广佛华严经·修慈分》一卷(唐译、院刻稿本)；第三周以“一法界”为中心主题，称为“终鹄”之学或“究竟”之学，亦讲习十九部书，即毗昙科的《诸法集要经》十卷(宋译、院刻本)、《入阿毗昙达磨论》二卷(唐译、院刻稿本)、《四谛论》四卷(陈译、院刻本)、《论事标目》一卷(院编稿本)，般若科的《大般若经·曼殊室利分》二卷(唐译、院刻稿本)、《佛母般若圆集要义论》一卷(宋译、院刻合释论本)、《广百论释》十卷(唐译、院刻稿本)、《大乘掌珍论》二卷(唐译、藏要本)，瑜伽科的《华严七品颂本》三卷(唐译、院编稿本)、《观所缘论释》一卷(唐译、藏要本)、《成唯识宝生论》五卷(唐译、藏要本)、《成唯识论》节本四卷(唐译、院编稿本)，涅槃科的《大方等大云经·大众犍度》一卷(凉译、院刻稿本)、《大乘密严经》三卷(唐译、藏要本)、《佛地经论》七卷(唐译、藏要本)，戒律科的《六度集经》八卷(吴译、院刻稿本)、《佛所行赞》五卷(凉译、院刻稿本)，为了长养菩提，资粮善集，另加一经一论，即《集量论释节本》六卷(院编稿本)、《大集虚空藏所问经·抉择分》三卷(唐译、藏要稿本)。整个过程为3－5年。支那内学院的大学部实际上只办过法相大学，而且也只维持了两年时间，所以，内学院的讲学规模不断缩小，“佛学五科”的讲学体系在当时并没有完全实施。

　　跟支那内学院齐名的武昌佛学院，是由太虚法师发起创立的。他早年受教于杨仁山，并与欧阳竟无进行了长期的辩论，彼此的办学思路不无相通之处。由于太虚的僧人身份，他的佛教教育主要集中在僧教育方面，撰有许多有关僧教育的讲演和著述，先后办起各种佛学院，武昌佛学院只是其中最为著名的一所，其他还有闽南佛学院、柏林教理院、汉藏教理院等，在1928年出游欧美期间，他还在法国巴黎发起筹建世界佛学苑，总部设在武昌佛学院内，成立“世界佛学苑图书馆”。

　　1922年武昌佛学院成立伊始，所授课程由于受到师资、经费等客观原因的干扰，并没有体现出十分明确的办学思路。1928年7月《闽南佛学院续招学僧简章》规定，第一学年设有《佛学概论》、《各宗派源流》、《律学大意》、《因明学概要》；第二学年设有《佛学大意》、《俱舍学大意》、《成实学大意》、《四论学大意》、《唯识学大意》；第三学年设有《律学大意》、《禅学大意》、《净土学大意》、《天台学大意》、《密学大意》、《贤首学大意》、《佛典泛论》、《大乘宗地引论》。这种设置比较明确地体现了“八宗平等”的思想。不过，最能系统地体现太虚关于学科设置理想的当数“六系”说。1934年9月，他在对世界佛学苑图书馆馆员发表讲话时，规定“五三共法系”、“小大律藏系”、“法相唯识系”、“般若中观系”、“中国台贤禅净系”、“印华日藏密法系”作为研究员研究的目标，点明了每一系所需学习的原典。

　　五三共法系，五指的是人乘、天乘、声闻乘、独觉乘、菩萨乘五乘，三指的是声闻、独觉、菩萨，太虚认为，这一系要以《俱舍》为中心，旁及《阿含诸经》、《婆沙》、《六足》(《集异门足论》、《法蕴足论》、《施设足论》、《识身足论》、《品类足论》、《发智论》)、《正理》等论。小大律藏系，不仅研究小乘的《四分律》、《五分律》、《十诵律》、《僧祗律》、《说一切有部律》，还要研究大乘的《梵网菩萨戒》和《瑜伽菩萨戒》。法相唯识系，主要依据所谓的“六经十一论”，依弥勒菩萨所说的《瑜伽师地论》为本，以《成唯识论》为综合。般若中论系，以《中论》、《百论》、《十二门论》为依据，以《大般若经》为本，亦可增加《大智度论》。中国台贤禅净系，要以《法华经》、《华严经》、《无量寿经》、《观无量寿佛经》、《佛说阿弥陀经》、《中论》、《大智度论》、《往生净土论》等经论为依据。印华日藏密法系，要以《大毗卢遮那成佛经》、《金刚顶经》、《苏悉地经》等及诸部仪轨为依据。太虚认为，对佛典进行分系研究，就是世界佛学苑图书馆的事业。

　　现在需要特别说明的是，上述杨仁山、吕澂、太虚等人关于学科设置的设想，首先是由于各种原因，大多没有实现，到目前为止还只是空想；其次，它们有的是针对大学本科水平，有的则是针对研究生水平，对象并不完全一致。我们这里回顾历史，目的是要设想目前应该设置哪些佛学基础课，而要设置这些基础课，则要对佛教的整体有一个明确的把握，要对佛教分科有一个清醒的认识。所以，设置基础课的关键，是要在兼容并包的前提下确定佛教分科，如果对佛教分科有了相对统一的认识，这些基础课就不难确定了，而本科生和研究生在课程设置方面的区别其实比较容易把握：本科生偏重于概论课，研究生偏重于原典课。目前，我们如果能够沿着前人的足迹，去实现他们未竞的事业，充分领会吕澂“佛学五科”以及太虚“六系”的旨趣，结合各个佛学院现有的办学条件，设置佛教基础课应该不是无章可循的，我们在这里只是通过历史的分析明确一项原则，即“大小兼容、八宗并包”。

　　让学员接受基本的佛学训练，这是佛学院办学的首要任务。除此之外，佛学院还应注意另一项任务，即把学员培养成具有世界眼光的现代人，在学科设置方面应当坚持“内外圆融”的原则。这个原则旨在建立完善的知识体系，与主流学术界接轨，树立佛教教育的世界眼光，建设符合现代思想和生活的新佛教。

　　印度佛教曾有“五明”之说，也就是说，僧人应该掌握五种学问，即声明、因明、医方明、工巧明、内明。声明指声韵、语言、语法之学；因明指逻辑学、论辩之学；医方明指医药学、体育、养生学；工巧明指与物质生活有关的工、农、商、畜牧、算计、书画、音乐、法律、饮食、行政、占相、咒术等学问；内明指佛教关于解脱生死的学问。五明概括了古印度所有的知识体系，佛教对僧人提出五明的要求，体现了佛教不离世间法而出世间的特点。“内外圆融”的原则，其实是沿续五明的思想，把佛学和现代世俗社会所需要的学问结合起来。

　　杨仁山主张学佛者不仅要学佛，也要学“普通学”，包括语文、历史、地理、数学以及英语、日语、梵语等语言，在祇洹精舍英语、汉语和佛学一样，同为基础课。印顺在《太虚大师年谱》里如此评价杨仁山，他说：“为佛教人才而兴学，且有世界眼光者，以杨氏为第一人。”其后，支那内学院同样也把世典、国文、梵文、藏文列为必修课，世典既包括印度哲学、中国哲学，也包括宗教学、基督教、伊斯兰教等内容。其他的佛学院，如武昌佛学院、闽南佛学院，亦开设有国文、外文、数学、科学、哲学和宗教学课，乃至设有教育学、艺术等课程。这样做的目的，其实就是“根据佛法的常住真理，去适应时代性的思想文化，洗除不合时代性的色彩，随时代以发扬佛法之教化功用”，复兴印度佛教，从而建设中国的新佛教。