当时的理塘已经处于丽江水土司的势力辖地，历代木土司都有很高的文化修养，善与其他民族上层交往，吸收别人文化，因此“云南诸土司，知诗书，好礼守义，以丽江木氏为首云”。^[7]格鲁派的影响，三世达赖喇嘛的造化早已对木上司产生了振动，木氏土司仰慕于三世达赖喇嘛的名气和威望，或想通过迎请而结为供施的法缘关系，借助其影响力来提升自己在辖区的统治，这就与三世达赖喇嘛想到康区传播格鲁派的意愿不谋而合。

　　至于建造理塘寺的情况，《三世达赖喇嘛传贿一番记载“铁龙年（1580），达赖喇嘛隆重欢度新年。丽江萨当杰布（木上司）征调乌拉，召集工匠，于五月二十日开始兴建理塘寺，这座寺院包括有十八根柱子的佛殿、八十二根柱子的经堂、四根柱子的护法殿、六根柱子的寝殿、六根柱子的静室、六根柱子的萨当杰布王的角楼，同时还塑造了六十四尊胜伏三界的大菩提佛鎏金铜像。达赖喇嘛为护法殿等殿堂举行了盛大的开光典礼。由于恶鬼作崇，达赖喇嘛以贡桑孜乃和喇嘛仁钦僧格为助手，举行了阎罗修习法事。”“达赖喇嘛为理塘寺赐名为‘图丹绛钦檀杰协南贝嘉维德’（意为佛教大慈各方殊胜寺），剃度百余人出家受比丘戒。萨当杰布王派来两名使者瓜巴什和夏巴，邀请达赖喇嘛去他的住地（丽江）。这次由于已经接受了果窝温布的殷切迎请，他没有答应萨当杰布王的请求。达赖喇嘛委派活佛索南益希旺布主持理塘寺后期工程。之后于同年十一月启程前往芒康地方。”^[8]

　　这一记载说明，一是在理塘寺的建造过程中，木氏土司发挥了积极组织和筹划的施主作用，他还想将达赖喇嘛迎请到云南丽江，但最终没有成功。二是当时所建的理塘寺规模很大，是一个大寺，它包括了佛殿、经堂、护法殿、寝殿、静室、本土司角楼等建筑。达赖喇嘛主持了奠基、开光、赐名、举行法事等重要宗教活动，并剃度出家僧人和委派寺院主持，奠定了格鲁派的教义教法在康区的地位，其意义是重大而深远的。木氏土司迎请三世达赖喇嘛建造理塘大寺的这一盛举，后来被许多史家所记载和颂扬。如：第巴桑结嘉措在其《格鲁派教法史—黄琉璃》中写到：“当时，萨当杰布光临理塘寺，发起集会，筹集所有乌拉和工匠，邀请三世达赖亲建寺院”。“绷波岗地区的理塘曲德噶丹钦春科耳林（即理塘寺）乃三世达赖喇嘛索南嘉措为宏扬第二佛陀宗喀巴大师之教所建，1580年建造佛殿、院落典基，铸造智慧无比的强巴大佛等塑像，赐名‘噶丹图钦春科耳林’”。或者也被命名为“图丹强钦春汤阶勒“朗院瓦代”。^[9]《吉切雌史》也记载：“铁龙年（1580）藏历新年，姜萨当杰布筹集了修建大寺的一切乌拉和所有工匠，至霍尔五月十二日（应为二十日），建立了十八根大柱的佛殿、八十二根柱子的经堂，并完成了鎏金铜像强巴三世佛的铸造。待护法神殿建成后，举行了开光典礼。”^[10]此外《五世达赖喇嘛的记载。

