然而，憨山并不是一个纯粹的禅者，为了避免重蹈狂禅的“执理迷事”，走向虚无主义，憨山并不否认西方净土作为修行归向的存在。他在描述西方净土时说：“以此国中，但受诸乐，故名极乐。以彼佛国绝无秽污，故名净土。无有女人，莲花化生，故无生苦。寿命无极，故无老死苦。……以彼国土，七宝庄严，故无瓦砾荆棘便利不净。种种清净，全不同此世界。”（注：卷十，《答山东德王问》。）憨山认为《阿弥陀经》所说的极乐世界是实实在在的事实，但这样的极乐世界并非外在于主体的实有，仍是人心想的结果，求生彼国更无他法，乃是“一念往生”。憨山以山野少年作喻。他说，譬如一个少年听《华严经》，当听到五台山万年冰雪，便想到五台山去住。一旦有此想法，少年日思夜想，久而久之，便会觉得自己眼前有座雪山，行住坐卧皆在此山中，即便是身过闹市，也只觉得是在山中行走。念佛往生也是如此。以念佛观想净土境界，久之，则日常行往坐卧便在净土之中，耳听的只是念佛的声音。这样坚持念下去，临终时，一切世间杂念都不现，唯有一念阿弥陀佛，目前便现净土境界或莲花，阿弥陀佛与诸佛接引，当下便登极乐之地。憨山所谓心想净土乃是一种心理幻觉。憨山自己有时也以梦与觉来喻净土与秽土。他说：“如人想淫梦有欲事。然欲事虽假，在梦不无即以为真。若人白日专想净土，则夜梦化台宝地，极乐境界受用自在。”（注：卷十八，《答袁沧孺使君》。）并未有所谓十万亿国的远近之分，净土是“想澄成国土”。（注：卷十八，《答袁沧孺使君》。）往生西方实乃是“生则决定生，去则实不去”（注：卷十八，《答袁沧孺使君》。）。
　　 其二，“净土一门，无论悟与不悟，但修必得者，皆由自心”（注：卷二十，《净土指归序》。）。憨山将净土修行之人分为四种根基。第一种人是上上根人，如禅宗诸祖等，修的是自性弥陀，没有不归向净土的。第二种中下之士，这些人修持净戒、专心注念，临终必得往生。尽管往生有去来之相，但所谓弥陀相好，宝树华台实由自心的感现，如梦一般非从外来。第三种人，即愚夫愚妇，这些人一方面自己修十善、持五戒，专心念佛；另一方面佛力加持，“愿与念接，自心与佛，默默相应，虽净土之境未现，而往生之功已成”。“实由自心冥感之力，亦非外也”。（注：卷二十，《净土指归序》。）第四种人，是十恶之辈。这些人临终已将坠地狱，但就在将坠的刹那间，为苦逼极，脱苦心切，极苦之心而成念力，佛力加持，念与佛相应。刀山便化为宝树，火锅化为莲池。此种净土之境也是由“自心全体转变之功，实非外得。”（注：卷二十，《净土指归序》。）无论根基厚浅，往生净土实由心起，故憨山断言：“三界万法，未有一法不从心生；净秽之境，未有一境不从心现。所以净土一门，无论悟与不悟，上智下愚之士，但修必得者，皆由自心，斯则唯心净土之旨”。（注：卷二十，《净土指归序》。）
　　 上述四种人，前两种人慧根深厚，靠自力可以往生，但后两种人由于慧根浅，必须靠“他力”加持。为了避免误认为佛力外在于心体，憨山引入般若空观理论，认为佛体如空，自心空净，心与佛本体一如，故能冥一。愚人唯假一念愿力，自心的佛与自心的空净合一，净土之境顿现。可见，佛力与自力都是自心的产物。
　　 憨山极力主张净土的唯心之旨，而罕言西方净土的实有。一方面固然是坚守禅者心佛不二的唯心观念；另一方面，面对晚明十分盛行的念佛往生的净土信仰，憨山始终保持着清醒的头脑，一再强调修行解脱中主体自力的主导作用，以避免空口念佛造成另一极端，坚持智慧体语，超越现实痛苦的不可或缺性。
　　 晚明佛教丛林的“唯心净土，自性弥陀”思想，十分流行，其理据即是《维摩诘经》的“随其心净，则佛土净”以及《华严经》的“应观法界性，一切唯心造”。认为只要明白自己原有的清净心是本具的佛性，心土不二，心佛不二，则往生净土实是生自己心中的净土；得见弥陀是见自性本具的弥陀，所以往生等于无生。早在永明延寿时，他就从二谛圆融的角度指出，禅徒之误以为没有西方净土是存有取舍之念，未能无执。他说：“愚者为所缚，闻生即作生解，闻无生即作无生解，不知生即无生。……佛法不离二，从真统俗，无俗不真，从俗统真，万法宛尔。”（注：《万善同归集》，《大藏经》诸宗部五，第四十八册。）莲池在《净土不可言无》一文中也从心境不二的本体论立论斥责西方无生论者是“执心斥境”：“即心即境，终无心外之境；即境即心，亦无境外之心。即境全是心，何须定执心而斥境；拨境言心，未为达也。”（注：《竹窗随笔二》，《云栖法汇》。）莲池虽然在本体体悟的高度化解了往生与无生的阻隔，但究其分析理路，未能明了。而在憨山，观想成了西方极乐妙有的心理基础。憨山是从心理分析着手以梦与幻的心理活动阐释往生。当憨山言生即无生，去即不去时，就同袾宏依据心性论基础上本体与现象相互观照的心境不二区别开来，在一定程度上满足了逻辑与分析的需求。但心体无念、性体无生的根本仍是禅宗真常心性和般若性空相结合的义理思想。同时，神秀北宗禅“观心看净”修行立场所主张的净心念佛、念佛净心的渐修顿悟对德清的影响也十分明显。
　　 如何通达净土？憨山提出以念佛观想为正行，以持戒、发愿、布施、修诸福田功德为助因，“如是修行，若不往生，则佛坠妄语矣”。（注：卷九，《示修净土法门》。）
　　 所谓念佛，就是“先切断外缘，单提一念，以一句阿弥陀佛以为命根，念念不忘，心心不断。……若念至一心不乱，则临命终时，净土境界现前，当然不被生死拘留，则阿弥陀佛放光接引。”（注：卷九，《示修净土法门》。）憨山的念佛法门即是禅观，故而他主张念佛加上观想，最称稳当。
　　 憨山于持名、观像、观想、实相四种念佛法门中取称名与观想，以观想念佛与持名念佛相互依托。憨山认为，在持名念佛的同时，于十六观中随取一观，时时默想，想自己眼前一大莲花，状如车轮，华状分明；想自己坐于莲花之中；想佛放光来照自身。如此日思梦想，日久天长，临终时即有观音、势至、阿弥陀佛接引。“观想”即是通过心理作用，以想作境，境随念起，如此长久，念与境不二。
　　 就净业修持的诸助因来说，憨山尤其重视“持戒”在念佛往生中的重要辅助功能。他说：“经云若净佛土，当净自心。唯今修行净业，必以净心为本。要净自心，第一先要戒根清净”。（注：卷九，《示修净土法门》。）具体来说，就是要戒除身三、口四、意三十恶业，做到不杀、不盗、不淫、不妄言、不绮语、不两舌、不贪嗔。如此三业冰青，戒根清净，然后发愿念佛，方是正道。