但至明末，格鲁派上层结盟和硕特都蒙古部茖，致使整个青藏高原的政治形势发生逆转，随之，丽江木土司经营理塘、迪庆等康南和滇西北的能力日转直下。1639年，应五世达赖和四世棚的援请，和硕特部首领固始汗率部由新疆经青海南下康区，抵达马尔康、甘孜一带，消灭了本教头目白利土司，兵抵丽江辖地。固始汗召降康区诸部，任命官员，征收税赋，纳入蒙古和硕特部的治下。1642年，固始汗人藏消灭了藏巴汗政权，统一西藏，建立甘丹颇章地方政权，从此支持格鲁派取得绝对统治地位于诸教派之上。此间，蒙古军进入理塘、迪庆等木土司辖区，木土司不能敌，但也不服从蒙古的统治。至1674年，在木土司的支持下，中甸发生了聚众反抗蒙古和项特部统治的武装暴乱，西藏甘丹颇章政府派遣蒙藏大军并调木里土兵前往平息，^[14]至此这些地方才纳入和硕特部的控制之下。

　　当时，“丹增法王（即固始汗）的名声传遍了多康六岗”。固始汗占据西藏，又划康区为他的势力范围。他“以青海地面宽大，以牧养牲畜，喀木地方（即康区）人众粮多，遂将伊子孙分居此二处”，令“喀木地方，为伊等纳贡”。^[15]在这种情况下，固始汗留下达赖珲台吉（即固始汗的第六子多尔济）主持理塘“功德”，阿齐喀曲杰（即法王）主持理塘寺的管理。到1654年前后，西藏第巴雄政府决定理塘寺和巴塘寺由西藏和当地共同管理，新派侏倭达尔罕噶居替换此前派任的赛钦巴南杰才让主持修复寺院的事宜，并使寺院的僧差、布施和法事等正常活动恢复起来。关于这个时期修复理塘寺的情况，格鲁派的历史著作中都有一些记载。藏文《五世达赖喇嘛传》中有如下记载：

　　当时，“委派仁达巴扎为监工的助手，本坎卓担任施主，新壁土地，将释迦牟尼内殿和大殿扩建为六十四根柱子的殿堂，另外用巴塘捐助的一百多克铜修复了莲花宝座。在大殿的墙壁上绘制了释迦牟尼百行传，在八柱后殿内塑造了一层楼高的香泥弥勒佛像，由第穆活佛主持了装藏和开光仪式。此外，还规定重新征派僧差，给所属四百五十名僧人发放八次定期法会的薪资，其间每天布施两次斋僧茶。由于设立了神变祈愿、五供、二十七供等法事活动，现在正是该寺的鼎盛时期”。^[16]两样《黄琉璃》也记载：

　　五世达赖喇嘛下令修复了理塘寺，寺院壁画，僧众聚会等再度兴起。继任额尔德尼法王者（按：即寺院主持）依次是吉学巴洛桑维色、察瓦洛桑坚赞、白利丹达、厄巴洛桑克珠、娘热曲扎、色拉堆竹加洛桑降白。现今（应即1698年），由满洲颜拉散呼图克图宣讲《摄类学》、《俱舍论》、《庄严论》和《中观大乘论》，在多康地区讲授的四论及其注疏，与上下密院的教法相同，而且修行显密二法，有五百名僧人，同时也是三大寺的波颇（spo vbor）康村的僧源。^[17]

　　另外，这次扩建后，寺内还供奉了由丽江木土司依据蔡巴版目录刊印的《甘珠尔》大藏经的经版等大量公物。这套经版原来藏于丽江木土司境内，据王尧先生考证，1698年，固始汗孙子之一青海和硕特都蒙古首领达尔杰博硕克图罕挥兵入滇，至丽江查见木增邀请红帽活佛主持刻印的这套《甘珠尔》大藏经版，认为木土司追随噶玛巴活佛，不应将大藏经为佛教异端所掌握，遂下令搬迁，用骡马驮运到了理塘寺存藏。由于此故，后人即称这套经典为“理塘版”，或者往往称为“丽江—理塘版”。^[18]但以修复理塘寺始于1654年的时间看，和硕特部将丽江的《甘珠尔》大藏经转移到理塘寺的时间，应该早于1698年可能在这次修复理塘寺后不久（1654至1674年之间）即有部分经版运到了理塘，尚有待于进一步考证。