　　据有的史料记载，理塘寺是在邦根寺的基础上改建和发展起来的，邦根寺原系本教，1580年（万历八年），三世达赖喇嘛的亲门弟子却吉桑登嘉措被西藏地方政府派为理塘的堪布（关于此说，笔者没。有见到相关资料，有待于进一步考证）。同年，三世达赖喇嘛应丽江木氏土司邀请建成该寺，即被改宗为格鲁派。理塘寺的建成，客观上标志着格鲁派在康区南部的传播，说明该地原有一定的格鲁派信仰基础。同时证明三世达赖喇嘛是个有远见卓识的人，他在将格鲁派传到蒙古地区的时候，感到康区被地方土司统治，长期成为噶玛噶举派和萨迦派的教区，而格鲁派没有一席之地，于是利用丽江土司的关系，建寺理塘，传播教义，最终使理塘寺一度成为康南地区的格鲁派中心。

　　二、和硕特部统治时期理塘寺的兴衰

　　三世达赖喇嘛从理塘返回西藏以后，西藏的政局又出现一些变化，它对格鲁派的发展十分不利。当时，藏传佛教各教派之间互相倾轧纷争不已，格鲁派在西藏境内的迅速发展，遭到了盘踞后藏地区崇奉噶玛噶举派的第悉丹迥旺布（即藏巴汗）的不满，以武力排挤格鲁派。同时还受到崇信噶玛噶举派的青海喀尔喀蒙古却留汗，以及康区信奉本教的白利土司的压制。在格鲁派与噶玛噶举派势力的斗争中，格鲁派失势，这便影响到了理塘寺的生存与发展。

　　理塔寺建成后，其境每况愈下。据记载，三世达赖喇嘛委派活佛索南益希旺布主持了理塘寺的后期工程，同时执掌寺院的法台也被任命。先后担任法台的依次有察瓦仁钦森格、理塘囊朗曲则、巴颜曲杰、瓦秀格敦勒珠、工布伦珠班觉以及额尔德尼曲杰等人，但是在他们担任法台期间（至少也有50多年的历史，即到了五世达赖时期），寺院却日渐衰落。^[11]寺院衰败的原因，当然是受到西藏政局的影响，理塘寺原来即属于本教的寺院，木土司迎请三世达赖喇嘛改建为格鲁派寺院后，即遭到了仇视格鲁派的康区本教头目白利土司顿悦多吉的反对，以至用武力破坏理塘寺的供像，造成了理塘寺香火惨淡。《五世达赖喇嘛传》对此有清楚的记载：“遍知一切索南嘉措曾在阿喀理塘创建过寺院，在丽江木土司管辖时期，该寺也因改宗而逐渐衰败。此后，由于白利土司顿悦多吉仇视佛教僧人，特别是格鲁派僧人，所以该寺遭到（顿悦多吉）军队占领。他们掘出释迦牟尼佛像的胎藏、毁坏了佛像的莲花宝座等，寺院几乎名实俱亡。”^[12]

　　在格鲁派的危机中，丽江木氏土司由于很早就与噶玛噶举派上层建立了深厚的法缘关系，因此在信仰上一直是噶玛噶举派的信徒、支持者及重要施主，而对格鲁派采取冷淡的姿态。早自明正德十一年（1516），丽江木土司木定即以重礼迎请第八世噶玛巴黑帽活佛弥觉多杰（1507—1554）到丽江本土司王宫做客。^[13]丽江上层大力倡导信奉噶玛噶举派，以至于“磨些（即纳西族）头目二三子，必以一子为喇嘛”，该派在丽江纳西族当中受到普遍的崇奉。丽江土司早自十五世纪与该派的红帽第二世活佛噶觉旺布（1350—1405）也建立了关系，到第六世红帽活佛却吉旺秋（1584—1635）时，土司本增（法名为噶玛·米庞才旺索南饶丹，1597—1646年在位）迎请该活佛到丽江并出资刊印了藏文丽江版《甘珠尔》大藏经。至今，据笔者调查，该大藏经的经板分别存藏于理塘寺、大昭寺和哲蚌寺之中。当时，丽江还建有几座噶玛噶举派的寺院，寺院壁画绘上了噶玛噶举派红、黑帽活佛系统的传承。后来，噶玛噶举派因在教派的较量中败北，第十世噶玛巴活佛却英多吉（1604—1674）逃到丽江避难。丽江成为噶玛噶举派远在云南的一个信仰中心。