以论证佛学符契科学著称的知名科学家王季同(?—1948)，对法相唯识也颇有研究，在他为周叔迦《唯识研究》一书作的长篇序言及《佛学与科学之比较研究》、《佛法省要》等著述中，论述了唯识学与科学新知识“不谋而合”。
唯识义理的研究探讨
　教界、学界的一批学者，不仅在各地研习、讲解唯识，校刻、注释、出版了多种唯识古籍，印行了不少概述唯识学义理的入门书，而且运用多种方法，对唯识学的源流、传承、典籍、义理方面的重大问题，进行了相当深入的研究，展开了讨论争辩，这些问题主要有：、相宗新旧二译不同之辩

　宋代以来，混淆相宗新旧二译，在佛教著述中时有发现。梅光羲于1931年发表于《海潮音》的《相宗新旧两译不同论》，考证世亲学传入中土，先后有菩提流支、真谛之旧译及玄奘之新译三系。旧译出于唯识十大论师之先，其义与新译护法一系唯识义理多有歧异，主要者有八条，并附列唐代灵润所辨相宗新旧二译不同义十四条，认为并非真谛故异护法或别有一途，乃是其学未至护法所使然。唯识学至护法，方确然可立，纯粹以精。此论发表后，引起佛学界诤论。太虚发表《相宗新旧两译不同论书后》，认为世亲出世应早于菩提流支百年、真谛百余年，世亲所学甚广，非专宗唯识，即亲承世亲之学者，也不妨所传有异。唯识学入华之初，菩提流支等所传译者为泛世亲学，所涉甚广，非专弘唯识，而地论师之说，出佛陀扇多弟子慧光，他以第八识为真心、真如，盖禅宗之见，慧光疑即禅宗二祖慧可。真谛所传唯识义，多误解揣测，有如元明清台、贤等宗人说唯识，非悉由学级未穷所致，可名曰误传世亲学。正世亲学，当以新译为准。出身于禅宗的守培法师，则独持相反意见，认为空、有二宗之诤，发端于护法，因而非难护法学，谓相宗新旧二译，“旧译无非处，新译无是处”，并著《新八识规矩颂》破护法、玄奘一系的正统唯识学。印顺法师曾撰文指责守培不顾史实、未穷教理、成见太深。韩镜清在《净影八识义述》等文中，以护法系正统观点为准衡，指摘地论师唯识说之疏谬。

二、法相、唯识为二宗

　对中国佛学界由来称慈恩一系为“法相唯识宗”的惯例，欧阳渐断为失确，认为“唯识、法相是两种学，法相广于唯识，非一慈恩宗所可概。”(《欧阳大师遗集·与章行严书》)说法相学创之于前，广于《瑜伽师地论·本事分》，略于《阿毗达磨杂集论》，《五蕴》、《庄严》等论亦阐释之。法相义者，谓说遍计、依他、圆成三性及相、名、分别、正智、如如五法，立非有非空义。唯识学则始于《瑜伽师地论·抉择分》，发挥于《摄大乘》、《二十唯识》、《成唯识》等论，其学说“唯”以遣除众生误认心外有实境之执，“识”谓破有之空而存破空执之有。玄奘学法相于戒贤，学唯识于胜军。法相、唯识二学可相接而不可混淆杂乱。“顾法相结局，亦必精微而归诸唯识，故总曰唯识学。”(《欧阳大师遗集·支那内学院训释》)太虚大师撰《竟无居士学说质疑》、《论法相必宗唯识》、《再论法相必宗唯识》，再三破欧阳渐之说，主张法相、唯识不可分，法相必宗唯识，谓凡属言思所诠所表所遮所缘者，皆为法相，“法相绝然不成宗义”，“法相所宗持者曰唯识，而唯识之说明者曰法相”。(《太虚法师文钞初集》三编)他据窥基之言，分大乘教法为空慧、唯识、真如三宗，不承认唯识外别有一法相宗。
三、唯识学源流问题

