大圆满法的修行分三部，即心部、界部、要门部。首先谈心部。大圆满法为密宗法门，心是从体、相、用三方面来谈的，即“体相本净，自性顿成，大悲周遍”。⑦大圆满三部修行也是体现这几方面。在大圆满中，心部为前提和基础。“大圆满之心部，说随见何境，唯是自心，心性现自然智慧，除此自然智慧外，再无余法。’，⑧心部是大圆满三部修行的基础，只有认识到一切都建立在心识之上，除，“心性”外再无其他可以用来认知“法”的主体，心具有无所不包的空性且具客观实在性。“心部求直观能缘心性的明空本净之实相。”⑨所以说“心”部主旨即求本性空。心为真心之体，本性清净，空寂光明，空而有觉，空不是“无”，是“实相”，是不变不坏，永无生灭的。既无生灭，则非因缘和合而生。心本为自然智慧之性，自性元成，自具光明。心部主要谈的是“性空”，性空而有觉，一切显现皆可在“性空”中实现。大圆满法经常以梦作譬来谈空性，“过去一切法，作为昨日之显现，及昨夜之梦想；现在一切法，作为今日之显现，及今夜之梦想，未来一切法，作为明日之显现，及明夜之梦想，皆是无有自体，境界不灭，无而常现，即显现时，亦无所成，故思维是非苦乐一切非他，皆惟是梦，应知无实”。⑩一般看来，梦是虚幻不实而又是客观存在的现象，既虚幻又实存，正好为证空性作喻，其实质是证明“悟诸法如梦无体性”，［11］空而有觉。

　　如果说心部是以空现有，则界部即为以有证空。界部又称自在部，即一切法在法性中任运自在。此部专讲境界光明。从“界”的本义来看，“此界自体有如天空，本性自然光明，大悲住于觉性之精英，为一切功德之现源。其性名为现轮涅二者之起现根，为无始光明之真实清净之界幻也”。［12］“界”为心之所现，是心性外化的形式，一切法用均在界内显现。这里所谈“界”，与王国维《人间词话》之理论核心“境界说”如出一辙，“有境界，本也，气质、格律、神韵，末也，有境界而三者随之矣”，［13］“境界说”把握了文学艺术之美的本质属性，一切外化的东西如格律等都要在境界中显现，这与大圆满法的“界”实质上是一样的。那么“界”之有如何体验，这就需瑜伽行者“修光明”，（意即炼气功）。光明可作“气”，解，是“界”的异名词，界的“有”之体现。光明是气所化，气聚而成形，即是物质。修“光明”的过程即为静神养心的过程，将一切染心去除后达到觉有的境界，“身中之烦恼气净后，始见本性光明”，［14］即去除杂气，使气归一，则为光明。光明是性之相，一切染净诸法均在光明之上显现。既曰光明，则便有不明，故气与迷相合，则现染相（不明），气与悟相交，可作净观（明）；如果心不具光明，只有空性的“空分”，则仅能成就法身，法身无相，何以为托，故必具光明，则使报化二身可以成就，所以悟心既要悟空亦须悟有（光明），空明双悟才可获见自心的识相。所谓“信心清净，即生实相”。［15］所以界部主要以修光明为主，最后达到妙有以成就“虹体金刚身”，为修要门部创造了条件。

　　要门部可以说是对前八乘和心部、界部的总结和发挥，该乘门修法较独立，宁玛派的密宗理论体系在此完全形成。要门部有两大要门，即彻却和妥嘎，彻却证空，妥嘎现明，彻却求得本心自然智慧，即为佛性，妥嘎求见光明心相，现佛三身境界。此时应无心觉，空全是心陛之所用，超越自心，无自他觉，顿悟成佛，达涅槃之果。

