二、修证方面之不足。唯识学既为瑜伽观行的产物，以瑜伽的实证为根本依据，以指导人生为宗旨，则研习方法，应是解行相应，以实证为准则，并为世人提供可行可证、符契机宜的修行方法。而晚近的唯识学者，较忽视瑜伽实证，多数只在文字义理上下功夫，只说不行，甚至用学术界研究文史哲学的方法治唯识学，其研究不能不失去源头活水，堕入文字窠臼。慈恩宗的致命弱点——观修方法、操作技术的相对薄弱，未能被现代的唯识学弘扬者所改变。
三、入世运用之不足. 古德弘扬唯识，着眼于出世间了生死，对如何运用唯识利益人们的世俗生活，谈得不多。现代学者弘扬的唯识学，仍未能改变旧唯识学畸重出世间的倾向。实际上，唯识学内含许多可以现实地利益众生、造福人类的因素，可以而且应该灵活运用于世俗生活。如运用于心理分析、心理咨询、精神病治疗、教育、气功、潜能开发、罪犯改造等。“佛法在世间”，只有融入世人的生活，在人间起到利益众生的现实作用，唯识学才能在广大民众心识中成为源头活水，千年不腐，万劫不绝，导入涅盘大海。
四、圆融之不足。诸法一味，圆融不二，乃佛说法之特点，为中国佛教的长处。现代唯识学者，颇有执一非余、乏圆融不诤之雅量者。唯持一护法系唯识学为纯正佛法之准绳来衡量一切，贬唯识古学，证伪《起信》、《楞严》，断“真常唯心”为婆罗门教之见，乃至绝口不谈天台华严，绝口不谈唯识以外的一切佛法，虽不无活跃学术、深化思路之功，而违背圆融不诤之旨，轻易否定中国佛学，动摇中国佛教之根柢，其破坏作用，盖与弘扬佛法之旨趣相悖。
五、对切要问题研究之不足。唯识学本用于指导修行，与修行、运用相关的问题，对学佛者来说最为切要。如唯识与禅宗、密教、净土等的关系、顿悟与渐修说的矛盾等，为学佛人所关注思择而多迷惑不决者，唯识学者恰好研究最少。
　　现代唯识学弘扬中的这些缺陷，弥补解决确实不大容易。本文不敢妄自责咎前贤、时贤，旨在总结反思，唤起对这些问题的重视，与同好者致力于探索解决，完成“新唯识学”的组建，使唯识学发扬光大，万古常新，永远发挥其应有的利益众生、庄严国土的作用。