　　这次修复是在和硕特部蒙古统治时期，从此理塘寺作为格鲁派在康南乃至康区的一个重心，其地位更加显要，作用更加突出。此后在有清一代，香火旺盛，寺院的影响力，遐迩闻名。

　　三、理塘寺与七世达赖喇嘛的关系

　　理塔寺最初几个建筑就成规模，经过几次扩建，后来规模更大。它包括大佛殿和法王殿等上述佛殿，以及六个西所（开始只有毫登和巴空两个西所），即为洛沙、巴空、毫登、人马、阿候和拉城等六个机构。西所的主要任务是经商、放债、布施等。每个西所有会首2—5人，在经商中如有亏本，由西所负责私添，所得利益，会首分红。理塘守在阿扎活佛任堪布时，又修建了顶上大殿。

　　理塘寺为三世达赖喇嘛所昌建，后来与历世达赖有关系，特别是与七世达赖喇嘛的关系密切。七世达赖喇嘛即出生在理塘寺脚下的一个村庄，他的父亲公索南达吉曾任哲蚌寺大僧官的助手副僧官。后来大僧官噶居端丹旺布被上司派任理塘寺管家时，索南达吉也被带到理塘寺并管理俗人事务，遂退戒还俗，娶妻生下了七世达赖。1720年，七世达赖喇嘛在拉萨坐床后，三大寺扩招康区喇嘛，哲蚌寺等大寺中已设有理塘弥村。^[19]1729年藏历二月初八日，七世达赖喇嘛前往泰宁途中住进理塘寺，在该寺讲经说法，使理塘寺一时成为周边僧俗朝拜的圣地，也是清朝文武官员出人之所。三世章嘉呼图克图对理塘寺给予了很高的评价：“朵麦地区讲修格鲁派教法之众多道场中，理塘图钦绛巴林寺系一切智索南嘉措所倡建，清净信守圣法戒律，为讲闻静修显密教之楷模，该寺教证功德宏大之善知识众多，为堪可颂扬之圣地。该寺神变祈愿大法会规模宏观。”^[20]又说；“此为康区格鲁派诸讲修道场中最为殊胜的大寺。”到了雍正年间，理塘寺又有很大发展，此时共有增一千八百人，信教群众更多，寺院得到的布施也大大增多。到了乾隆时期，规模更大，据《卫藏通志》记载：“巴塘东行五百四十五里，名里塘，有长吉春科几寺（即理塘寺），大堪布喇嘛居之，管喇嘛三千余名。”^[21]

　　七世达赖喇嘛住禅理塘寺期间，该寺名声远扬，成为信徒中心，理塘寺与达赖喇嘛关系亦更加密切，以至于此后理塘寺每每得到藏方的特别恩惠也不足为奇。当时，理塔寺一度成为藏及汉、满、蒙等朝官云集的一方，汉藏文化在此得到交流，理塘寺与清朝官员的交往有利于寺院的发展。

　　七世达赖喇嘛晚年还十分关心理塘寺的情况。1753年藏历新年，理塘寺派人向七世达赖献礼，七世达赖喇嘛特赐理塘寺上等锦缎十地卷轴画二十三套作为寺院的信仰所依，并给理塘寺一切所依捐赠供奉资金。同年6月，七世达赖喇嘛念及理塘寺为佛王索南嘉措的道场，自己也出生于此，并曾长期居住，因此决意新建经堂殿顶，遂派遣普隆俄仁巴洛桑索巴和朗生才旺伦珠二人去理塘寺管理必需品和工匠。