　　总之，心、界、要门三部中，心部求悟心体本空，偏于空的一面；界部修光明，重心的法性妙用，偏于有的一面；要门部是空有合一，悟大菩提心，成大圆满。

　　佛教以成佛解脱，使众生离苦得乐，除烦恼，证菩提为最终目的。众生有没有佛性，能不能成佛，这是佛性说的重要内容，但任何教派绝不会只停留在有没有佛性，能不能成佛等抽象的哲学说明上，而更会关心究竟在什么条件下成佛，如何成佛等直接看到事实本身的实际问题。宁玛派承认众生是佛，九乘分法为不同根器的人提供了可资选择的成佛途径，并指明了成佛方法。尤其是大圆满法，更是上根之人修行捷径，最终要了悟明空赤露即佛之心性。何谓大圆满？“觉性空湛明了，无有中边平等无碍法身，阿底瑜伽，普贤广大意密，犹如虚空，无有偏党，不落边执，言诠不及，超绝思议，故名为大”。［16］“圆满者，谓此真理，其体周遍，无处无故，信手所扪，皆是真如，故云圆满。”［17］“此法说先前离垢之智，明空赤露，为大圆满”。［18］“本觉心性是自然本智，见和所见什么也没有，若不落于根本无有之断空，这当下的觉性明明了了，便是大圆满见，悟与不悟并无分别”。［19］大圆满法认为“自性菩提心，本来圆成，无有造作，于轮回涅槃，无增减大小周遍圆融。如来藏性遍于诸众生”。［20］大圆满的意义就是指宇宙万有，轮回涅槃一切诸法莫不包罗在自心本性——明空妙觉之内，无欠无缺。

　　大圆满教法的思想，在世界观上是“真心”，一元论，解脱论上是佛性论。所谓“佛性论”，就是认为，一切众生皆有佛性，一切众生都能成佛。佛性论者不会像般若性空论者那样空其一切的，也不会像本无论者那样认为什么都没有。大圆满法认为，觉性成佛乃众生之能事，不借外力，不假外求，不用止观修法，只能内证内省才可以达到本有心性妙觉。大圆满法的主旨就在解决“心”、“性”的问题。“心”是大圆满法所最终要证悟的结果，并要认识到“心性”即为其修习的终极目的，一切诸法的基础即为本来元成之心，如何证心体清净而达到无余涅槃。“诸法根本即是菩提心，菩提心者本来元成故，一切诸法元成外无余”，［21］元成菩提心本净就是大圆满三部所要解决的问题。心性净并非外修内证，心体本净“不求而从本即是元成”，［22］本来即是如此，但须去除染污客尘，“譬如清水浊，秽除还本净，自心净亦尔，唯离客尘故”。［23］在大圆满法看来，本来元成之心，不管众生证得证不得，都是客观存在的。但由于众生不能认识，在心用的作用上由于受无明之影响，便有了染净之分。“外界之显现，仅于自心现起，非成立在他事上，三界各自所现境界，亦惟与心显相合，故示非成立他事，然其意乃为破彼声闻等承认外界色法自相等为实有他事，若以为一切皆是自心，则一迷一切皆迷，一解一切皆解，诸众生心皆是一心”。［24］所以心之迷悟即是愚智凡圣的分界所在，自性迷则凡则是众生，自性悟则智则圣则是佛，众生即佛，凡圣同一，烦恼即菩提。缠缚轮回的是心，走向解脱的也是心，轮回之心为染心，解脱之心为清净心，二心本是一心，只是迷悟之差，外境所现染净为心之作用。“所谓轮回与涅槃全凭觉明和无明，就在刹那一念，二者并无分别；迷与不迷之体都是一个，一切有情的相续心并无有二，不须修治，自然放下即可解脱。”［25］但心的迷悟是有层次的，九乘判教正是施用种种方便为众生层层解缠去缚，从低引到高，逐步引导。心之缠缚亦需由心来解脱，由此才产生了内密三乘大瑜伽、第七摩诃瑜伽（大瑜伽）与第八教敕瑜伽（阿努瑜伽），这五乘主要在锻炼众生的心识能力，破实执，证空性，来解开缠缚。修行方式上主要是以实际修炼为主。