　　佛悦《唯识学成立之经过》、演培《唯识思想演变史略》、世光《法相唯识学的历史发展》等文章，对唯识学在印度成立发展的历程作了相当详尽的论述。印顺法师的《唯识学探源》用思想史的方法，溯唯识思想之源于原始佛教，论证唯识思想发端于《杂阿含》等经中以心识为造成世间、众生主因、根本的“由心论”。书中着重考察了部派佛教各派解释轮回与无我关系时对“本识”的不同看法及关于唯识无境论的探讨，认为大乘唯识思想酝酿于经部的论争，特别是在大众部思想的基础上发展而成。部派佛教之学虽尚无本体论意义上的唯识论，却有认识论意义上的唯识无境论。大乘唯识思想，出发于认识论，达到本体论，而又转到认识论上境不离识的唯识论。又将大乘经中的唯识思想归纳为由心所造、即心所现、因心所生、映心所显、随心所变五义，这五义起初是逐渐地引发，各别深入研究，后来经交流与综合，才产生真正的唯识学。由此得出结论：唯识学是几种思潮的合流。
　　对于唯识学源流上的重大问题——唯识今学与唯识古学的划分，吕澄作了深入研究，认为唯识学的今古，不能仅从时间上看，应从义理上看。古、今学传习的根本经论各有异文，“无著、世亲唯识之学先后一贯，而后有直述二家而推阐之者，是为古学；有曲变二家学说而推阐之者，是为今学。古谓顺从旧说，今谓改变新说。”(《内学》第一辑《论庄严经论与唯识古学》)唯识古学在印度的代表人物，是亲胜、火辨、难陀(后来又改为难陀、安慧)，今学代表人物为护法、陈那。中国译述，则真谛为古学，玄奘为今学，古今学之异，“在俱言唯识而所解不同”，古学说能取、所取、心、心所法皆以识为性，名曰唯识；今学则认为一切都不离识，故说唯识，并非一切皆以识为性。今学与古学孰是孰非，未可易言，玄奘门下斥古学“非正义”，未免门户之见。
四、相、见同种、别种之辩
　　关于诸识见、相二分与种子的关系问题，印度唯识师看法各别。景昌极于1928年撰《见相别种辨》，取安慧之说，主张见、相二分同种，诘难见、相别种说，谓别种说非护法、玄奘本意，虽然见之于《成唯识论述记》，应是窥基传述过甚所致。缪凤林撰《唯识今释》等文驳难此说，认为见、相别种乃护法、玄奘本义，阿赖耶一切种分见分种、相分种，赖耶持种分识种与色种。见、相同种说困难迭出，不能成立。奘、基二师所宗，见、相二分随其所应或同或异，如缘根身器界托质而变，则见、相别种，如缘龟毛、兔角等则见、相同种，如颂云：“性境不从心，独影唯从见，带质通情本，性种等随应。”便是明证。安慧亦主见、相别种，在《成唯识论》卷四有明文。景昌极不认可此说，又撰《唯识今释补义》驳难，唐大圆、太虚亦卷入这场争论，依护法之义驳景昌极之见相同种说。四十年后，霍韬晦撰《相见同种别种辨》(1968)，据唐代慧沼之《成唯识论了义灯》，对印度关于见、相二分同种、别种的四种说法一一进行分析，指出认本质、影像、见分三法同种，见相二分同种，八识相分均于见分外别有其种三种看法，皆有理论漏洞；第四家相、见种随其所应或同或别之说，乃依据量论严密考察而建立，最为圆满。比量了共相，共相乃假法，其所依只能是见分，不可能有其自种。现量所了自相，因不能随能缘同善、恶性，不能从能缘同一界系，不随能缘同一种生，不随能缘是异熟，由“四不随”，故见、相二分绝不可能是同一种生。玄奘创“挟带”一语补充陈那“变带”义，破了正量部论师般若●多之诘难，可圆满解释见、相同种、别种