根本分裂之后，随着教义、学说和戒律上的日渐分歧，经过一段时间，大约是佛涅盘一百年到二百年之间，二部逐渐形成十八部派。二百年到三百年的时候，就已扩大到二十部派了。
这些部派中，由大众部分出的有：一说部、说出世部、鸡胤部、多闻部、说假部、制多山部、西山住部、北山住部等八部。由上座部分出的有：说一切有部、雪山部、犊子部、法上部、贤胄部、正量部、密林山部、化地部、法藏部、饮光部、经量部、说转部等十二部。
部派佛教的分裂实际不只二十部，《三论玄义》说：“言诸部异执者，或二部，或五部，或十八部，或二十部，或五百部。”部派之间的诤论，对义理的不同诠释，为往后大、小乘部派佛教的形成，种下了根苗。而相较于根本分裂，历史上把这些陆续的分张，叫做“枝末分裂”。
(一)经典结集与部派佛教
1.第一次结集--经律传诵 《佛遗教经》中叙述佛陀在入灭前的最后说法：“汝等比丘！于我灭后，当尊重珍敬波罗提木叉，如闇遇明，贫人得宝，当知此则是汝大师。”佛陀涅盘后，正当僧团大众沉痛哀悼时，有一位愚痴的比丘跋难陀却高兴地说：“你们何必伤心呢？佛陀在世时，整天说我们这不对，那不好的，现在他死了，我们可以自由了！”大迦叶尊者惊愕之余，认为当务之急，应该把佛陀一生的教法结集起来。
根据《部执论疏》记载，佛陀入灭后，大迦叶尊者召集五百位阿罗汉在七叶窟举行的第一次结集，是由阿难尊者诵出五《阿含》为《经藏》；由优波离尊者历时九旬，升座八十次而诵出《毘奈耶》为《律藏》。经大众印证、认可后，成为最初的根本《律藏》，全名《八十诵律大毘尼藏》。唯当时的结集只有口诵、心记，并没有付诸文字，故此部《律藏》今已失佚。
佛陀的说法、制戒，是因应利、钝不同的根机而有所差异。佛陀住世期间，弟子们已经对各种问题产生不同的看法。所不同者，当时有佛陀的“圣言量”可资依据。七叶窟的结集，迦叶尊者与婆师波尊者也因为对戒律有着不同的意见，而有所谓“窟内结集”与“窟外结集”的说法。这些纷歧，为往后部派的分化埋下种子。
2.第二次结集--根本分裂第二次结集大约是在佛陀入灭一百年后举行，共有七百位高德比丘参加，所以称“七百结集”。因为结集的地点在毘舍离城，又称“毘舍离结集”。
分裂的症结，南北传佛教的说法不一。根据南传佛教的说法，是因为僧众对于戒律产生严重的争执，而致引发分歧。
印度东部的跋耆族比丘，首先提出与原始教团相违的十条新戒律，受到东部僧团的普遍遵行。当时有印度西部波利族的长老耶舍，游化到东方毘舍离城，对于跋耆族比丘乞受金银的情况感到震惊，认为此举不合戒律，立即邀请西方的长老比丘来到毘舍离城结集，宣布包含乞受金银在内的“十事”非法，参加的长老比丘共有七百人。这次的结集，并没有受到跋耆族比丘僧团的认同，他们另外大规模召集一万名比丘僧伽进行结集传诵大会，以示反对，因此导致佛教教团第一次的分裂。此后，波利族长老一派，称作“上座部”；跋耆族一派人众较多，名为“大众部”。
上座部所遵循的戒律是钜细靡遗的《四分律》、《十诵律》，大众部则依据精要简略的《摩诃僧只律》及《梵网经》为准。关于“十事”，按南传佛教的《大史》、《岛史》所记，大致如下：
?角盐净：可用角器蓄盐，以备随时食用。
二指净：中午日影偏西二指的时候，仍可就食。
他聚落净：饭后可到其它聚落再食。
住处净：同一个界内居住的比丘，可分开举行布萨仪式。
赞同净：可由僧团一部分比丘作成决议，再征求其它比丘的同意。
所习净：按惯例行事不算违犯戒律。
不搅摇净：允许喝未经搅拌去脂的牛乳。
饮阇楼伽净：可以喝未发酵或半发酵的椰子汁。
无缘坐具净：可用不贴边，大小随意的坐具。
金银净：比丘可接受金银的供养。
以上十事，为第一结集所传诵的戒律所禁止。
根据北传佛教的说法，第一次分裂是由于对修行果位的看法不同而引起。原始佛教主张阿罗汉是修行的最高果位，经过身心重重考验的阿罗汉，已经断尽一切生死烦恼，解脱轮回。然而当时却有一位大天比丘对此提出异议，认为阿罗汉并非圆满果位，仍有五种局限，他以偈颂表达：“余所诱无知，犹豫他令入，道因声故起，是名真佛教。”
然而，大天的主张立即遭到上座比丘们的反对，为此，双方展开激烈的辩论。最后，赞成大天的多数比丘组成“大众部”，反对大天的少数上座比丘组成“上座部”，而且被迫离开华氏城，迁移到印度西北的迦湿弥罗（喀什米尔）。
以南北传佛教所记载部派形成的原因来看，南传佛教的说法，纯粹以戒律的解释不同为分裂的起因。北传佛教则着眼于教义的看法有别。
由于上座、大众两部的形成，后来的众多部派，都是从这两部分裂出来。所以这次的分裂，叫做“根本分裂”。
(二)五部分派
自第一次结集，优波离尊者诵出《八十诵律》根本《律藏》后，从大迦叶尊者以下，五师相承，并无重大差异，这是佛陀涅盘后一百年间，也是印度佛教发展史上的“原始佛教”时期。由于僧团中的成员大多是亲聆佛陀教导的阿罗汉、大比丘僧众，在修行及教团共住方面能够遵循佛陀制定的仪规惯例，基本上仍然是一个整体的教团，并无重大诤论。
直至佛陀涅盘百年后，优婆多门下，有昙无德等五位大弟子各执一见，最后各自在《八十诵律》中采集律法，自成一部。分别为：
1.昙无德部：昙无德，乃部主之名。所传广律为《四分律》六十卷，戒本为《四分僧戒本》一卷、《四分律比丘戒本》一卷、《四分比丘尼戒本》一卷（姚秦佛陀耶舍译）。
2.萨婆多部：即“说一切有部”。所传广律为《十诵律》六十一卷（姚秦弗若多罗、昙摩流支译），戒本为《十诵比丘波罗提木叉戒本》一卷（姚秦鸠摩罗什译）、《十诵比丘尼波罗提木叉戒本》一卷（刘宋法显集出）、《根本说一切有部戒经》一卷（唐代义净译）、《根本说一切有部苾刍尼戒经》一卷（唐代义净译）。
3.弥沙塞部：弥沙塞，意译为不着有无观。所传广律为《五分律》三十卷（刘宋佛陀什等译），戒本为《弥沙塞五分戒本》一卷（刘宋佛陀什等译）、《五分比丘尼戒本》一卷（梁朝明征集）。
4.迦叶遗部：迦叶遗，意译为重空观，也就是以空亦空为观。所传广律为《解脱律》，戒本为《解脱戒经》一卷（元魏般若流支译）。
5.摩诃僧祇部：此部所传广律为《摩诃僧祇律》四十卷（东晋法显、佛驮跋陀罗译），戒本为《摩诃僧祇律大比丘戒本》一卷（东晋佛陀跋陀罗译）、《摩诃僧祇比丘尼戒本》一卷（东晋法显、觉贤译）。