对“洋教”特征的挑战，始于中国天主教和基督教中的有识之士。在“五四运动”中，津、沪等地的爱国神父、教徒和教会学校学生提出了改变中国天主教会殖民地体制的要求。马相伯等人主张由中国主教主持教区教务，反对在修院教育中轻视中国文化的倾向。此后，罗马教廷不得不批准中国教团采取了一些将天主教“中国化”的措施。
　　基督教发起了“本色教会运动”，“一方面求使中国信徒担负责任，一方面发扬东方固有的文明；使基督教消除洋教的丑号”（诚静怡语）。“跟着这个口号同时被提出来的，就是‘自治、自养、自传’”（吴耀宗语）。1903年，上海牧师俞国桢主张“有志信徒，图谋自立、自养、自传……绝对不受西教会管辖"；1906年，他依靠中国信徒创办中国耶稣教自立会。一时间，各省华人基督徒纷纷响应，要“为国家争人格，为教会争人格，为基督徒争人格"。（《生命》第五卷第九期，1925年） 一些普通信徒也痛感：“国家兴亡，匹夫有责，你若有爱国之心，就应该自立"。（ 1928年《中国基督教会年鉴》）
　　天主教的“中国化”和基督教的“本色教会运动”，从文化层面来讲，都企图寻求与儒学的共同点，“洗刷西洋的色彩”，进行所谓“儒化基督教”、“孔子加耶稣”的尝试。但深受殖民主义压迫的中国人民，对作为殖民主义附庸的“洋教”深恶痛绝。这些革新尝试就于大局的改观无补，“时代是不许可这个运动得到多大成功的。”（吴耀宗语）
　　中国宗教的新生，有待于整个社会翻天覆地的变革。
　　走向新生
　　1949年新中国建立，半封建半殖民地社会终结。蓄势已久的中国宗教的自我革新，在新中国、新社会再度爆发了。
　　基督教、天主教走上独立自主自办教会的道路。河南洛阳解放后，信徒“真像是如鱼得水，如鸟腾空的欢欣鼓舞，立刻再起来提出自立”。（《天风》242号，1950年）上海刚解放，就有教徒投信报馆，要求“把那些以传教为名，以侵略为实，挂羊头卖狗肉的宗教贩子赶出中国去”，主张“中国教徒应自行以民主的方式，组织国人自治教会。”（上海《大公报》，1949年6月17日）
　　1950年春，吴耀宗等组团访问各地教会后，与京、津部分教会人士谒见政务院总理周恩来，三次长谈。当吴耀宗等把多年来基督教所提倡的“自治、自养、自传”理想告诉周恩来时，周欣然支持，强调中国基督教会必须肃清其内部的帝国主义的影响和力量，“让宗教还它个宗教的本来面目”，“使自己健全起来。”只有这样，才能“使基督教在中国人民的心目中观感一新”。中国基督教抓住历史的机遇，做出了正确的抉择。1950年7月，《中国基督教在新中国建设中努力的途径》的公开信发表，提出要继承中国基督教早就提倡、但未能实行的“自治、自养、自传”传统。在四年时间里，全国基督徒的2/3，约40多万人在公开信上签名。中国基督教“三自”爱国运动随之在全国广泛展开，吴耀宗称之为“中国基督教的新生”。
　　中国天主教界的神长教友们也不甘落后。1950年11月，四川省王良佐神父率先发表《三自爱国革新宣言》。1951年1月，天津市的教友首先成立了“天津市天主教革新运动促进会筹备会”。1957年2月，中国天主教召开了为期40多天的教友代表会，正式确立了“独立自主自办教会”的方针。
　　伊斯兰教、藏传佛教进行宗教制度的民主改革。改革的内容包括废除宗教的一切封建特权，如废除寺庙私设法庭、监牢和刑罚，干涉民事诉讼，擅自委派部落头人、阿訇，私藏武器，干涉婚姻自由，压迫歧视妇女以及干涉文化教育；废除寺庙和清真寺的生产资料所有制和高利贷、无偿劳役等剥削制度；废除寺庙带有封建色彩的管理制度；废除伊斯兰教门宦制度中的“放口唤、放阿訇、教主继承制”等。改革总体上是和平、谨慎地推进的。政府强调要把宗教信仰与宗教制度分开，宗教信仰是思想问题，而宗教制度，绝大部分是封建性的社会制度，应当并且可以逐步改变。改革在西藏特别强调“慎重稳进”，最初是采取“和平改革”、“六年不改”的方针。直到1959年西藏上层反动集团发动了全面的武装叛乱，在平叛的同时，才调整为“边平边改，先叛先改，后叛后改，未叛缓改”。在改革的基础上，经过协商，建立了寺庙民主管理委员会，制定了《寺庙民主管理试行章程》。
　　汉传佛教和道教也进行改革。剔除了“教理、教制、教产”方面的封建宗法因素，废除了危害下层僧侣身心健康的陈规陋习，消除了寺观内盛行的封建迷信等不良现象。
　　宗教制度民主改革中对“封建宗法性”的洗刷，重在去掉其制度层面的“封建”烙印，即封建统治利用“宗法性”在宗教中形成的封建压迫、剥削的特权和思想禁锢；而对其文化层面， 对“宗法性”本身，则采取“扬弃”的态度——扬其对伦理道德的重视，弃其封建道德的糟粕。对儒学重视伦理纲常、“修齐治平”的传统，并不简单否定。如丁光训所说，“中国是文明古国，是道德礼仪之邦。特别是对中国知识界来说，讲伦理道德比讲天堂地狱更令人欣赏，令人愿意听听宗教有以告人的信息。”
　　通过民主制度改革和独立办教道路的选择，中国宗教不再是作为帝国主义附庸或被统治阶级控制利用的工具，而是恢复了本来面目，保有其基本信仰和教义、维持着与其自身特点相一致的宗教制度和礼仪、能自主地开展正常宗教活动的宗教；是真正体现爱德、弘扬文化传统的宗教。
　　——洗刷“洋教”特征的基督教、天主教，成了中国人民自办的宗教事业，中国第一次庄严宣告，“宗教团体和宗教事务不受外国势力的支配"；
　　——洗刷与封建专制制度相结合的“封建宗法性”特征和封建迷信杂质，中国进一步庄严宣告，“任何人不得利用宗教进行破坏社会秩序、损害公民身体健康、妨碍国家教育制度的活动"；
　　这两句话，和“公民有宗教信仰自由"的原则一起，写进了《宪法》第36条。
　　1993年，江泽民指出，“我国过去进行的宗教制度改革，在天主教、基督教方面革掉帝国主义的操纵和控制，实行独立自主、自办教会，在佛教和伊斯兰教方面革掉封建剥削和压迫制度，是完全必要的和正确的，使我国宗教界迈出了与社会主义社会相适应的重要一步。”
　　政策理念
　　就像解决了生存权和发展权，才能充分享受其它人权一样，还宗教之本来面目、“使自己健全起来”的中国宗教，才能真正享受宗教信仰自由权利——这个最初由近代资产阶级提出，现已为大家所熟知、为世界所公认的基本人
权。