疏，著《新译华严经略疏》，但只写到第十九卷即去世，其弟子慧苑继承师业，作《续华严经略疏刊定记》十五卷，然其论说与法藏原意多有相违。尤其在教判上，更不取法藏之说，而另判四教：“一迷真异执教，当凡夫；二真一分半教，当二乘；三真一分满教，当初心菩萨；四真具满教，当识如来藏者也。”⑦又法藏继承了二祖智俨的“古十玄”而倡导“新十玄”，以阐明法界缘起为之重重无碍，性相圆融，而慧苑又析十玄缘起为“德相十玄”、“业用十玄”两重。故慧苑虽号为法藏之“上首门人”，而其说则实际上与法藏宗旨不合，在华严宗内部造成了理论混乱。澄观在《华严经疏钞悬谈》中破斥之，以为“《刊定记》主，师承在兹，虽入先生（指法藏）之门，不晓亡羊之路；徒过善友之舍，犹迷衣内之珠。故大义屡乘，微言将隐。破五教而立四教，杂以邪宗；使权实不分，渐顿安辨？析十玄之妙旨，分成两重，徒益繁多，别无异辙。使德相而无相入相作，即用之体不成；德相不通染门，交辙之旨宁就？出玄门之所以，但就如明；却令相、用二门，无由成异；以缘起相由之玄旨，同理性融通之一门。遂令法界大缘起之法门，一多交辙而微隐。如斯等类，其途实繁。”⑧澄观既力辟慧苑之说，视之为“犹毒蛇螫手，不得不斩；毒树生庭，不得不伐”，故疾言斥责，无少假借，而仍坚持法藏之五教判释。其《华严经疏序》尝专就法藏所以立顿教的问题进行了讨论，以为"天台所以不立者，以四教中皆有一绝言故。今乃开者，顿显绝言，别为一类，离念机故。即顺禅宗。“更于演义中释之云：”天台四教皆有绝言，四教分之，故不立顿。贤首意云：“天台四教绝言，并令亡诠会旨。今欲顿诠言绝之理，别为一类之机，不由此门，逗机不足。即顺禅宗者，达摩以心传心，正是斯教。若不指一言，以直说即心是佛，心要何由可传？故寄无言之言，直诠言绝之理，教亦明矣。故南北宗禅不出顿教也。”⑨据澄观的阐释，天台四教中之所以不立顿教，是因当时禅宗尚未兴盛，且四教中皆有一绝言，顿教实已然包含其中。而法藏之明确开立顿教，即以顿诠言绝之理；若不立顿，则其所以言绝之理不显，即心是佛之旨未彰，而已然盛行于时的禅宗便亦不能为其教判所囊括；而顿教既立，则达摩心要可得以传，南北宗禅可为共摄，阐明一位即一切位、一切位即一位的华严宗，尤得以充分显示其圆融具德之圆教特征。澄观以为法藏之所以判入顿教，乃是随顺了当时已经盛行的禅宗，这一解释恐怕不见得就合乎法藏原意，恐怕亦不见得能为禅宗所接受，因为禅宗原是以“教外别传”自为标榜的。但澄观的论辨，却维护了法藏在其宗派中的正统地位，结束了该宗内部的理论分歧，强化了其自身的凝聚力。正是因为有澄观的严厉批评，慧苑之说终被斥为异端而不为华严宗人所接受，也正因为有澄观对其宗旨的阐明，华严宗才获得了其自身发展的重要前提。另一方面，澄观将“教外别传”的禅宗引入教法，以为“顿诠此理”，故顿是能诠，“夫能诠教皆从所诠以立，若诠三乘则是渐教，若诠事事无碍即是圆教，岂以所诠是理，不许能诠为教耶！”⑩既必以顿为教，则南北宗禅即无越于教，故其论说实际上在宗主华严的同时又融会了禅学，从而成为禅教合一之说的最早提倡。这一思想经过其弟子圭峰大师宗密(780-841)的进一步发展，对此后中国佛学乃至思想史的一般发展，均产生极其深远的影响。
　　 第二，吸取了天台宗的性具实相说而对法藏学说进行了某种理论修正，提倡“如来不断性恶”之说，这既增强了其宗派对于信徒的召感力，有利于其影响的扩大，又在理论上弭合了某种罅漏而使之臻于完善，从而使华严守的性起教义获得了进一步丰富与发展。
