然而，在熊氏的深刻之处在于，他似乎意识到西方宗教与科学的因果性思维与东方思维存在着类性的不同，他说：“不可以常途因果观念应用于玄学中”〔16〕，所谓常途的因果观念，是把原因相对于结果来理解，即认为有某因决定造生某果〔17〕。这是一种典型的欧洲式的理解，基督教上帝创世说是其思维模型，而近代欧洲科学只是对基督教来了一个换因工程，也即以必然性的规律对上帝来一最高因的代换。欧洲的这种因果性思维，在希腊伊奥尼亚的自然哲学家及原子论者那里就已奠基。这种注重生成的原因的思维与创始于巴门尼德的注重存在的形式的“结构性思维”在亚里士多德那里被结合在目的原则中。近代科学的兴起，在某种意义上与目的、形式概念的被排除、因果性思维的至上化是同时的，也是相互构成的〔18〕，对存在或生成的理的回答与因的回答，如说宇宙有其理与有其因，代表了两种不同的思维传统：理性思维与因果性思维。但熊氏没有认识到，中西学思想方式的不同，根源于各自的人文类性，也即非宗教人文与宗教人文本身的规定性。因而，当熊氏批评有宗以因果关系诠释种子与现行遂由缘生说转入构造论时，他并不能说明这一转向的内在宗教根源及其必然性，尽管他也深信中夏向无宗教传统，而印度佛教则有根深蒂固的宗教性。佛学出身的熊十力试图以空宗的缘生说消解有宗因果性思维所造成的构造性，而不想缘生说本质上是因果性思维的一种。它与常途因果观念的不同，仅在于后者将因作点的理解，前者则作面与线的理解，即把原因看作众多因的堆积与连绵。缘生的思维与常途因果观念一样，只能运用它来把握现象，而不是本体。熊十力以缘生说代替常途因果观念，也就取消了因与果各自的实在性，而将之纯化为形式上的关系范畴，所谓“吾言因果，只从关系上说”〔19〕。但正如熊氏自己所说的那样，因果的关系说，“只知着眼于事物的互相关联，而未能深观事物的本身，易言之，即不解事物有他内在的自动的力”〔20〕，这实际上已经逸出玄学领域而转入科学范围，按照熊氏惯常的主张，读者完全有理由怀疑缘生说对本体的把握能力。熊氏自然也意识到了理论的障碍所在，补充说道：“本体的缘起说，和通常谈关系的，迥不相同”，因为它肯定了事物有其内在的自动的力。只是把事物本身的自动的力推出来，才假说为因缘〔21〕。这里，仍可以看到这种自动的力不是事物之理，而是事物本身的一种原因。熊十力又认为，增上缘与科学上所谓因果在意义上是相当的〔22〕，这表明了科学对熊氏哲学在思维方式的渗透。
　　 本体的另一突出特点是它的非人为构造性。从熊氏与其弟子牟宗三的论学书中不难理解：本体的非构造性意味着本体不是逻辑的建构、主观的设定，而只能是真实的呈现。熊与牟均强调本体“非是思维中之一概念，非是离真实体而为一空洞的型式”，它与西人用“逻辑理性”从生生化化的真实流中“抽象”出来的“理型”（idea）“判若天渊”〔23〕。事实上，把本体看作思维的建构与把本体纯粹作为关系性、功能型范畴而抨击其实在性（reality）的观点， 虽皆出于对本体的实体化（entity）之反动，但均是以本体自性的瓦解为代价的，因而，二者均在熊氏批评之列。但是，前者附益于科学势力，且与西方近代以来的“主体形而上学”遥相呼应，因而颇有市场前景，很易于得到附和与赞同，故而熊氏对之的破斥也更见力度。依熊氏的识见，本体的构造论不外是以逻辑的态度把本体硬化为抽象的共相（universals），熊针锋相对地指出：“本体不可作共相观”。因为，“作共相观，（本体）便是心上所现似的一种相，此相便已物化（心所现相即是心自构造的一种境象，此即物化），而不是真体呈露。所以说，本体是无可措思的”〔24〕。本体的共相观把逻辑对本体的把握能力设为前提，但熊氏却一针见血地指出了本体的证悟，初不由逻辑。在我们身上发生的亲证本体的行为不能被客观化，即使在向他人传达的时候也是如此。“体用不二”是熊氏思想的核心概念，它的意思是说：现象不离本体，但现象又不即是本体。这一表达的要点在于，依靠我们的表象、计算能力对事物进行“技术处理”，恰恰使我们忽视了事物有一种自身的存在，我们的任意设定与建构，由于没有倾听它自身的述说，而成为一种强力，早晚会遭到它的抗议与报复。因而，熊十力所说的本体只能是真实的呈现，意味着对事物自身存在的倾听。
　　 熊十力对本体的这种理解，实际上包含着对中学非构造性的洞见。西学往往以某一“绝对预设”为逻辑起点营构体系，因而非常重视假设与演绎。西学的这种构造品格使得其本体之说皆由“理智推度”、“思辨构画”，是“思维构画之境界”，而非亲证所得，故而熊氏认为，西方思想家并无真的见体者〔25〕。相对于西学的构造性，中学的非构造性表现在它并非以思辨的态度、逻辑的方法，藉诸基本假设而营构系统，而是以身心的参与和体认，获得本体在自身的呈现与流行。换句话说，中学注重对天地间实存之理的取予运用，这一点在《周易》所奠定的观象取理、寓理于事的思维模式中就已成形。可以说，中学的非构造性也即是它的运用性。但熊氏由佛入儒、援佛入儒的学思历程使得其对中学的非构造性的阐释过多地依持于佛教的缘生说。像一般论者那样，他没有顾及印欧文化内在的一致远较中印人文类同者为多，也没有认识到宋儒对佛教“以心法起灭天地”的批评实即对佛教构造性的批评，熊氏并未充分地意识到中学的精神唯在于运用。他不是运用儒学的思想方法去解决具体的文化、社会、人生问题，而是志在新儒学体系的营构。中国古代思想中的体用范畴，　　在他那里被限定为西方传统形而上学（Metaphysics）中的本体与现象的关系〔26〕。 如果考虑到“哲学”（Philosophy）和“形而上学”（Metaphysics ）只是欧洲思想特定阶段的一个类型，那么，熊氏的“立场问题”倒是值得深思的〔27〕。不管熊本人的意图如何，熊氏的工作会不会导向中国思想的“哲学化”与“西方化”呢？但熊氏以后的大多数新儒家显然是以此为目标的。事实上，熊氏对中土“哲学”的发挥，是以西方“科学”为其参照系的，一如他本人所说：“针对西洋哲学思想以立言，而完成东方哲学的骨髓与形貌”〔28〕。这是熊十力也是新儒家思想的一个共同特点，它昭示了新儒学体系完成的被动性；努力廓清西学的渗透而又最终在其影响之中。由此导致了对儒学建构而非运用的新儒家态度，于是构造性在熊氏思想中就有了返回的可能。难怪有人藉王夫之之语“妄立一体而消用以从之”对熊氏进行批评〔29〕。若干年后，熊氏将儒学精髓概括为“摄体归用”或“称体起用”，而以早先所认可的“摄用归体”、“以仁为体”归诸佛道〔30〕，这是他在对儒学濡染既深的晚年所作的一次重大的自我校正。