　　 华严宗讲法界缘起，以性相圆融，理事无碍为其根本义。而法界缘起的最后归结，则是本具自性而不待因缘的真如法性，世间出世间一切诸法均由此真如法性或一真法性所生起，故又称性起缘起。法藏继承智俨之说，开立十种玄门，以阐明一切诸法皆被此含摄，重重无尽而又相互溶融的复杂联系，然此重重无尽之法相均为一真法性的自我展开，故唯法性之体为有力能持，无待他缘而自性具足，是为“自性清净圆明体”。此体“即是如来藏中法性之体，从本已来，性自满足，处染不垢，修治不挣，故云自性清净。性体遍照，无幽不烛，故曰圆明。”(11)既以性体为“自性清净圆明体”，则法性即是纯善而不杂于恶，佛境唯是净心，性起亦唯局限于净法的范围。澄观在祖述法藏此说的同时又对其进行了重要的理论修正。在他看来，若性起仅局限于净法，实际上即限制了一真法性之展开的普遍性，而真妄交彻、理事无碍之旨便有可能不被完全贯彻到底。因此，他又吸取了天台宗的性具实相说，认为性起通于净染，佛性亦有染恶。在天台宗的性具义中有“一念三千”之说，善恶净染无所不具于一心，故佛性非必清净而或有染恶乃为其应有之义。澄观既取其说，遂亦主“如来不断性恶”之论。其《华严经疏序》有云：“真妄交彻，即凡心而见佛心；事理双修，依本智而求佛智。”又于疏钞中详为之释，云：“真，谓理也，佛也。妄，谓惑也，生也。亦生死涅槃。言交彻者，谓真该妄未，妄彻真源，故云交彻。如波与湿，无有不湿之波，无有离波之湿，亦合言即圣心而见凡心，如湿中见波，故如来不断性恶，又佛心中有众生等。若依此义，合云真妄交彻，凡圣互收。”“然其真妄所以交彻者，不离一心故。妄揽真成，无别妄故；真随妄显，无别真故；真妄名异，无二体故；真外有妄，理不遍故；妄外有真，事无依故。然或说妄空真有，或说妄有真空，俱空俱有，双非两是，虽有多端，并皆交彻。”(12)可见“如来不断性恶”乃以理事圆融，真妄交彻为其立论的根本依据。在他看来，理必须具有绝对的普遍性，一切法皆依真如法性而起，而舍一切法亦无从求真，故妄外无真，妄彻真源；真如既遍于一切法，则真外无妄，真该妄末。故真妄互依，两相交彻。而真妄之起及真妄之交彻的会归之所，皆在一心，故唯一心才是成就一切法之大缘起的最后本质。然真妄二法既同以一心为体，则随心而起之法即显然并不局限于净法，而必通于染，是故“如来不断性恶”之论乃得以成立。依澄观之说，一心法性实际上不仅为“真源”，且亦为“妄源”，故就缘起而言，即凡心而见圣心，悟心成佛，为成净缘起；迷圣心而见凡心，迷作众生，为成染缘起；然缘起虽有净染，心体却略无殊异。因此，佛与众生亦相互交彻，两者并无本质上的差别，“特由迷悟不同，遂有众生及佛。迷真起妄，假号众生；体妄即真，故称为佛。”(13)妄彻真源，真妄交彻，同时亦为澄观顿悟说之重要的理论前提。正以真该妄末，故“凡厥生灵，皆含佛智，“一切众生，皆“性含智海，识洞真空”，然其所以为众生者，仅以其迷本而逐末，不能洞识其真性故。而若能“知心合体，达本亡情”，悟其智性乃本来俱足，即使“少作功力”，犹得“疾至菩提”(14)。故云“迷现量则惑苦纷然，悟真性则空明廓彻，虽即心即佛，唯证者方知(15)。”澄观对于华严宗之性起说的修正与发展，在理论上是融会了天台宗性具实相说的结果，同时亦是融会禅宗即心是佛、顿悟成佛之说的结果，其中尤为确切地体现了其统一禅教之努力。但此同时，他仍然坚持了华严宗之学说的鲜明个性，譬如在佛性问题上，他虽主张“如来不断性恶”，但既未由此而否定佛地的绝对神圣，亦未象天台宗那样将佛性推广至无限以至认为无情亦有佛性，而仍然主张有情有性，无情无性；这一观点亦曾受到天台宗九祖湛然大师(711-782)的激烈非难。就理论的实际效果而言，澄观“如来不断性恶”与“众生皆含佛智”之说，提倡生佛交彻，填平了凡圣之间的沟壑，使佛地成为平易，从而扩大了其宗派之影响力与召感力；另一方面，他将佛性归于有情众生，亦即在有情与无情之间作出了本质界定，实际上乃是强化了主体意识，从而克服了象天台宗那样由于佛性之极度泛化而带来的某种弊病。